Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 57 Aligned Residues 402 % Identity 21% Template c3dhuC_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure of an alpha-amylase from lactobacillus2 plantarum Resolution 2.00 Å

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		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	N	E	M	I	Y	S	V	F	V	R	N	Y	S	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	F	A	G	V	T	A	D	L	Q	R	I	K	D	L	G	T	D	I	L	W	L
Template Known Secondary structure		G	G	G												S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						T	T								T		S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.
		200	.	.	.	.	.	.	.								.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	P	V	F	K	A	P	S	.	.	.	.	.	.	.	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	P	I	N	P	I	G	E	V	N	R	K	G	T	L	G	S	P	Y	A	I	K	D	Y	R	G	I	N	P	E	Y	G	T	L	A	D	F	K	A	L	T	D	R	A	H	E	L	G	M	K	V	M	L	D	I	V	Y	N	H	T	S	P	D	S	V	L	A	T	E	H	P	E	W	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S		B			T	T			T	T	T			T	T	S	B	S		T	T	S			G	G	G																T	T										S				T	T	S							G	G	G	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.						.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.						.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	F	Y	H	D	A	D	G	Q	L	T	N	K	V	G	D	W	S	D	V	K	D	L	D	Y	G	H	H	E	L	W	Q	Y	Q	I	D	T	.	.	.	.	L	L	Y	W	S	.	.	.	Q	F	V	D	G	Y	R	C	D	V	A	P	L	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	B		B		T	T	S		B			S		T	T		T	T				B		T	T		T										.	.	.	.					T	.	.	.	T	T		S					T	T	G	G	G	S		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.						.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.					.	.	160	.	.				.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.									.	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.					.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.
Query Sequence		H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	A	A	M	N	.	.	.	.	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y
Query Conservation																																										.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	W	L	E	A	R	K	Q	V	N	A	K	Y	P	E	T	L	W	L	A	E	S	A	G	S	G	F	I	E	E	L	R	S	Q	G	Y	T	G	L	S	D	S	E	L	Y	Q	A	F	D	M	T	Y	D	Y	D	V	F	G	D	F	K	D	Y	W	Q	G	R	S	T	V	E	R	Y	V	D	L	L	Q	R	Q
Template Known Secondary structure															T	T																			T	T										T	T	T		S				G	G	G	T									T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	T
Query Conservation
Alig confidence										.	.																					.																																												.	.	.
Template Conservation										.	.																					.																																												.	.	.
Template Sequence		D	A	T	F	P	G	N	Y	.	.	V	K	M	R	F	L	E	N	H	D	N	A	R	M	M	S	L	M	H	S	.	K	A	E	A	V	N	N	L	T	W	I	F	M	Q	R	G	I	P	L	I	Y	N	G	Q	E	F	L	A	E	H	Q	P	S	L	F	D	R	D	T	M	V	A	D	.	.	.	R	H	G
Template Known Secondary structure					S		T	T		.	.						S			T	T	S									S	.														S	S	S						T	T	G	G	G	T			S				S	S	S					T	T		.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.																					.																																												.	.	.
Template SS confidence
		260	.	.	.	.	.	.	.			.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.		.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330				.	.	.
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.				.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.
Query Sequence		A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	V	V	.	.	.	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G
Query Conservation																																																												.	.	.
Alig confidence																.																																												.	.	.														.	.	.	.
Template Conservation																.																																																												.	.	.	.
Template Sequence		D	V	T	P	L	I	Q	K	L	V	T	I	K	Q	.	L	P	L	L	R	A	A	D	Y	Q	L	A	V	V	E	E	G	I	V	K	I	T	Y	R	A	A	G	E	A	L	T	A	W	I	P	L	K	G	Q	V	T	A	V	A	T	K	L	A	A	G	S	Y	Q	N	L	L	T	D	G	.	.	.	.	P	T
Template Known Secondary structure															T	.	S	G	G	G	G		S								G	G	G									T	T									T	T												S						T	T	T	T		.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																.																																																												.	.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.		.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.					.	.
		586	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	V	V	D	G	K	L	T	V	D	G	Q	P	V	L	I
Template Known Secondary structure					T	T						S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.