Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 45 Aligned Residues 432 % Identity 23% Template c3ucqA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:amylosucrase; PDBTitle: crystal structure of amylosucrase from deinococcus geothermalis Resolution 1.97 Å

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		116	.	.	.	120	.			.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.
Query SS confidence								.	.
Query Sequence		G	P	Q	W	A	A	.	.	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G
Query Conservation								.	.
Alig confidence								.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	P	D	W	L	Q	R	P	E	M	V	G	Y	V	A	Y	T	D	R	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	L	K	G	V	E	E	R	L	D	Y	L	E	G	L	G
Template Known Secondary structure			T	T	G	G	G	S	T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S						T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.				.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.																																																																.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.																																																																.	.	.	.
Query Sequence		V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	.	.	.	K	A	P	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.																																																																.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.																																																																.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	Y	L	H	L	M	P	L	L	R	P	R	E	G	E	N	D	G	G	Y	A	V	Q	D	Y	R	A	V	R	P	D	L	G	T	M	D	D	L	S	A	L	A	R	A	L	R	G	R	G	I	S	L	V	L	D	L	V	L	N	H	V	A	R	E	H	A	W	A	Q	K	A	R	A	G	D	P	K	Y	R
Template Known Secondary structure															S	S			G	G	G	T	S									G	G	G																T	T										S				T	T	S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																			267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.					.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	.	.	.	.	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.																												.	.	.	.						.
Template Conservation																																																																								.	.	.	.						.
Template Sequence		A	Y	F	H	L	F	P	D	R	R	G	P	D	A	F	E	A	T	L	P	E	I	F	P	D	F	A	P	G	N	F	S	W	D	E	E	I	G	E	G	E	G	G	W	V	W	T	T	F	N	S	Y	Q	W	D	L	N	W	A	N	P	D	V	F	L	E	F	V	D	I	.	.	.	.	I	L	Y	L	A	.
Template Known Secondary structure		T	T	B				S	S	S								T	T				S		T	T	T	S		S	S					T	T	S	S	S	S	S							S	S	S	T	T				B		T	T	S											.	.	.	.						.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.						.
Template SS confidence
		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.					270	.	.	.	.
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350						.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.				.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.																																							.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.																																							.	.	.
Query Sequence		A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	.	.	.	.	.	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	.	.	.	A	A	M	N	Y	R	G	F	T
Query Conservation																											.	.	.	.	.																																							.	.	.
Alig confidence		.																									.	.	.	.	.																																							.	.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	N	R	G	V	E	V	F	R	L	D	A	I	A	F	I	W	K	R	L	G	T	D	C	Q	N	Q	P	E	V	H	H	L	T	R	A	L	R	A	A	A	R	I	V	A	P	A	V	A	F	K	A	E	A	I	V	A	P	A	D	L	I	H	Y	L	G	T	R	A	H	H	G	K	V	S	D	M	A	Y	H
Template Known Secondary structure		.	T	T	T							T	T	G	G	G	S				T	T	S		S	S	S																				T	T															G	G	G	T			S	S	S	S			S		S
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	S	L	M	V	Q	L	W	S	S	L	A	S	R	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	F	E	E	A	L	R	A	F	P	P	K	P	T	S	T	T	W	G	L	Y	V	R	C	H	D	D	I	G	W	A	I	S	D	E	D	A	A	R	A	G	L	N	G	A	A	H	R	H	F	L	S	D	F	Y
Template Known Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.									T						T	T							S			S	S		B												T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.									370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
																																																456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	G	Q	F	P	G	S	F	A	R	G	L	V	F	Q	Y	N	P	V	N	G	D	R	R	I	S	G	S	A	A	S	L	A	G	L	E	A	A	L	E	T	G	D	P	G	R	I	E	D	A	V	R	R	L	L	L	L	H	T	V	I	L	G	F	G	G	V	P	L	L	Y	M	G	D	E	L	A	L	L	N
Template Known Secondary structure		T	T		S	T	T									S			T	T	T													T	T																														S	S	S						T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		490	.	.	.	.													.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.									.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.			.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Query Sequence		K	N	D	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	.	.	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	Y	A	F	E	D	V	P	E	H	A	P	D	N	R	W	V	H	R	P	Q	M	D	W	A	L	A	E	R	V	R	Q	E	P	S	S	P	A	G	R	V	N	T	G	L	R	H	L	L	R	V	R	R	D	T	P	Q	L	H	A	S	I	E	S	Q	V	L	P	S	P	D	S	R	A	L	L	L	R	R	D
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	G	S	T	T	T	T	T		G	G	G	G	G																T	T	S																		T		G	G	G		T	T	S								S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.
		548	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.		.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.			.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.																									.	.
Query SS confidence																			.																									.	.
Query Sequence		L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	.	V	V	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	.	.	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W	M	N
Query Conservation																			.																									.	.
Alig confidence																			.																									.	.												.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		H	P	L	G	G	M	V	Q	V	Y	N	F	S	E	E	T	V	M	L	P	S	H	V	L	R	D	V	L	G	D	H	V	Q	D	R	L	S	G	S	A	F	R	L	D	R	P	T	V	R	L	E	G	Y	R	A	.	L	W	L	T
Template Known Secondary structure			T	T										S	S	S						T									S					T	T	T						S	S	S	S						T	T			.
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		586	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640		.	.	.	.