Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 496 % Identity 21% Template c3m07A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:putative alpha amylase; PDBTitle: 1.4 angstrom resolution crystal structure of putative alpha2 amylase from salmonella typhimurium. Resolution 1.40 Å

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		10	.	.	.	.			.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.
Query SS confidence							.	.
Query Sequence		P	P	F	V	K	.	.	Q	S	K	D	Q	L	L	I	T	L	W	L	T	G	E	D	P	P	Q	R	I	M	L	R	T	E	H	D	N	E	E	M	S	V	P	M	H	K	Q	R	S	Q	P	Q	P	G	V	T	A	W	R	A	A	I	D	L	S	S	G	Q	P	R	R	R	Y	S	F	K	L	L	W	H	D
Query Conservation							.	.
Alig confidence							.	.																							.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.													.	.												.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.													.	.												.	.
Template Sequence		K	S	W	G	A	E	Y	I	A	A	D	V	V	R	F	R	L	W	A	T	G	Q	Q	K	V	M	L	R	L	.	.	.	.	.	.	.	A	G	K	D	Q	E	M	Q	A	.	.	.	.	.	.	N	G	D	G	W	F	T	L	D	V	A	G	.	.	V	T	P	G	T	E	Y	N	F	V	L	.	.	S	D
Template Known Secondary structure			S	S							T	T									T	T		S							.	.	.	.	.	.	.	T	T								.	.	.	.	.	.		S	T	T								T	.	.			T	T								.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.													.	.												.	.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.								.	.	.	40	.	.	.	.	.							.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.			.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.			.	70
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.				.					120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure																																	.	.	.		.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.		.	.	.	.
Query Sequence		R	Q	R	W	F	T	P	Q	G	F	S	R	M	P	P	A	R	L	E	Q	F	A	V	D	V	P	D	I	G	P	Q	.	.	.	W	.	.	.	.	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D
Query Conservation																																	.	.	.		.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.		.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	M	V	V	P	D	P	A	S	R	A	Q	K	T	D	V	N	G	P	S	Y	V	V	D	P	G	S	Y	T	W	R	N	T	G	W	K	G	S	R	W	E	Q	A	V	V	Y	E	M	H	T	G	T	F	T	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S						T	T		S		B	S	S	S	T	T	S							T	T	S	S			S		T	T						G	G	G												S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.			.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.
Query SS confidence																																																	.	.
Query Sequence		W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	.	.	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q
Query Conservation																																																	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	F	R	A	A	I	A	K	L	P	Y	L	A	E	L	G	V	T	V	I	E	V	M	P	V	A	Q	F	G	G	E	R	G	W	G	Y	D	G	V	L	L	Y	A	P	H	S	A	Y	G	T	P	D	D	F	K	A	F	I	D	A	A	H	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						T	T								T													S	S	S				S	T	T									T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Sequence		Y	G	L	S	V	V	L	D	I	V	L	N	H	F	G	P	E	G	N	Y	L	P	L	L	A	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	F	H	K	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	M	T	P	W	G	N	G	I	A	Y	D	V	D	A	V	R	R	Y	I	I	E	A	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T										S				S	S	S								G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G						.	.	.	.	.	.	.	.			T	T						T	T	S											.	.	.
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template SS confidence
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.															.	.	220	.	.	.									.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.			.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.							.	.	.	390
Predicted Secondary structure																																																			.	.																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	.	.	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	.	.	.	.	.	.	E	D	A	A
Query Conservation																																																			.	.																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.								.																			.	.	.	.																			.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.								.																			.	.	.	.
Template Sequence		.	P	L	Y	W	L	T	E	.	Y	H	L	D	G	L	R	F	D	A	I	D	Q	I	E	D	S	S	.	.	.	.	A	R	H	V	L	V	E	I	A	Q	R	I	R	E	D	I	T	D	R	P	I	H	L	T	T	E	D	S	R	N	I	I	S	L	H	P	R	D	Q	D	G	N	A	P	L	F	T	A	E
Template Known Secondary structure		.								.	T	T		S					T	T	G	G	G					S	.	.	.	.	S	S																S	S									S	S				T	T	S				T	T	S			S	S		S
Template Predicted Secondary structure		.								.																			.	.	.	.
Template SS confidence
			246	.	.	.	250	.	.		.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270					.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K
Query Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.
Template Sequence		W	N	D	D	.	F	H	N	A	V	H	V	F	A	T	G	E	T	Q	A	Y	Y	N	D	F	A	D	A	P	E	K	H	L	A	R	A	L	A	E	G	F	A	Y	Q	G	E	I	S	P	Q	T	G	E	P	R	G	V	K	S	T	G	Q	P	P	V	A	F	V	D	F	I	Q	N	H	D	Q	V	G	N	R
Template Known Secondary structure						.														S	G	G	G	G	G	G		S													S		S		S	S		B		T	T	T	S	S	B						T	T	S		G	G	G					S								T	S
Template Predicted Secondary structure						.
Template SS confidence
		320	.	.	.		.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
		454	.	.	.	.						.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	L	L	G	R	.	.	.	.	.	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation							.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	Q	G	D	R	L	I	T	L	A	G	A	E	R	T	K	V	L	L	A	T	L	L	L	S	P	H	I	P	L	L	F	M	G	E	E	Y	G	E	S	R	P	F	L	F	F	T	D	F	H	G	D	L	A	R	A	V	R	E	G	R	A	K	E	F	A	D	H	A	G	E	N	V	P	D	P	N	A	P	E
Template Known Secondary structure		T	T																							S	S	S						T	T	G	G	G	T			S																							T	T	G	G	G	T	T						T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
				495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.			.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.						.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.													.	.																							.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.													.	.																							.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	.	.	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	.	.	.	.	.	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	V
Query Conservation		.	.													.	.																							.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.													.	.																							.	.	.	.	.																																				.
Template Conservation																																																																																.
Template Sequence		T	F	Q	R	S	K	L	N	W	K	Q	Q	H	S	E	E	G	K	A	W	L	A	F	T	R	E	L	L	L	L	R	Q	K	H	I	V	P	L	L	S	A	A	R	E	S	S	G	T	V	L	Q	T	A	P	G	F	I	A	V	S	W	R	F	P	G	G	T	L	S	L	A	L	N	I	S	A	T	T	.	V
Template Known Secondary structure					T	T	S								S																					T					T	T			S										T	T									T	T										S	S	S		.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.
Template SS confidence
		479	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.		.
		566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W	M
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	P	D	L	P	G	K	T	L	F	A	W	P	N	E	S	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	S	L	S	Q	H	S	L	I	V	R	L
Template Known Secondary structure								S							S				.	.	.	.	.	.	.	.	S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		558	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.									.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.