Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 25 Aligned Residues 534 % Identity 14% Template c3amlA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:os06g0726400 protein; PDBTitle: structure of the starch branching enzyme i (bei) from oryza sativa l Resolution 1.70 Å

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		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.					.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.														.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.														.	.
Query Sequence		F	V	K	Q	S	K	D	Q	L	L	I	T	L	W	L	T	G	E	D	P	P	Q	R	I	M	L	R	T	E	H	D	N	E	E	M	S	V	P	M	H	K	Q	R	S	Q	P	Q	P	G	V	T	A	W	R	A	A	I	D	L	S	.	.	.	.	S	G	Q	P	R	R	R	Y	S	F	K	L	L	.	.	W
Query Conservation																																																														.	.	.	.														.	.
Alig confidence																									.	.																	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.														.	.
Template Conservation																									.	.																	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	I	N	T	V	D	G	A	T	I	Y	R	E	W	A	P	A	A	Q	E	A	Q	L	.	.	I	G	E	F	N	N	W	N	G	A	K	H	K	M	E	K	.	.	.	.	.	.	D	K	F	G	I	W	S	I	K	I	S	H	V	N	G	K	P	A	I	P	H	N	S	K	V	K	F	R	F	R	H	G	G
Template Known Secondary structure							T	T									T	T		S					.	.			G	G	G	T	T			T	T		B				.	.	.	.	.	.		T	T	S									B	T	T	B		S	S		T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.																	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.			.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.							.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	D	R	Q	R	W	F	T	P	Q	G	F	S	R	M	P	P	A	R	L	E	Q	F	A	V	D	V	P	D	I	G	P	Q	W	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	W	V	D	R	I	P	A	W	I	R	Y	A	T	F	D	A	S	K	F	G	A	P	Y	D	G	V	H	W	D	P	P	A	C	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	F	K	H	P	R	P	P	K	P	D	A	P	R	I	Y	E	A	H	V	G	M	S	G	E	E	P
Template Known Secondary structure										T	T		S							S	S	S	S												G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S							S	S								S	T	T		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		131	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.																.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.		.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.			.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure																						.																								.	.
Query SS confidence																						.																								.	.
Query Sequence		T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	.	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	V	.	.	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R
Query Conservation																						.																								.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.										.																								.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	Y	R	E	F	A	D	N	V	L	P	R	I	R	A	N	N	Y	N	T	V	Q	L	M	A	I	M	E	H	S	Y	Y	A	S	F	G	Y	H	V	T	N	F	F	A	V	S	S	R	S	G	T	P	E	D	L	K	Y	L	V	D	K	A	H	S	L	G	L	R
Template Known Secondary structure		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.										T							T	T								S					S		G	G	G	T	T		S		S							G	G	G																T	T
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		196	.										.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.																				.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.																				.	.	.	.
Template Sequence		V	L	M	D	V	V	H	S	H	A	S	N	N	V	T	D	G	L	N	G	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	V	G	Q	N	T	H	E	S	Y	F	H	T	G	D	R	G	Y	H	K	L	W	.	.	.	.	D	S	R	L	F	N	Y	A	N	W	E	V	L	R	F	L	L	S	N	.	.	.	.	L	R	Y
Template Known Secondary structure									S		B				T	T	T	S	G	G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	S	S			G	G	G	S	S	B			G	G	G	G			T	T	T	.	.	.	.	T				B		T	T	S											.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.																				.	.	.	.
Template SS confidence
		267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.								.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.					310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.					.	330	.
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.
Template Sequence		W	M	D	E	.	F	M	F	D	G	F	R	F	D	G	V	T	S	M	L	Y	H	H	H	G	I	N	K	G	F	T	G	N	Y	K	E	Y	F	S	L	D	T	D	V	D	A	I	V	Y	M	M	L	A	N	H	L	M	H	K	L	L	P	E	A	T	I	V	A	E	D	V	S	G	M	P	V	L	C	R	P
Template Known Secondary structure						.									T	T						B	T	T	T	T	T	T					S		G	G	G	T	S	S	T	T	B																				T	T								S	S			T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure						.
Template SS confidence
		332	.	.	.		.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		385	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		D	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence																																														.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	D	E	G	G	V	G	F	D	F	R	L	A	M	A	I	P	D	R	W	I	D	Y	L	K	N	K	E	D	R	K	W	S	M	S	E	I	V	Q	T	L	T	N	R	.	.	.	.	.	.	R	Y	T	E	K	C	I	A	Y	A	E	S	H	D	Q	S	I	V	G	D	K	T	I	A	F	L	L	M	D	K
Template Known Secondary structure		G	G	G	T	S				S					T	T														G	G	G													S	.	.	.	.	.	.		T	T	S						S					T	T	S				B								T	T
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.							.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
																							461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.									.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.					.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	.	.	.	.	V	E	K	Q	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	M	Y	T	G	M	S	D	L	Q	P	A	S	P	T	I	N	R	G	I	A	L	Q	K	M	I	H	F	I	T	M	A	L	G	G	D	G	Y	L	N	F	M	G	N	E	F	G	H	P	E	W	I	D	F	P	R	E	G	N	N	W	S	Y	D	K	C	R	R	Q	W	S	L	V	D	T	D	H	L	R	Y
Template Known Secondary structure						S		B	S	S	S																										S						T	T	G	G	G	T			S	B						G	G	G	T	T			T	T	S	S									T	T	B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.
		508	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540			.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.						.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure																																			.	.																									.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.																									.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	.	.	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	.	.	.	.	.	V	V	L	P	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																			.	.																									.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.	.							.	.	.	.															.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.
Template Sequence		K	Y	M	N	A	F	D	Q	A	M	N	A	L	E	E	E	F	S	F	L	S	S	S	K	Q	I	V	S	D	M	N	E	K	D	K	V	I	V	F	E	R	.	.	.	.	G	D	L	V	F	V	F	N	F	H	P	N	K	T	Y	K	G	Y	K	V	G	C	D	L	P	G	K	Y	R	V	A	L	D	S	D
Template Known Secondary structure																				G	G	G											T	T	T	T							.	.	.	.	T	T									S	S											S	S		S								T	T
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.
Template SS confidence
		565	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.					.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640
																				571	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W	M
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	V	F	G	G	H	G	R	V	G	H	D	V	D	H	F	T	S	P	E	G	M	P	G	V	P	E	T	N	F	N	N	R	P	N	S	F	K	V	L	S	P	P	R	T	C	V	A	Y	Y
Template Known Secondary structure		S	G	G	G	T	S				S		T	T									S		T	T		G	G	G	S	B	T	T	B	S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		641	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.