Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 30 Aligned Residues 434 % Identity 31% Template c3k8kB_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: B: PDB Molecule:alpha-amylase, susg; PDBTitle: crystal structure of susg Resolution 2.20 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		114	.	.	.	.	.	120					.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.
Query Sequence		D	I	G	P	Q	W	A	.	.	.	.	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L
Query Conservation									.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	A	S	P	D	T	W	D	E	T	K	R	A	D	I	S	Y	Q	L	L	L	Y	S	F	A	D	S	D	G	D	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	L	N	G	V	T	Q	K	L	D	Y	L
Template Known Secondary structure										S				S								T	T	T	S			S	S	S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		48	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A
Query Conservation
Alig confidence																																																																													.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Template Sequence		N	Q	L	G	V	K	A	L	W	L	S	P	I	H	P	C	X	S	Y	H	G	Y	D	V	T	D	Y	T	K	V	N	P	Q	L	G	T	E	S	D	F	D	R	L	V	T	E	A	H	N	R	G	I	K	I	Y	L	D	Y	V	X	N	H	T	G	T	A	H	P	W	F	T	E	A	S	S	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	T		S								S		B	S	S	T	T			S	B	S		T	T	S			T	T	T																T	T										S				T	T	S							T	T	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	S	S	E	S	P	Y	R	N	Y	Y	S	F	S	E	D	P	K	T	D	I	A	A	G	K	I	A	X	I	T	Q	E	G	A	A	G	Y	N	A	A	E	W	F	Q	V	S	D	E	T	A	A	V	K	G	L	L	K	F	T	L	D	W	S	N	A	P	S	P	I	L	V	V	S	T	G	T	K	A	D
Template Known Secondary structure		.	.		T	T	S	G	G	G	G	G	B				S								T	T		S	T	T			S	S	G	G	G	G			G	G	G				S		S																S	S	T	T	S									S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	N	P	D	T	G	T	D	N	A	K	Y	L	Y	Y	G	E	D	I	C	K	K	F	Y	D	K	G	N	N	I	Y	E	L	T	V	D	F	E	S	T	W	G	L	L	I	R	T	S	N	A	S	F	W	P	S	G	T	K	Y	G	A	S	S	S	S	E	K	L	A	L	N	K	D	F	K	L	T	N	A
Template Known Secondary structure			S		S					T	T							T	T	T									S	S	S											S	S						S			S	S	S			T	T				B	B	S	S	T	T			B		T	T	S					B		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
																	289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.							.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	.	.	.	.	.	.	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.									.	.	.	.						.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.						.	.
Template Sequence		G	N	P	A	N	I	X	F	D	S	Q	Q	I	T	Y	F	H	S	H	F	C	T	D	W	F	A	D	L	N	Y	G	P	V	D	Q	A	G	E	S	P	A	Y	Q	A	I	A	D	A	.	.	.	.	A	K	G	W	I	.	.	A	R	G	V	D	G	L	R	L	D	A	V	K	H	I	Y	H	S	E	T	S
Template Known Secondary structure		S	S		B		B		B	T	T									T	T	S		T	T				B				S	T	T	T	G	G	G											.	.	.	.						.	.		T	T							T	T	G	G	G	S	S	S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.						.	.
Template SS confidence
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.					.	.	.	.	.			.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.							360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	.	.	.	.	.	.	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C
Query Conservation														.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	E	N	P	R	F	L	K	X	F	Y	E	D	X	N	A	Y	Y	K	Q	K	G	H	T	D	D	F	Y	X	I	G	E	V	L	S	E	Y	D	K	V	A	P	Y	Y	K	G	L	P	A	L	F	E	F	S	F	W	Y	R	L	E	W	G	I	N	N	S	T	G	C	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	F	A
Template Known Secondary structure		S																			T	T	T			S										S						G	G	G	G	G	T		S																	T	T			T	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.									.	470	.
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.				490	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.
Query Sequence		M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	.	.	.	K	N	D	P	F	C	R	K	P
Query Conservation																																																																						.	.	.
Alig confidence																																																																						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	D	I	L	S	Y	Q	Q	K	Y	A	N	Y	R	S	D	Y	I	E	A	T	K	L	S	N	H	D	E	D	R	T	S	S	K	L	G	K	S	A	D	K	C	K	L	A	A	A	V	L	L	T	S	A	G	H	P	Y	I	Y	Y	G	E	E	L	G	L	Y	G	T	K	D	N	G	D	E	Y	V	R	S	P
Template Known Secondary structure													T	T		T	T							S			T	T	S							T	T	T															S	S	S						T	T	T	T	T	T					S	T	T		G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
		499	500	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540									.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	P	W	Q	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	V	F	V	R
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		X	L	W	G	D	S	Y	T	T	N	Y	T	D	K	T	D	A	T	V	S	K	N	V	K	T	V	A	D	Q	Q	A	D	T	H	S	L	L	N	I	Y	F	S	L	T	R	L	R	N	T	Y	P	A	L	A	E	G	N	X	T	K	H	S	V	Y	N	E	S	Q	E	K	D	Y	K	P	I	A	A	W	Y	X
Template Known Secondary structure					S	S	T	T						S								T	T	S							T	T		T	T	S													T	T						T							S	S	S	S	G	G	G	T	T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.		.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.
Query SS confidence																	.
Query Sequence		V	L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	.	A	C	E	V	V	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W	M
Query Conservation																	.
Alig confidence																	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	D	N	E	K	L	L	V	I	H	N	F	G	G	T	A	X	Q	L	P	L	T	D	K	I	E	K	V	L	F	V	N	G	E	T	Q	Q	N	T	D	S	D	S	Y	T	L	K	L	G	G	Y	A	S	V	V	F	K
Template Known Secondary structure				T	T										S	S	S								S										S	S						T	T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		632	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.