Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 86 Aligned Residues 469 % Identity 19% Template c3bc9A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase, catalytic region; PDBTitle: alpha-amylase b in complex with acarbose Resolution 1.35 Å

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		63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.					.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.
Query Sequence		A	W	R	A	A	I	D	L	S	S	G	Q	P	R	R	R	Y	S	F	.	.	.	.	K	L	L	W	H	D	R	Q	R	W	F	T	P	Q	G	F	S	R	M	P	P	A	R	L	E	Q	F	A	V	D	V	P	D	I	G	P	Q	W	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P
Query Conservation																					.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.																													.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.
Template Sequence		L	A	L	T	D	L	I	T	D	S	D	I	Q	G	I	D	Y	N	I	E	G	N	K	V	I	I	N	N	F	S	L	E	P	T	C	N	Y	R	L	S	Y	E	V	I	D	I	Y	D	N	H	L	.	.	.	.	Q	G	Y	I	E	F	L	V	N	Q	S	N	Y	P	Q	I	P	D	Q	E	V	N	H	T	I
Template Known Secondary structure							T	T	T	T				T	T							T	T											T	T												T	T					.	.	.	.											S	S						G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.
Template SS confidence
		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100					.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.				.	.	210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.
Query Sequence		R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	.	.	.	V	H	K	Y	D	T	E	D
Query Conservation																																																																							.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Q	A	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	W	E	M	N	T	G	E	Y	A	T	E	H	P	E	E	A	N	L	W	N	L	L	A	E	R	A	P	E	L	A	E	A	G	F	T	A	V	W	L	P	P	A	N	K	G	M	A	G	I	H	D	V	G	Y	G	T	Y	D
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	T	S								G	G	G	G	G																T										S			T	T	G	G	G			S		S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		126	.	.	.																		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
		216	.										.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																				.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																				.	.
Query Sequence		Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	.	.
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																				.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.																									.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.
Template Sequence		L	W	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	T	V	R	T	K	Y	G	T	K	G	E	L	E	N	A	I	D	A	L	H	N	N	D	I	K	V	Y	F	D	A	V	L	N	H	R	M	G	A	.	.	.	.	.	D	Y	A	E	T	V	L	L	D	E	N	S	R	D	K	P	G	Q	Y	I	K	A	W	T	G	F
Template Known Secondary structure		T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S	B	T	T	B															T	T										S				S		.	.	.	.	.	S							B		T	T		S	S	S	T	T									B
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.						.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
																																										285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.	.
Template Sequence		N	F	P	G	R	N	G	E	Y	S	N	F	T	W	N	G	Q	C	F	D	G	T	D	W	D	D	Y	S	K	E	S	G	K	Y	L	F	D	E	K	S	W	D	W	T	Y	N	W	D	E	D	Y	L	M	G	A	D	V	D	Y	E	N	E	A	V	Q	N	D	V	I	D	W	.	.	.	.	G	Q	W	I	I
Template Known Secondary structure				T	T	T	T	T	S	S					B		G	G	G								T	T	T	T							B	T	T							S	S	T	T		S			S	S					T	T												.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.
Template SS confidence
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.					.	.	.	.	.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.		.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390		.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure																																								.																													.
Query SS confidence																																								.																													.
Query Sequence		K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	.	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	A	A	.	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G
Query Conservation																																								.																													.
Alig confidence				.																.	.	.	.	.	.	.	.													.																													.
Template Conservation				.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	N	.	I	D	F	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	R	F	I	D	K	W	M	S	A	V	Q	N	S	S	N	R	D	V	F	F	V	G	E	A	W	V	E	D	V	D	D	L	K	G	F	L	D	T	V	G	N	P	D	L	R	V	F	D	F	P	L	R	S
Template Known Secondary structure			T	.	T								T	T	G	G	G	S		.	.	.	.	.	.	.	.														T		S	S												S														T	T
Template Predicted Secondary structure				.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		340	.		.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.									.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.		.	.	.	.	.	480
Predicted Secondary structure																																																											.																.
Query SS confidence																																																											.																.
Query Sequence		F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	.	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	.	G	V	P	C	I	Y
Query Conservation																																																											.																.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.																.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	F	V	D	M	L	N	G	A	Y	M	A	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	N	A	G	L	V	N	S	P	G	Y	E	N	R	A	V	T	F	V	D	N	H	D	T	D	R	D	E	G	S	Y	T	V	S	I	Y	S	R	K	Y	Q	A	Y	A	Y	I	L	T	R	A	E	G	V	P	T	V	Y
Template Known Secondary structure							T	T				G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S		S	G	G	G	S	T	T	T	G	G	G					S			T	T	T	S		S	S	S		S	S					S	S												S	S	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.										.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.		.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.					.	550	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.														.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.														.	.	.	.
Query Sequence		Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	.	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	.	.	.	.	N	Q	Q	R	V	L	V
Query Conservation																																																									.														.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.										.														.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template Sequence		W	K	D	Y	Y	I	W	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	K	E	G	L	D	K	L	L	T	A	R	R	Y	.	.	.	Y	A	Y	G	P	G	Y	E	V	D	N	N	D	A	D	I	Y	S	Y	V	R	S	G	F	P	D	V	A	G	D	G	L	V	L
Template Known Secondary structure							T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	T			S						S				S	S										T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template SS confidence
		482	.	.	.	.	.	.	.																						490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.				.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
		556	.	.	.	560	.	.	.	.		.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.			.	.	.	.	.	.						590	.	.	.	.				.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure											.																				.	.							.	.	.	.	.						.	.	.
Query SS confidence											.																				.	.							.	.	.	.	.						.	.	.
Query Sequence		A	I	N	R	G	E	A	C	E	.	V	V	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	.	.	H	G	Q	L	T	D	.	.	.	.	.	G	I	L	A	L	.	.	.	P	A	I	S	A	T	V	W	M
Query Conservation											.																				.	.							.	.	.	.	.						.	.	.
Alig confidence											.																				.	.							.	.	.	.	.						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	I	S	D	G	T	S	G	N	V	A	G	K	W	I	N	S	R	Q	P	D	T	E	F	Y	D	L	T	G	H	I	K	E	H	V	T	T	D	S	E	G	Y	G	N	F	K	V	I	K	S	E	D	K	G	W	S	I	W	V
Template Known Secondary structure								S											S		T	T						T	T	S		S		S						T	T	S									S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.