Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 70 Aligned Residues 370 % Identity 25% Template c2dh3A_ PDB info PDB header:transport protein, signaling protein Chain: A: PDB Molecule:4f2 cell-surface antigen heavy chain; PDBTitle: crystal structure of human ed-4f2hc Resolution 2.80 Å

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		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	W	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	W	W	H	T	G	A	L	Y	R	I	G	D	L	Q	A	F	Q	G	H	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	L	A	G	L	K	G	R	L	D	Y	L	S	S	L	K	V	K	G	L
Template Known Secondary structure			G	G	G	S	S														S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S					G	G	G						T	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W
Query Conservation
Alig confidence											.																																															.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.																																															.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	G	P	I	H	K	N	Q	.	K	D	D	V	A	Q	T	D	L	L	Q	I	D	P	N	F	G	S	K	E	D	F	D	S	L	L	Q	S	A	K	K	K	S	I	R	V	I	L	D	L	T	P	N	Y	R	G	.	E	N	S	W	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											.	T	T		S	T	T								T	T	T																T	T									T	T	T	T	S	.	S	S	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.																																															.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.	.		.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.		.	.	.	.	.
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.						.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.						.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	Q	V	D	T	V	A	T	K	V	K	D	A	.	.	.	.	L	E	F	W	L	.	.	Q	A	G	V	D	G	F	Q	V	R	D	I	E	N	L	K	D	A	.	.	.	.	.	.	S	S	F	L	A	E	W
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S			T										.	.	.	.						.	.		T	T									G	G	G	S	T	T		.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.						.	.																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																										219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.					.	.	.	.	.			.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.							.	.	.	.	260	.	.
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.				.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.
Query Sequence		T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	.	.	.	D	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H
Query Conservation																													.	.	.
Alig confidence																													.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	N	I	T	K	G	F	S	E	D	R	L	L	I	A	G	T	N	S	S	D	L	Q	Q	I	L	S	L	L	E	S	N	K	D	L	L	L	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	S	D	S	G	S	T	G	E	H	T	K	S	L	V	T	Q	Y	L	N	A	T	G
Template Known Secondary structure										S	S								S												T	S		T	T						S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T				S	S		T	T													T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.				.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	.	.	.	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																								.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.																		.																														.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.																		.
Template Sequence		N	R	.	.	.	.	.	W	C	S	W	S	L	S	Q	A	R	L	L	T	S	F	L	P	.	A	Q	L	L	R	L	Y	Q	L	M	L	F	T	L	P	G	T	P	V	F	S	Y	G	D	E	I	G	L	D	A	A	A	L	P	G	Q	P	M	E	A	P	V	M	L	W	D	E	S	S	F	P	D	I	P	G
Template Known Secondary structure		S		.	.	.	.	.						S		S	S	S		G	G	G	T	S		.	G	G	G											S	S	S						T	T	T	T	T	T			S	T	T	S	S	S			S	S	S					S	S	G	G	G			S	S	G	G
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.																		.
Template SS confidence
		327	.						.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.		.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
														505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.		.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.																			.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.																			.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	.	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	V	V	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.																			.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.																			.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	V	S	A	N	M	T	V	K	G	Q	S	E	D	P	G	S	L	L	S	L	F	R	R	L	S	D	Q	R	S	K	E	R	S	L	L	H	G	D	F	H	A	F	S	A	G	P	G	L	F	S	Y	I	R	H	W	D	Q	N	E	R	F	L	V	V	L	N	F	G	D	V	G	L	S	A	G	L	Q	A	S
Template Known Secondary structure		G			G	G	G	S								T	T	S																S	T	T	T	S										T	T									T	T	S										S	S	S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
									567	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	P	A	S	A	S	L	P	A	K	A	D	L	L	L	S	T	Q	P	G	R	E	E	G	S	P	L	E	L	E	R	L	K	L	E	P	H	E	G	L	L	L
Template Known Secondary structure		S			G	G	G				S								S	S	T	T	S		T	T	S				S	S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.