Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 537 % Identity 16% Template c2x4bA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:limit dextrinase; PDBTitle: barley limit dextrinase in complex with beta-cyclodextrin Resolution 2.10 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	H	L	P	V	P	P	F	V	K	Q	S	K	D	Q	L	L	I	T	L	W	L	T	G	E	D	P	P	Q	R	I	M	L	R	T	E	H	D	N	E	E	M	S	V	P	M	H	K	Q	R	S	Q	P	Q	P	G	V	T	A	W	R	A	A	I	D	L	S	S	G	Q	P	R	R	R	Y	S	F	K	L	L
Query Conservation
Alig confidence																																			.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.															.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	A	Y	T	G	P	L	G	A	V	F	S	E	D	S	V	S	L	H	L	W	A	P	T	A	Q	G	V	S	V	C	F	F	.	D	G	P	A	G	P	A	L	E	T	V	Q	L	K	.	.	.	.	.	.	E	S	N	G	V	W	S	V	T	G	P	R	E	W	E	N	R	Y	Y	L	Y	E	V	D	V	Y
Template Known Secondary structure						S								S	S									T	T		S								.	S	T	T	T	S										.	.	.	.	.	.			T	T								G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure																																			.															.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170							.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
		85	.						.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.			.	.	.	.	120													.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.																														.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.																														.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	H	.	.	.	.	.	D	R	Q	R	W	F	T	P	Q	G	F	S	R	M	P	P	A	R	L	E	Q	F	A	V	D	V	P	D	I	.	.	G	P	Q	W	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H
Query Conservation				.	.	.	.	.																														.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.																														.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		H	P	T	K	A	Q	V	L	K	C	L	A	G	D	P	Y	A	R	S	L	S	A	N	G	A	R	T	W	L	V	D	I	N	N	E	T	L	K	P	A	S	W	D	E	L	A	D	E	K	P	K	L	D	S	F	S	D	I	T	I	Y	E	L	H	I	R	D	F	S	A	H	D	G	T	V	D	S	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	T	T										T	T		S		B	S	G	G	G	S	S						T	T		G	G	G	S		T	T	G	G	G					S				S		G	G	G														T		T	T	S		T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.								.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	.	.	.	.	.	.	.	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	R	G	G	F	R	A	F	A	Y	Q	A	S	A	G	M	E	H	L	R	K	L	S	D	A	G	L	T	H	V	H	L	L	P	S	F	H	F	A	G	V	D	D	I	K	S	N	W	K	F	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	S	G	G	G	G	G		T	T	S													T													S	S	S		S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																														274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
																														208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.								.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	.	.	.	.	.	.	.	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	E	C	E	L	A	T	F	P	P	G	S	D	M	Q	Q	A	A	V	V	A	I	Q	E	E	D	P	Y	N	W	G	Y	N	P	V	L	W	G	V	P	K	G	S	Y	A	S	D	P	D	G	P	S	R	I	I	E	Y	R	Q	M	V	Q	A	L	N	R	I	G	L	R	V	V	M	D	V	V	Y	N	H	L
Template Known Secondary structure							T	T	S		T	T		S										T	T	S	S	S															G	G	G	S	S		S	S	S	T																T	T										S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																	.	.	.	.								.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																	.	.	.	.								.
Template Sequence		D	S	S	G	P	C	G	I	S	S	V	L	D	K	I	V	P	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	R	R	D	T	N	G	Q	I	E	N	S	A	A	M	N	.	.	.	N	T	A	S	E	H	F	M	V	D	R	L	I	V	D	D	.	.	.	.	L	L	N	W	A	V	N	.	Y	K	V	D	G
Template Known Secondary structure		S			S	S		S	T	T							S	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	S	B		B		T	T	S		B			T	T	S	S	S	.	.	.	B	B		T	T	S											.	.	.	.								.	S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																	.	.	.	.								.
Template SS confidence
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.									.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.				.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.					.	.	460	.	.	.	.		.	.	.	.	.
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.									.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.							.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	.	.	.	.	.	.	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	R	F	D	L	M	G	H	I	M	K	.	.	.	.	.	.	.	.	R	T	M	M	R	A	K	S	A	L	Q	S	L	T	T	D	A	H	G	V	D	G	S	K	I	Y	L	Y	G	E	G	W	D	F	A	E	V	A	R	N	Q	R	G	I	N	G	S	Q	L	N	M	S	G	T	G	I	G	S	F	N	D
Template Known Secondary structure					T	T	G	G	G	S	B		.	.	.	.	.	.	.	.												T							S	S		G	G	G											G	G	G	G	G	G	T	T	S	S	B			T	T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480									.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	I	R	D	A	I	N	G	G	N	P	F	G	N	P	L	Q	Q	G	F	N	T	G	L	F	L	E	P	N	G	F	Y	Q	G	N	E	A	D	T	R	R	S	L	A	T	Y	A	D	Q	I	Q	I	G	L	A	G	N	L	R	D	Y	V	L	I	S	H	T	G	E	A	K	K	G	S	E	I	H	T	F	D
Template Known Secondary structure										S		T	T	S		T	T				T	T	T	T	T	T	T	S			S	S																								B	T		B	S	S						T	T	S					T	T	T	S	B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.
					431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.											.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query SS confidence		.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query Sequence		.	.	.	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	.	.
Query Conservation		.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Alig confidence		.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	P	V	G	Y	T	A	S	P	I	E	T	I	N	Y	V	S	A	H	D	N	E	T	L	F	D	V	I	S	V	K	T	P	M	I	L	S	V	D	E	R	C	R	I	N	H	L	A	S	S	M	M	A	L	S	Q	G	I	P	F	F	H	A	G	D	E	I	L	R	S	K	S	I	D	R	D	S	Y	N
Template Known Secondary structure		S		B	S			B	S	S	G	G	G					S			S	S	S											S		T	T	S																		T	S	B	S						T	T	G	G	G	T				T	T		S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		622	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.
						496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Query SS confidence		.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Query Sequence		.	.	.	.	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	.	.
Query Conservation		.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Alig confidence		.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	G	D	W	F	N	K	L	D	F	T	Y	E	T	N	N	W	G	V	G	L	P	P	S	E	K	N	E	D	N	W	P	L	M	K	P	R	L	E	N	P	S	F	K	P	A	K	G	H	I	L	A	A	L	D	S	F	V	D	I	L	K	I	R	Y	S	S	P	L	F	R	L	S	T	A	N	D	I	K	Q
Template Known Secondary structure		S									T	T	S	S					S	S									G	G	G											G	G	G	S																					T	T		G	G	G	G			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		702	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.
											536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550														.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.		.	.	.	.	.	570	.	.										.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	.	V	V	L	P	A	S	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	V	R	F	H	N	T	G	P	S	L	V	P	G	V	I	V	M	G	I	E	D	A	R	G	E	S	P	E	M	A	Q	L	D	T	N	F	S	Y	V	V	T	V	F	N	V	C	P	H	E	V	S	M	D	I	P	A	L	A	S	M	G	F	E	L	H	P	V	Q	V	N	S	S	D	T	L	V	R	K	S
Template Known Secondary structure							S		S	T	T			T	T											S	S	S		S	S					S	S											S	S	S							G	G	G		S	S										T		S		T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		782	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.
		584	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	G	Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W	M
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	Y	E	A	A	T	G	R	F	T	V	P	G	R	T	V	S	V	F	V
Template Known Secondary structure					T	T	T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		862	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.