Job Description P75796 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:14:14 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 445 % Identity 24% Template c2vf7B_ PDB info PDB header:dna-binding protein Chain: B: PDB Molecule:excinuclease abc, subunit a.; PDBTitle: crystal structure of uvra2 from deinococcus radiodurans Resolution 2.30 Å

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		49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.										.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	S	G	S	G	K	S	V	T	A	L	A	L	M	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	Q	A	G	G	L	V	Q	C	D	K	M	L	L	Q	R	R	S	R	E	V	I	E	L	S	E	Q	N	A	A	Q	M	R	H	V	R	G	A	D	M	A	M	I	F	Q	E	P	M	T	S	L	N	P
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	E	S	A	S	M	K	K	R	V	Q	G	Y	M	I	S	E	E	C	P	L	C	H	G	K	R	L	R	Q	E	A	L	N	V	T	F	A	G	L	D	I	T	.	.	.	.	.	.	.	E	L	S	R	L	P	L	A	R	V	S	E	L	L	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	A	E	E	R	E
Template Known Secondary structure													T	T							T	T	T	T	T	S		B						T		B	B	T	T	B				.	.	.	.	.	.	.			T	T	S	B											.	.	.	.	.	.	.	.	.				T		S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310								.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.										.	.	.	330	.	.
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.			.	190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.
Query SS confidence																																																																							.	.
Query Sequence		V	F	T	V	G	E	Q	I	A	E	S	I	R	L	H	Q	N	A	S	R	E	E	A	M	V	E	A	K	R	M	L	D	Q	V	R	I	P	E	A	Q	T	I	L	S	R	Y	P	H	Q	L	S	G	G	M	R	Q	R	V	M	I	A	M	A	L	S	C	R	P	A	.	.	V	L	I	A	D	E	P	T	T
Query Conservation																																																																							.	.
Alig confidence																																										.	.																												.	.
Template Conservation																																										.	.
Template Sequence		P	G	H	A	E	R	V	K	N	R	P	E	Q	A	I	A	L	Q	R	M	A	A	D	L	V	K	R	L	D	V	L	L	H	L	G	L	G	Y	L	G	.	.	L	D	R	S	T	P	T	L	S	P	G	E	L	Q	R	L	R	L	A	T	Q	L	Y	S	N	L	F	G	V	V	Y	V	L	D	E	P	S	A
Template Known Secondary structure		T	T																																T	T		T	T	S	B	.	.	S	S		B	G	G	G	S														T	T	S				S								T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.
Template SS confidence
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.			.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.							.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	D	V	T	I	Q	A	Q	I	L	Q	L	I	K	V	L	Q	K	E	M	S	M	G	V	I	F	I	T	H	D	M	G	V	V	A	E	I	A	D	R	V	L	V	M	.	.	.	.	.	.	Y	Q	G	E	A	V	E	T	G	T	V	E	Q	I	F	H	A	P	Q	H	P	Y	T	R	A	L	L	A	A
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.																			.									.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.																			.																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	H	P	A	D	T	E	A	L	L	S	A	L	E	N	L	.	K	R	G	G	N	S	L	F	V	V	E	H	D	L	D	V	I	R	.	R	A	D	W	L	V	D	V	G	P	E	A	G	E	K	G	G	E	I	L	Y	S	G	P	P	E	G	L	K	H	V	P	E	S	Q	T	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T			T	T	S												.		T	T	T															.			S							S	S	S	G	G	G			S							G	G	G	G	G	S		T	T				.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.																			.																																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.		.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.		.