Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 50 Aligned Residues 374 % Identity 23% Template d1pama4 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.80

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		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.
Query SS confidence																																																																															.	.
Query Sequence		D	V	P	D	I	G	P	Q	W	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	.	.	Y
Query Conservation																																																																															.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	T	S	V	S	N	K	Q	N	F	S	T	D	V	I	Y	Q	I	F	T	D	R	F	S	D	G	N	P	A	N	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	A	A	F	D	G	S	C	T	N	L	R	L	Y	C	G	G	D	W	Q	G	I	I	N	K	I	N	D	G	Y
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T			S			T	T								G	G	G	T			S		G	G	G			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	B		T	T			S	T	T	S	B														T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.													.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	T	G	M	G	I	T	A	I	W	I	S	Q	P	V	E	N	I	Y	S	V	I	N	Y	S	G	V	N	N	T	A	Y	H	G	Y	W	A	R	D	F	K	K	T	N	P	A	Y	G	T	M	Q	D	F	K	N	L	I	D	T	A	H	A	H	N	I	K	V	I	I	D	F	A	P	N	H	T	S	P	A	S
Template Known Secondary structure		T	G	G	G	T																				T	T						T	T	S		S									T	T	T																T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		66	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
		257	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.											.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.						.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.						.	.
Template Sequence		S	D	D	P	S	F	A	E	N	G	R	L	Y	D	N	G	N	L	L	G	G	Y	T	N	D	T	Q	N	L	F	H	H	Y	G	G	T	D	F	S	T	I	E	N	G	I	Y	K	N	L	Y	D	L	A	D	L	N	H	N	N	S	S	V	D	V	Y	L	K	D	A	.	.	.	.	I	K	M	W	L	.	.
Template Known Secondary structure		S	S		T	T	S	T	T	T	T					T	T						S	T	T		T	T			B			S		B				S	S							S	B	S	T	T				B		T	T	S											.	.	.	.						.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.						.	.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.					.	.	.	.	.
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.							.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	.	.	.	.	.	.	D	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.														.																					.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.														.																																					.
Template Sequence		D	L	G	V	D	G	I	R	V	D	A	V	K	H	M	P	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	W	Q	K	S	F	M	A	T	I	N	N	.	Y	K	P	V	F	T	F	G	E	W	F	L	G	V	N	E	I	S	P	E	Y	H	Q	F	A	N	E	S	G	M	S	L	L	D	F	R	.	F	A	Q	K	A
Template Known Secondary structure			T	T							T	T	G	G	G	S		.	.	.	.	.	.	.	.														.		S												T	T													S	S	S			B				.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.														.																																					.
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.									.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.		.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.		.	.	.	.	.
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.																						.	.																							.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.																						.	.																							.
Template Sequence		R	Q	V	F	R	D	.	.	.	.	.	.	.	N	T	D	N	M	Y	G	L	K	A	M	L	E	G	S	E	V	D	Y	A	Q	.	.	V	N	D	Q	V	T	F	I	D	N	H	D	M	E	R	F	H	T	S	N	G	D	.	R	R	K	L	E	Q	A	L	A	F	T	L	T	S	R	G	V	P	A	I	Y
Template Known Secondary structure						T	T	.	.	.	.	.	.	.		S	S																S	T	T	.	.	G	G	G					S			T	T	S			S			T	T	S		.														S	S	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.																						.	.																							.
Template SS confidence
		290	.	.	.	.	.								.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.			.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.		.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H
Query Conservation
Alig confidence																								.	.
Template Conservation																								.	.
Template Sequence		Y	G	S	E	Q	Y	M	S	G	G	N	D	P	D	N	R	A	R	L	P	S	F	.	.	S	T	T	T	T	A	Y	Q	V	I	Q	K	L	A	P	L	R	K	S	N	P	A	I	A	Y
Template Known Secondary structure		T	T	G	G	G	T					S	T	T	G	G	G							.	.		S		S										T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.			.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.