Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 85 Aligned Residues 387 % Identity 23% Template c1mwoA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase; PDBTitle: crystal structure analysis of the hyperthermostable2 pyrocoocus woesei alpha-amylase Resolution 2.20 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		121	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.		.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.
Query SS confidence																																																												.
Query Sequence		A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	.	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L
Query Conservation																																																												.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	G	G	V	I	M	Q	A	F	Y	W	D	V	P	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	W	W	D	H	I	R	S	K	I	P	E	W	Y	E	A	G	I	S	A	I	W	L
Template Known Secondary structure		G	T									T	T				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.
		200	.	.	.	.	.	.	.				.	.	210	.	.	.	.	.	.	.										.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.
Query SS confidence										.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.
Query Sequence		N	P	V	F	K	A	P	S	.	.	.	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	.
Query Conservation										.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.
Alig confidence										.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.
Template Conservation
Template Sequence		P	P	P	S	K	G	M	S	G	G	Y	S	M	G	Y	D	P	Y	D	Y	F	D	L	G	E	Y	Y	Q	K	G	T	V	E	T	R	F	G	S	K	E	E	L	V	R	L	I	Q	T	A	H	A	Y	G	I	K	V	I	A	D	V	V	I	N	H	R	A	G	G	D	L	E	W	N	P	F	V	G	D	Y	T
Template Known Secondary structure					S			T	T	G	G	G			S	S	S				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S																T	T										S	B										T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		48	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.
					267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																																											.	.																	.
Template Conservation																																																															.	.																	.
Template Sequence		W	T	D	F	S	K	V	A	S	G	K	Y	T	A	N	Y	L	D	F	H	P	N	E	L	H	C	C	D	E	G	T	F	G	G	F	P	D	I	C	H	H	K	E	W	D	Q	Y	W	L	W	K	S	N	E	S	Y	A	A	Y	L	R	.	.	S	I	G	F	D	G	W	R	F	D	Y	V	K	G	Y	G	.
Template Known Secondary structure						T	T		T	T		S	S				G	G	G	B	S	S	S	S	S		S			S				T	T			B	B		T	T	S								T	S	S	T	T	S							.	.		T	T							T	T	G	G	G	S		.
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.																	.
Template SS confidence
		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.			.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.																.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.																.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	A	W	V	V	R	D	W	L	N	W	W	G	G	.	.	.	.	.	W	A	V	G	E	Y	W	D	T	N	V	D	A	L	L	.	.	S	W	A	Y	E	S	G	A	K	V	F	D	F	P	L	Y	Y	K	M	D	E	A	F	D	N	.	.	.	.	.	.	N	N	I	P	A	L	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.									S							.	.							T																	T	T	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.																.	.																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.						.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.			.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.							.	.	260	.	.	.	.
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V
Query Conservation
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	A	L	Q	N	G	Q	T	V	V	S	R	D	P	F	K	A	V	T	F	V	A	N	H	D	T	D	I	I	W	N	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	P	A	Y	A	F	I	L	T	Y	E	G	Q	P	V	I	F	Y	R	D	F	E	E	W	L	N	K	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T		S						T	T	S					S			S	S					S		.	.	.	.	.	.	.	.											S	S	S											T	T	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.									.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
		504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.			.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.
Query SS confidence																																																			.	.
Query Sequence		E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	.	.	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	V	V	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K
Query Conservation																																																			.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.																											.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	I	N	L	I	W	I	H	D	H	.	.	.	L	A	G	G	S	T	T	I	V	Y	Y	D	N	D	E	L	I	F	V	R	N	G	D	S	R	R	P	G	L	I	T	Y	I	N	L	S	P	N	W	V	G	R	W	V	Y	V	P	K	F	A	G	A	C	I	H	E	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	T			S									S	S										S	S											S	S	S									G	G	G	T	T						S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template SS confidence
												326	.	.	.	330	.	.	.	.	.				.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
		582	.	.	.							.	.	.	.	590				.	.	.	.	.	.	.	.								.	600	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.						.	.	.									.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.						.	.	.									.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	G	H	G	.	.	.	.	.	.	Q	L	T	D	G	.	.	.	I	L	A	L	P	A	I	S	.	.	.	.	.	.	.	A	T	V	W
Query Conservation						.	.	.	.	.	.						.	.	.									.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.						.	.	.									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	G	N	L	G	G	W	V	D	K	R	V	D	S	S	G	W	V	Y	L	E	A	P	P	H	D	P	A	N	G	Y	Y	G	Y	S	V	W
Template Known Secondary structure		S		T	T	S	S								T	T												G	G	G	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.