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	P	Q	L	G	A	M	K	G	L	D	Y	P	R	R	F	P	L	I	S	L	E	H	P	A	K	Q	A	P	P	I	E	Q	K	T	V	V	D	G	E	P	V	L	R	V	R	N	L	V	T	R	F	P	L	R	S	G	L	L	N	R	V	T	R	E	V	H	A	V	E	K	V	S	F	D	L	W	P	G	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	Y	L	F	A	D	R	H	T	E	P	H	T	P	R	E	P	A	G	W	L	E	L	N	G	V	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	N	L	D	N	L	D	V	R	F	P	L	G	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T													S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T											S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	L	S	L	V	G	E	S	G	S	G	K	S	T	T	G	R	A	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	T	S	V	T	G	V	S	G	S	G	K	S	T	L	V	S	Q	A	L	V	D	A	L	A	A	H	F	G	Q	G	S	A	R	L	G	G	D	L	A	Q	I	T	R	L	V	R	V	D	Q	K	P	I	G	R	T	P	R	S	N	M	A	T	Y	T	G	L	F	D	Q	V	R	K	L	F	A	A	T	P	L
Template Known Secondary structure								S	T	T	S	S						T	T										S									S	S	G	G	G									S	S		S		S	S	T	T								T	T								T	T	S	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
																					372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	V	E	S	Q	G	G	E	I	I	F	N	G	Q	R	I	D	T	L	S	P	G	K	L	Q	A	L	R	R	D	I	Q	F	I	F	Q	D	P	Y	A	S	L	D	P	R	Q	T	I	G	D	S	I	I	E	P	L	R	V	H	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	K	K	R	G	Y	N	A	G	R	F	S	F	N	V	K	G	G	R	C	E	H	C	Q	G	E	G	W	V	M	V	P	S	V	Y	A	P	C	P	V	C	H	G	T	R	Y	N	A	E	T	L	E	V	E	Y	R	G	K	N	I	A	D	V	L	A	L	T	V	D	E	A	H	D	F	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S				T	T	S	S		S	S	S	S	S	S	B		S	S	S	T	T														T	T	T	S	S	S		B		T	T	G	G	G			S	S	S								T		B								.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		622	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.				.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.
Query Sequence		L	L	P	G	K	D	A	A	A	R	V	A	W	L	L	E	R	V	G	L	L	P	E	H	A	W	R	Y	P	H	E	F	S	G	G	Q	R	Q	R	I	C	I	A	R	A	L	A	L	N	P	K	.	.	.	V	I	I	A	D	E	A	V	S	A	L	D	V	S	I	R	G	Q	I	I	N	L	L	L	D	L
Query Conservation																																																					.	.	.
Alig confidence		.																																																			.	.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	F	A	D	E	S	A	I	F	R	A	L	D	T	L	R	E	V	G	L	G	Y	L	R	L	G	Q	P	A	T	E	L	S	G	G	E	A	Q	R	I	K	L	A	T	E	L	R	R	S	G	R	G	G	T	V	Y	V	L	D	E	P	T	T	G	L	H	P	A	D	V	E	R	L	Q	R	Q	L	V	K	L
Template Known Secondary structure		.	T	T	T															T		T	T	S	B	T	T			G	G	G			S															S	S	S	S									S		S	S
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			701	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.							.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	R	D	F	G	I	A	Y	L	F	I	S	H	D	M	A	V	V	E	R	I	S	H	R	V	A	V	M	.	.	.	.	.	.	Y	L	G	Q	I	V	E	I	G	P	R	R	A	V	F	E	N	P	Q	H	P	Y	T	R	K	L	L	A	A	V
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.															.										.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation					.															.																																				.
Template Sequence		V	D	A	.	G	N	T	V	I	A	V	E	H	K	M	Q	V	V	.	A	A	S	D	W	V	L	D	I	G	P	G	A	G	E	D	G	G	R	L	V	A	Q	G	T	P	A	E	V	A	Q	A	A	G	S	.	V	T	A	P	Y	L	R	A	A
Template Known Secondary structure				T	.	T														.	T	T		S							S	S	S	G	G	G			S						S						T		S	S		.	S	S
Template Predicted Secondary structure					.															.																																				.
Template SS confidence
		780	.	.		.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.		.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.		.	.	.	.	.	.	.	.	840