Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 28 Aligned Residues 506 % Identity 21% Template c2by0A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:maltooligosyltrehalose trehalohydrolase; PDBTitle: is radiation damage dependent on the dose-rate used during2 macromolecular crystallography data collection Resolution 1.55 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.				.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.
Query SS confidence															.	.	.
Query Sequence		L	N	A	W	H	L	P	V	P	P	F	V	K	.	.	.	Q	S	K	D	Q	L	L	I	T	L	W	L	T	G	E	D	P	P	Q	R	I	M	L	R	T	E	H	D	N	E	E	M	S	V	P	M	H	K	Q	R	S	Q	P	Q	P	G	V	T	A	W	R	A	A	I	D	L	S	S	G	Q	P	R	R	R
Query Conservation															.	.	.
Alig confidence															.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.												.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.												.	.	.
Template Sequence		F	Q	T	Q	H	D	P	R	T	R	L	G	A	T	P	L	P	G	G	A	G	T	R	F	R	L	W	T	S	T	A	R	T	V	A	V	R	V	.	.	.	.	.	.	.	N	G	T	E	H	V	X	T	S	.	.	.	.	.	.	L	G	G	G	I	Y	E	L	E	L	P	.	.	.	V	G	P	G	A	R
Template Known Secondary structure					S			G	G	G		S						G	G	G	T									S	S		S	S						.	.	.	.	.	.	.	T	T								.	.	.	.	.	.			T	T							S	.	.	.			T	T
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.												.	.	.
Template SS confidence
		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.								.	.	.	.	.	.	.	60	.							.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.				.	.	.	.	.	.
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.				.					120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.		.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.		.	.	.	.
Query Sequence		Y	S	F	K	L	L	W	H	D	R	Q	R	W	F	T	P	Q	G	F	S	R	M	P	P	A	R	L	E	Q	F	A	V	D	V	P	D	I	G	P	Q	.	.	.	W	.	.	.	.	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A
Query Conservation																																										.	.	.		.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.																																	.	.	.		.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	L	F	V	L	.	.	.	D	G	V	P	T	P	D	P	Y	A	R	F	L	P	D	G	V	H	G	E	A	E	V	V	D	F	G	T	F	D	W	T	D	A	D	W	H	G	I	K	L	A	D	C	V	F	Y	E	V	H	V	G	T	F	T	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							.	.	.	T	T						T	T		S			T	T		T	T	S							T	T	S	S					T	T						G	G	G												S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.				.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.			.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.
Query SS confidence																																																									.	.
Query Sequence		A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	.	.	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L
Query Conservation																																																									.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	Y	R	A	A	A	E	K	L	P	Y	L	K	E	L	G	V	T	A	I	Q	V	X	P	L	A	A	F	D	G	Q	R	G	W	G	Y	D	G	A	A	F	Y	A	P	Y	A	P	Y	G	R	P	E	D	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						T	T								T													S	S	S				S	T	T									G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																											141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V
Query Conservation
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		X	A	L	V	D	A	A	H	R	L	G	L	G	V	F	L	D	V	V	Y	N	H	F	G	P	S	G	N	Y	L	S	S	Y	A	P	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	F	T	D	R	F	S	S	A	W	G	X	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	D	Y	A	E	P	H	X	R
Template Known Secondary structure											T	T										S				S	S	S								G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G								S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.															.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.									.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	A
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.								.																						.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.								.																						.	.	.	.
Template Sequence		R	Y	V	T	G	N	.	.	.	.	A	R	X	W	L	R	D	.	Y	H	F	D	G	L	R	L	D	A	T	P	Y	X	T	D	D	S	E	T	H	.	.	.	.	I	L	T	E	L	A	Q	E	I	H	E	L	G	G	T	H	L	L	L	A	E	D	H	R	N	L	P	D	L	V	T	V	N	H	L	D	G
Template Known Secondary structure								.	.	.	.								.				S					T	T	G	G	G					S	S	S		.	.	.	.											T	T		S										S			T					T	S			S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.								.																						.	.	.	.
Template SS confidence
		254	.	.	.	.	.					260	.	.	.	.	.	.		.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.					.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Query Sequence		A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	.	.
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Alig confidence					.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Template Conservation					.
Template Sequence		I	W	T	.	D	D	F	H	H	E	T	R	V	T	L	T	G	E	Q	E	G	Y	Y	A	G	Y	R	G	G	A	E	A	L	A	Y	T	I	R	R	G	W	R	Y	E	G	Q	F	W	A	V	K	G	E	E	H	E	R	G	H	P	S	D	A	L	E	A	P	N	F	V	Y	C	I	Q	N	H	D	Q	I	G
Template Known Secondary structure					.	T															S	G	G	G	G	G				S											S	S	S									T	T										T	T			G	G	G					S
Template Predicted Secondary structure					.
Template SS confidence
		325	.	.		.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
							450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	R	P	L	G	E	R	L	H	Q	S	D	G	V	T	L	H	E	Y	R	G	A	A	A	L	L	L	T	L	P	X	T	P	L	L	F	Q	G	Q	E	W	A	A	S	T	P	F	Q	F	F	S	D	H	A	G	E	L	G	Q	A	V	S	E	G	R	K	K	E	F	D	V	P	D	P	Q	A	E	Q	T	F
Template Known Secondary structure		T	S	T	T				G	G	G	S	T	T																S	S	S						T	T	G	G	G	T		S	S																													T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
		495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.			.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.			.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure													.	.																															.	.
Query SS confidence													.	.																															.	.
Query Sequence		C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	.	.	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	.	.	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	V	V	L	P	A	S
Query Conservation													.	.																															.	.
Alig confidence													.	.																															.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	N	S	K	L	N	W	A	E	R	E	G	G	E	H	A	R	T	L	R	L	Y	R	D	L	L	R	L	R	R	E	D	P	V	L	H	N	R	Q	R	E	N	L	T	T	G	H	D	G	D	V	L	W	V	R	T	V	T	G	A	G	E	R	V	L	L	W	N	L	G	Q	D	T	R	A	V	A	E	V	K
Template Known Secondary structure				T	S			G	G	G	G	G	S																					T	T	T	T				G	G	G							T	T									T	T										S	S	S				G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
		571	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.
Template Conservation																			.	.	.
Template Sequence		L	P	F	T	V	P	R	R	L	L	L	H	T	E	G	R	E	.	.	.	D	L	T	L	G	A	G	E	A	V	L
Template Known Secondary structure			S	S										T	T			S	.	.	.	S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.
Template SS confidence
		573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.				590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600