Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 451 % Identity 24% Template c1qhoA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: five-domain alpha-amylase from bacillus stearothermophilus,2 maltose/acarbose complex Resolution 1.70 Å

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		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	G	P	Q	W	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	S	S	A	S	V	K	G	D	V	I	Y	Q	I	I	I	D	R	F	Y	D	G	D	T	T	N	N	N	P	A	K	S	Y	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	P	T	K	S	K	W	K	M	Y	W	G	G	D	L	E	G	V	R	Q	K	L	P	Y	L	K	Q	L	G	V
Template Known Secondary structure			T	T	S			T	T								G	G	G	T			S		G	G	G	S	S		G	G	G	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B		T	T	S		S	T	T	S	B											T								T
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.															.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.										.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	T	I	W	L	S	P	V	L	D	N	L	D	T	L	A	G	T	D	N	T	G	Y	H	G	Y	W	T	R	D	F	K	Q	I	E	E	H	F	G	N	W	T	T	F	D	T	L	V	N	D	A	H	Q	N	G	I	K	V	I	V	D	F	V	P	N	H	S	T	P	F	K	A	N	D	S	T	F	A	E	G
Template Known Secondary structure														S	S		S	S	T	T				T	T	S		S									T	T	T																T	T									T	T						B	T	T	B	T	T	S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		67	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.
						266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.														.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W
Query Conservation		.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.						.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.						.	.
Template Sequence		G	A	L	Y	N	N	G	T	Y	M	G	N	Y	F	D	D	A	T	K	G	Y	F	H	H	N	G	D	I	S	N	W	D	D	R	Y	E	A	Q	W	K	N	F	T	D	P	A	G	F	S	L	A	D	L	S	Q	E	N	G	T	I	A	Q	Y	L	T	D	A	.	.	.	.	A	V	Q	L	V	.	.	A	H
Template Known Secondary structure		T					T	T						S	S	S		T	T	T			B			S		B		S		T	T								S	B				T	T	T						B		T	T	S											.	.	.	.						.	.		T
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.						.	.
Template SS confidence
		147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.					.	.	.	.	.			.	220
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.				.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.
Query Sequence		N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	.	.	.	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A
Query Conservation																																																											.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.																	.																			.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Sequence		G	A	D	G	L	R	I	D	A	V	K	H	F	N	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	F	S	K	S	L	A	D	K	L	Y	Q	K	K	D	.	I	F	L	V	G	E	W	Y	G	D	D	P	G	T	A	N	H	L	E	K	V	R	Y	A	N	N	S	G	V	N	V	L	D	F	D	L	N	T	V	I	R
Template Known Secondary structure		T							T	T	G	G	G	S		.	.	.	.	.	.	.	.																	.												T	T	S	T	T											S	S				B
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template SS confidence
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.									.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250		.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.																					.	.																								.
Template Conservation							.	.	.																					.	.																								.
Template Sequence		N	V	F	G	T	.	.	.	F	T	Q	T	M	Y	D	L	N	N	M	V	N	Q	T	G	N	E	Y	K	.	.	Y	K	E	N	L	I	T	F	I	D	N	H	D	M	S	R	F	L	S	V	N	S	N	.	K	A	N	L	H	Q	A	L	A	F	I	L	T	S	R	G	T	P	S	I	Y	Y	G	T	E	Q
Template Known Secondary structure					T	S	.	.	.		S	S																	T	.	.	T	G	G	G					S			T	T	S										.														S	S	S						T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure							.	.	.																					.	.																								.
Template SS confidence
		292	.	.	.	.				.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.			.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	V
Query Conservation
Alig confidence																			.	.
Template Conservation																			.	.
Template Sequence		Y	M	A	G	G	N	D	P	Y	N	R	G	M	M	P	A	F	.	.	D	T	T	T	T	A	F	K	E	V	S	T	L	A	G	L	R	R	N	N	A	A	I	Q	Y	G	T	T	T	Q	R	W	I	N	N	D	V	Y	I	Y	E	R	K	F	F	N	D	V	V	L	V	A	I	N	R	N	T	Q	S	S	Y
Template Known Secondary structure		T					S	T	T	T	T								.	.		T	T	S																															S	S									T	T											T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.			.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
		566								.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590				.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Query Sequence		V	.	.	.	.	.	.	.	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	.	.	.	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	I	S	G	L	Q	T	A	L	P	N	G	S	Y	A	D	Y	L	S	G	L	L	G	G	N	G	I	S	V	S	N	G	S	V	A	S	F	T	L	A	P	G	A	V	S	V	W
Template Known Secondary structure					S		B			S		S						T	T	T	T	T	T	S								T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490