Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 535 % Identity 16% Template c2vncB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:glycogen operon protein glgx; PDBTitle: crystal structure of glycogen debranching enzyme trex from2 sulfolobus solfataricus Resolution 3.0 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.			.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.		.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.																				.
Query SS confidence													.	.																				.
Query Sequence		P	V	P	P	F	V	K	Q	S	K	D	.	.	Q	L	L	I	T	L	W	L	T	G	E	D	P	P	Q	R	I	M	L	.	R	T	E	H	D	N	E	E	M	S	V	P	M	H	K	Q	R	S	Q	P	Q	P	G	V	T	A	W	R	A	A	I	D	L	S	S	G	Q	P	R	R	R	Y	S	F	K	L	L
Query Conservation													.	.																				.
Alig confidence													.	.																				.																.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.													.	.
Template Sequence		P	Y	P	L	G	S	N	W	I	E	D	D	D	G	V	N	F	S	L	F	S	E	N	A	E	K	V	E	L	L	L	Y	S	L	T	N	Q	K	Y	P	K	E	I	I	E	V	K	N	.	.	.	.	.	.	K	T	G	D	I	W	H	V	F	V	P	G	.	.	L	R	P	G	Q	L	Y	A	Y	R	V	Y
Template Known Secondary structure		S		S	S						T	T	T	T									T	T		S									S	S			S	S		S								.	.	.	.	.	.			T	T								T	.	.			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.													.	.
Template SS confidence
		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.							.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.			.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		85											.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.																																						.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	D	R	Q	R	W	F	T	P	Q	G	F	S	R	M	P	P	A	R	L	E	Q	F	A	V	D	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	G	P
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	P	Y	K	P	E	L	G	L	R	F	N	P	N	K	V	L	I	D	P	Y	A	K	A	I	N	G	S	V	I	W	N	D	A	V	F	G	Y	K	I	G	D	Q	N	Q	D	L	T	Y	D	E	R	D	S	G	E	Y	V	P	K	S	V	V	I	N	P	Y	F	E	W	D	D	E	D	F	I	K	G	K	K
Template Known Secondary structure						G	G	G	T					T	T	S		B			T	T		S		B		S						T	T	S	B	S	S		S	S	S	T	T	T	T	T	S							T	T	T	S														T					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.			.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.
Query SS confidence																																																																				.	.
Query Sequence		Q	W	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	.	.	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T
Query Conservation																																																																				.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	P	L	K	D	T	V	I	Y	E	V	H	V	K	G	F	T	K	L	R	L	D	L	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	I	R	G	T	Y	E	G	L	A	S	E	Q	M	I	S	Y	L	K	D	L	G	I	T
Template Known Secondary structure				T	T	T													S	S			S	S		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	S					T	S	S										T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.												.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.								.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	.	.	.	.	.	.	.	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	V	E	L	M	P	V	F	H	F	I	D	Q	R	F	L	T	D	K	G	L	T	N	Y	W	G	Y	D	P	I	N	F	F	S	P	E	C	R	Y	S	S	T	G	C	L	G	G	Q	V	L	S	F	K	K	M	V	N	E	L	H	N	A	G	I	E	V	I	I	D	V	V	Y	N	H	T	A	E	G	N	H
Template Known Secondary structure									B		B								T	T	S					S				B	S		S	S	S	B		G	G	G		T	T		S	S	S																	T										S			T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.								.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.								.
Template Sequence		L	G	P	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	S	F	R	G	I	D	N	T	A	Y	Y	M	L	Q	P	D	N	K	R	Y	Y	L	D	F	T	G	T	G	N	T	L	N	L	S	H	P	R	V	I	Q	M	V	L	D	S	.	.	.	.	L	R	Y	W	V	T	E	.	M	H	V	D	G	F	R	F	D	L
Template Known Secondary structure		S		B		S	.	.	.	.	.	.	.	.	S						S	T	T	T	B				T	T								S	S	S	S	S			B		T	T	S											.	.	.	.							T	.	T								T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.								.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.									.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.					.	.	350	.	.	.	.		.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
		338	.	340	.	.	.	.	.	.		.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.
Query SS confidence											.
Query Sequence		V	H	M	L	G	E	A	G	G	.	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I
Query Conservation											.
Alig confidence											.														.	.																															.	.																		.	.	.
Template Conservation																									.	.																															.	.																		.	.	.
Template Sequence		A	A	A	L	A	R	E	L	Y	S	V	N	M	L	N	T	F	F	I	A	L	Q	Q	.	.	D	P	I	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	V	G	Q	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	Y	Q	W	.	.	A	E	W	N	G	K	Y	R	D	S	I	R	R	F	W	R	G	.	.	.	E	A	L
Template Known Secondary structure											T	T	T												.	.	S	T	T	T	T	T	S										S	S	S	S				S				T	T		.	.					T	T									T	T		.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																									.	.																															.	.																		.	.	.
Template SS confidence
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.			.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.			.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.				.	.	.
		417	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	A	R	L	P	L	A
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.
Template Sequence		P	Y	S	E	I	A	N	R	L	L	G	.	S	P	D	I	N	N	K	T	P	F	A	S	I	N	Y	V	T	S	H	D	G	F	T	L	E	D	L	V	S	Y	N	H	N	E	A	N	G	F	N	N	Q	D	G	M	N	E	N	Y	S	W	N	C	G	D	Q	N	V	V	I	C	R	E	K	Q	K	R	N	F
Template Known Secondary structure			T	T								T	.		T	T					S	G	G	G					S			T	T	S		S	S	S	S	S	S	S					S	S	S	T	T	T	T			S		S											T	T	S	T	T					S	S
Template Predicted Secondary structure													.
Template SS confidence
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.		.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
		467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.							.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.
Query Sequence		V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	.	.	.	.	.	.	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	.	.	.	.
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	I	T	L	L	V	S	Q	G	T	P	M	I	L	G	G	D	E	L	S	R	T	Q	R	G	N	N	N	A	F	C	Q	D	N	E	I	T	W	F	D	W	N	L	D	E	R	K	S	K	F	L	E	F	V	K	K	M	I	Q	F	Y	R	A	H	P	A	F	R	R	E	R	D	V	T	F	Y	T	L	E	G
Template Known Secondary structure						T	T	S	S	S						T	T	T	T	T	T				T	T		S			T	T			S	T	T	T	S				S			S	T	T	T	T	T												T	T		G	G	G	S	S									T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.
									537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.		.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																										.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																										.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	.	A	C	E	V	V	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																										.
Template Conservation
Template Sequence		R	E	V	D	E	K	T	W	S	S	P	T	Q	L	V	I	F	V	L	E	G	D	S	F	L	I	I	L	N	A	N	P	N	N	V	K	V	K	F	P	K	G	K	W	E	L	V	I	S	S	Y	L	R	E	I	K	P	E	E	G	E	K	E	L	E	I	E	G	R	T	A	L	V	Y
Template Known Secondary structure						S	S	T	T	S			S																				S	S					B			S	S			B							S	S				S						B					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		621	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.