Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 596 % Identity 32% Template c2d0gA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase i; PDBTitle: crystal structure of thermoactinomyces vulgaris r-47 alpha-2 amylase 1 (tvai) mutant d356n/e396q complexed with p5, a3 pullulan model oligosaccharide Resolution 2.60 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.					.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.		.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.																					.
Query SS confidence												.	.	.	.																					.
Query Sequence		W	H	L	P	V	P	P	F	V	K	.	.	.	.	Q	S	K	D	Q	L	L	I	T	L	W	L	T	G	E	D	P	P	Q	R	.	I	M	L	R	T	E	H	D	N	E	E	M	S	V	P	M	H	K	Q	R	S	Q	P	Q	P	G	V	T	A	W	R	A	A	I	D	L	S	S	G	Q	P	R	R	R	Y
Query Conservation												.	.	.	.																					.
Alig confidence												.	.	.	.																					.																																			.	.
Template Conservation																																																																							.	.
Template Sequence		F	H	D	Q	G	P	L	F	D	N	A	P	E	P	T	S	T	Q	S	V	T	L	K	L	R	T	F	K	G	D	I	T	S	A	N	I	K	Y	W	D	T	A	D	N	A	F	H	W	V	P	M	V	W	D	S	N	D	P	T	G	T	F	D	Y	W	K	G	T	I	.	.	P	A	S	P	S	I	K	Y	Y
Template Known Secondary structure		B			S	S	T	T	T	B	S		S	S			T	T											T	T			S									T	T	T	T														T	T	S	S									.	.				S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.
Template SS confidence
		13	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.			.	.	.	.	.	.	.	.	90
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.		.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.
Query SS confidence																																																																											.
Query Sequence		S	F	K	L	L	W	H	D	R	Q	R	W	F	T	P	Q	G	F	S	R	M	P	P	A	R	L	E	Q	F	A	V	D	V	P	D	I	G	P	Q	W	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	.	G	Q	E	I	I	L
Query Conservation																																																																											.
Alig confidence																									.																																																		.
Template Conservation																									.
Template Sequence		R	F	Q	I	N	D	G	T	S	T	A	W	Y	N	G	N	G	P	S	S	T	E	P	.	N	A	D	D	F	Y	I	I	P	N	F	K	T	P	D	W	L	K	N	G	V	M	Y	Q	I	F	P	D	R	F	Y	N	G	D	S	S	N	D	V	Q	T	G	S	Y	T	Y	N	G	T	P	T	E	K	K	A	W
Template Known Secondary structure								T	T							T	T				S	S			.	S	S							T	T																	G	G	G	T			S		G	G	G				T	T	S		B	S	S	S		B						T
Template Predicted Secondary structure																									.
Template SS confidence
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.		.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.		.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.
Query SS confidence																																			.
Query Sequence		R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	.	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q
Query Conservation																																			.
Alig confidence																																			.
Template Conservation
Template Sequence		G	S	S	V	Y	A	D	P	G	Y	D	N	S	L	V	F	F	G	G	D	L	A	G	I	D	Q	K	L	G	Y	I	K	K	T	L	G	A	N	I	L	Y	L	N	P	I	F	K	A	P	T	N	H	K	Y	D	T	Q	D	Y	M	A	V	D	P	A	F	G	D	N	S	T	L	Q	T	L	I	N	D	I	H
Template Known Secondary structure		T	S			S			T	T	S		G	G	G													T						T	T	T								S						S	S	S	S			S		S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		238	.	240					.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.		.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.		.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.			.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.																									.																						.																					.	.
Query SS confidence					.	.	.	.																									.																						.																					.	.
Query Sequence		Q	L	G	.	.	.	.	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	.	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	.	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	.	.	E	S	L	V
Query Conservation					.	.	.	.																									.																						.																					.	.
Alig confidence					.	.	.	.																									.																						.																					.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	T	A	N	G	P	K	G	Y	L	I	L	D	G	V	F	N	H	T	G	D	S	H	P	W	F	D	K	Y	N	N	F	S	S	Q	G	A	Y	E	S	Q	S	S	P	W	Y	N	Y	Y	T	F	Y	T	W	P	D	S	Y	A	S	F	L	G	F	N	S	L	P	K	L	N	Y	G	N	S	G	S	A	V	R
Template Known Secondary structure			S	S	S	S	S											S	B			T	T	S	T	T	T		T	T			S	S	S			T	T	T		T	T		T	T	G	G	G	B					T	T	T						T	T						B	B				S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.				.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.		.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.																															.
Query SS confidence																																													.	.	.																															.
Query Sequence		N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	.	.	.	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	.	Q	A	D
Query Conservation																																													.	.	.																															.
Alig confidence																																													.	.	.																															.
Template Conservation
Template Sequence		G	V	I	Y	N	N	S	N	S	V	A	K	T	Y	L	N	P	P	Y	S	V	D	G	W	R	L	N	A	A	Q	Y	V	D	A	N	G	N	N	G	S	D	V	T	N	H	Q	I	W	S	E	F	R	N	A	V	K	G	V	N	S	N	A	A	I	I	G	Q	Y	W	G	N	A	N	P	W	T	A	Q	G	N
Template Known Secondary structure					T	T	S	T	T	S							S	T	T	T								T	T	G	G	G			S	T	T				S	S																			T	T								S	S			G	G	G	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	W	D	A	A	T	N	F	D	G	F	T	Q	P	V	S	E	W	I	T	G	K	D	Y	Q	N	N	S	A	S	I	S	T	T	Q	F	D	S	W	L	R	G	T	R	A	N	Y	P	T	N	V	Q	Q	S	M	M	N	F	L	S	N	H	D	I	T	R	F	A	T	R	S	G	G	D	L	W	K	T	Y	L
Template Known Secondary structure		S		S			B		T	T	T	T										S	B		T	T	S		B																	T	T	S						T	T					S			T	T	S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		466	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.			.	.	.	.	540	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																								.	.
Query SS confidence																																																																								.	.
Query Sequence		A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	.	.	Y	A	E	D	N	V	V	V
Query Conservation																																																																								.	.
Alig confidence																																																																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	I	F	Q	M	T	Y	V	G	T	P	T	I	Y	Y	G	D	E	Y	G	M	Q	G	G	A	D	P	D	N	R	R	S	F	D	W	S	Q	A	T	P	S	N	S	A	V	A	L	T	Q	K	L	I	T	I	R	N	Q	Y	P	A	L	R	T	G	S	F	M	T	L	I	T	D	D	T	N	K	I	Y	S
Template Known Secondary structure							T	T	S	S	S						T	T	T	T	T	T					S	T	T	T	T	S					T	T	T	S	S	T	T	S																						S									T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.		.	.	.	.	.	570	.			.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590					.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.								.	.																				.	.	.	.
Query SS confidence																							.								.	.																				.	.	.	.
Query Sequence		F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	.	V	V	L	P	A	S	P	.	.	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	.	.	.	.	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W	M
Query Conservation																							.								.	.																				.	.	.	.
Alig confidence																							.								.	.																				.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	R	F	D	N	V	N	R	I	A	V	V	L	N	N	D	S	V	S	H	T	V	N	V	P	V	W	Q	L	S	M	P	N	G	S	T	V	T	D	K	I	T	G	H	S	Y	T	V	Q	N	G	M	V	T	V	A	V	D	G	H	Y	G	A	V	L	A
Template Known Secondary structure							S	S										S	S	S								G	G	G	G	T			T	T						T	T	T							B	T	T	B							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.