Job Description P21517 Confidence 97.03% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 179 Aligned Residues 185 % Identity 19% Template d1x1na1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.80

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		177	.	.	180	.	.		.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.						.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.																									.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.																									.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	D	L	D	G	I	.	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	.	.	.	.	.	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation								.																									.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.																									.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	D	L	G	P	Q	A	F	K	F	L	D	W	L	H	L	A	G	C	S	L	W	Q	V	L	P	L	V	P	P	G	K	R	G	N	E	D	G	S	P	Y	S	G	Q	D	A	N	C	G	N	T	L	L	I	S	L	E	E	L	V	D	D	G	L	L	K	M	E	E	L	P	E	P	L	P	T	D	R	V	N
Template Known Secondary structure				S	S														T										S		B			S	S	S		T	T		T	T	S	B	S		S	S	S			G	G	G	S									T	S	S		G	G	G	S							S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	S	T	I	S	E	I	K	D	P	L	I	T	K	A	A	K	R	L	L	S	S	E	G	E	L	K	D	Q	L	E	N	F	R	R	D	P	N	I	S	S	W	L	E	D	A	A	Y	F	A	A	I	D	N	S	V	N	T	I	S	W	Y	D	W	P	E	P	L	K	N	R	H	L	A	A	L	E	E	V	Y
Template Known Secondary structure		T	T	T																					S																																			S	S	G	G	G	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
																						229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.
Template Conservation																																											.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	S	E	K	D	F	I	D	I	F	I	A	Q	Q	F	L	F	Q	R	Q	W	K	K	V	R	D	Y	A	R	S	K	G	I	S	I	M	G	D	M	P	I	.	Y	V	G	Y	H	S	A	D	V	W	A	N	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	F	L	L	N	R	K	G	F
Template Known Secondary structure				S																												T	T									S	.	S			S	S	S					T		G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	B		B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																											.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.		.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.																.	260	.	.	.	.	.	.	.
							287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.						.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.											.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	.	.	.	.	.	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	A	G	G
Query Conservation		.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.													.	.	.						.	.	.	.	.																					.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.																															.	.	.
Template Sequence		P	L	I	V	S	G	V	P	P	D	A	F	S	E	T	G	Q	.	.	.	L	W	G	S	P	L	Y	D	W	K	A	M	E	K	D	G	F	S	W	W	V	R	R	I	Q	R	A	T	D	L	.	.	.	F	D	E	F	R	I	D	H	F	R	G	F	A	G	F	W	A	V	P	S	E	E	K	I	A	I	L
Template Known Secondary structure		B	S					B			S	S	S	S	S			B	.	.	.					B		B								T	T	S														.	.	.		S						T	G	G	G	G	T							T	T		S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.																															.	.	.
Template SS confidence
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.				.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.				.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	R	W	K	V	G	P	G	K	P	L	F	D	A	I	L	Q	A	V	G	K	I	N	I	I	A	E	D	L	G	V	I	T	E	D	V	V
Template Known Secondary structure																															S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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