Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 69 Aligned Residues 390 % Identity 18% Template c1ud8A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:amylase; PDBTitle: crystal structure of amyk38 with lithium ion Resolution 2.88 Å

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		176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.			.	.	210	.	.	.	.	.	.	.										.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	.	.	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V
Query Conservation																																		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	Q	H	W	N	R	L	H	D	D	A	A	A	L	S	D	A	G	I	T	A	I	W	I	P	P	A	Y	K	G	N	S	Q	A	D	V	G	Y	G	A	Y	D	L	Y	D	L	G	E	F	N	Q	K	G	T	V	R	T	K	Y	G	T	K	A	Q	L	E	R	A	I	G	S	L	K	S	N	D	I	N	V	Y
Template Known Secondary structure		S																	T										S			S	S	T	T			S	S	S				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S																T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.			.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	.	.	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	D	V	V	M	N	H	K	M	G	A	D	F	T	E	A	V	Q	A	V	Q	V	N	P	T	N	R	W	Q	D	I	S	G	A	Y	T	I	D	A	W	T	G	F	D	F	S	G	R	N	N	A	Y	S	D	F	K	W	R	W	F	H	F	N	G	V	D	W	D	Q	R	Y	Q	E	N	H	I	F	R	F	A
Template Known Secondary structure							S						S												T	T							S											B			G	G	G	T	T	S	S					B		G	G	G								T	T	T	T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
												289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.								.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.								.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	T	N	W	N	W	R	V	D	E	E	N	G	N	Y	D	Y	L	L	G	S	N	I	D	F	S	H	P	E	V	Q	D	E	L	K	D	W	.	.	.	.	G	S	W	F	T	D	E	.	L	D	L	D	G	Y	R	L	D	A	I	K	H	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	F	W	Y	T	S	D	W	V
Template Known Secondary structure		T					S	S				T	T	S						S	S					T	T	S											.	.	.	.								.		T		S					T	T	T	T	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.								.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.					.	.	.	.	220	.	.		.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.									.	.	240	.	.	.	.	.
		359	360	.	.		.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.
Query SS confidence						.
Query Sequence		E	A	A	K	.	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q
Query Conservation						.
Alig confidence						.																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	H	Q	R	N	E	A	D	Q	D	L	F	V	V	G	E	Y	W	K	D	D	V	G	A	L	E	F	Y	L	D	E	M	N	W	E	M	S	L	F	D	V	P	L	N	Y	N	F	Y	R	A	S	Q	Q	G	G	S	Y	D	M	R	N	I	L	R	G	S	L	V	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	H	P
Template Known Secondary structure									S	S											S													T	S		S																			S	S	S		G	G	G	S	S	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.		T
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.									.	.
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.			.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.
Query SS confidence																						.	.
Query Sequence		L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	.	.	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q
Query Conservation																						.	.
Alig confidence																						.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	H	A	V	T	F	V	D	N	H	D	T	Q	P	G	E	S	L	E	S	W	V	A	D	W	F	K	P	L	A	Y	A	T	I	L	T	R	E	G	G	Y	P	N	V	F	Y	G	D	Y	Y	G	I	P	N	D	N	I	S	A	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	M	I	D
Template Known Secondary structure		T	S				B	S			T	T	T	S	T	T	S	T	T						T	T	T											S	S	S	S										T		B	G	G	G	T	B					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.																.	380	.	.
		516	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.					.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.																																						.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.																																						.	.
Query Sequence		R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	.	.	.	.	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	V	V	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	.	.
Query Conservation																																							.	.	.	.																																						.	.
Alig confidence													.	.	.																								.	.	.	.																																						.	.
Template Conservation													.	.	.
Template Sequence		E	L	L	D	A	R	Q	N	Y	A	Y	.	.	.	G	T	Q	H	D	Y	F	D	H	W	D	V	V	G	W	T	R	E	G	S	S	S	R	P	N	S	G	L	A	T	I	M	S	N	G	P	G	G	S	K	W	M	Y	V	G	R	Q	N	A	G	Q	T	W	T	D	L	T	G	N	N	G	A	S	V	T	I
Template Known Secondary structure										T			.	.	.	S						T	T	S	S	S										T	T	S	T	T									S	S	S										G	G	G	T	T						T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.
Template SS confidence
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.				.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
							590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W	M	N
Query Conservation		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	G	D	G	W	G	E	F	F	T	N	G	G	S	V	S	V	Y	V	N
Template Known Secondary structure			T	T	S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.