Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 535 % Identity 21% Template c2ya1A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative alkaline amylopullulanase; PDBTitle: product complex of a multi-modular glycogen-degrading2 pneumococcal virulence factor spua Resolution 2.25 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.			.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.		.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.						.	.
Predicted Secondary structure																		.	.																				.																																				.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.																				.																																				.	.	.	.	.
Query Sequence		N	A	W	H	L	P	V	P	P	F	V	K	Q	S	K	D	.	.	Q	L	L	I	T	L	W	L	T	G	E	D	P	P	Q	R	I	M	L	.	R	T	E	H	D	N	E	E	M	S	V	P	M	H	K	Q	R	S	Q	P	Q	P	G	V	T	A	W	R	A	A	I	D	L	S	S	.	.	.	.	.	G	Q
Query Conservation																		.	.																				.																																				.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.																				.																.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	T	Y	S	Y	D	G	K	L	G	A	D	L	K	E	E	G	K	Q	V	D	L	T	L	W	S	P	S	A	D	K	V	S	V	V	V	Y	D	K	N	D	P	D	K	V	V	G	T	V	A	L	E	K	.	.	.	.	.	.	G	E	R	G	T	W	K	Q	T	L	D	S	T	N	K	L	G	I	T	D	F
Template Known Secondary structure								S								G	G	G	T									T	T		S									S	S		T	T	S										.	.	.	.	.	.		G	G	G								T	T		S	S			S
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.							.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.		.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.															.	.	.	.	.	.	120	.									.	.	.	.	.	.	.	.	130	.
Predicted Secondary structure																				.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	R	R	R	Y	S	F	K	L	L	W	H	D	R	Q	R	W	F	.	T	P	Q	G	F	S	R	M	P	P	A	R	L	E	Q	F	A	V	D	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	G	P	Q	W	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D
Query Conservation																				.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	G	Y	Y	Y	Q	Y	Q	I	E	R	Q	G	K	T	V	L	A	L	D	P	Y	A	K	S	L	A	A	W	N	S	D	D	S	K	I	D	D	A	H	K	V	A	K	A	A	F	V	D	P	A	K	L	G	P	Q	D	L	T	Y	G	K	I	H	N	F	K	T	R	E	D	A	V	I	Y	E	A	H	V	R
Template Known Secondary structure		T	T										T	T								T	T		S	S	B				B	G	G	G	T	T	S		G	G	G	S	S								G	G	G	S	S		T	T							T	T		S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		517	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.
		132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	F	T	S	D	P	A	I	A	K	D	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	F	G	T	F	E	A	F	I	E	K	L	D	Y	L	K	D	L	G	V	T	H	I	Q	L	L	P	V	L	S	Y	Y	F	V	N	E	L
Template Known Secondary structure							G	G	G	T	T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		T	T	S						T	T								T		S					S			B		B	S	S		B	G	G
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		597	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.
																		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.									.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	H	E	R	L	S	D	Y	A	S	S	N	S	N	Y	N	W	G	Y	D	P	Q	N	Y	F	S	L	T	G	M	Y	S	S	D	P	K	N	P	E	K	R	I	A	E	F	K	N	L	I	N	E	I	H	K	R	G	M	G	A	I	L	D	V	V	Y	N	H	T	A	K	V	D	L	F	E	D	L	E	P
Template Known Secondary structure		G	T	T	S				S			S	S	S		S				S		S	B	S		S	S	S	B		S	T	T		S		T	T		T	T															T	T	T									T	T			S							T	T	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		648	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																	.	.	.	.								.																.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																	.	.	.	.								.																.
Template Sequence		N	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	H	F	M	D	A	D	G	T	P	R	T	S	F	G	G	G	.	.	.	R	L	G	T	T	H	H	M	T	K	R	L	L	I	D	S	.	.	.	.	I	K	Y	L	V	D	T	.	Y	K	V	D	G	F	R	F	D	M	M	G	D	H	D	.
Template Known Secondary structure		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	B		B		T	T			B				T	T			.	.	.		B		T	T	S											.	.	.	.								.									T	T	G	G	G	S	B	.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																	.	.	.	.								.																.
Template SS confidence
		728	.															730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.				.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.					.	.	.	.	.	.	.		770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.								.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	A	A	M	N	Y	.	.	.	.	.	.	.	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	A	A	S	I	E	E	A	Y	K	A	A	R	A	L	N	P	N	L	I	M	L	G	E	G	W	R	T	Y	A	G	D	E	N	M	P	T	K	A	A	D	Q	D	W	M	K	H	T	D	T	V	A	V	F	S	D	D	I	R	N	N	L	K	S	G	Y	P	N	E	G	Q	P	A	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																T	T									S					S	T	T					B	S	S	G	G	G	G	G	G		S	S	S												S			T	T	S	T	T				T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									785	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.
								417	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.															460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	T	G	G	K	R	D	V	N	T	I	F	K	N	L	I	A	Q	P	T	N	F	E	A	D	S	P	G	D	V	I	Q	Y	I	A	A	H	D	N	L	T	L	F	D	I	I	A	Q	S	I	K	K	D	P	S	K	A	E	N	Y	A	E	I	H	R	R	L	R	L	G	N	L	M	V	L	T	A	Q	G	T
Template Known Secondary structure		T	T	T													T	T			S	S	S			S	S	G	G	G					S			S	S	S	S											T			T	T	S																				T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		858	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.							.	.	.	.	.	510
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	.	.	.	.	.	.	K	Q	D	T	A	L
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	F	I	H	S	G	Q	E	Y	G	R	T	K	Q	F	R	N	P	A	Y	R	T	P	V	A	E	D	K	V	P	N	K	S	H	L	L	R	D	K	D	G	N	P	F	D	Y	P	Y	F	I	H	D	S	Y	D	S	S	D	A	V	N	K	F	D	W	T	K	A	T	D	G	K	A	Y	P	E	N	V	K	S
Template Known Secondary structure						T	T	T	T	T	T				B				G	G	G	S	S				T	T	T			T	T							T	T	S										S			T	T																T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		938	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.
		511	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.																.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550		.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.		.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.															.							.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.															.							.	.	.
Query Sequence		F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	.	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	.	V	V	L	P	A	S	.	.	.
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.															.							.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.															.							.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	D	Y	M	K	G	L	I	A	L	R	Q	S	T	D	A	F	R	L	K	S	L	Q	D	I	K	D	R	V	H	L	I	T	V	P	G	Q	N	G	V	E	K	E	D	V	V	I	G	Y	Q	I	T	A	P	N	G	D	I	Y	A	V	F	V	N	A	D	E	K	A	R	E	F	N	L	G	T	A	F	A	H
Template Known Secondary structure																G	G	G	S		S												S	S		T	T	S	T	T			S			S									T	T	S										S	S	S							T	T	T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1018	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.
											571	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	R	N	A	E	V	L	A	D	E	N	Q	A	G	P	V	G	I	A	N	P	K	G	L	E	W	T	E	K	G	L	K	L	N	A	L	T	A	T	V	L
Template Known Secondary structure		G	G	G							S	S		B		S	S			S	S		S	S					S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1098	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.