Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 20 Aligned Residues 505 % Identity 16% Template c1m7xC_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:1,4-alpha-glucan branching enzyme; PDBTitle: the x-ray crystallographic structure of branching enzyme Resolution 2.30 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		18	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	Q	L	L	I	T	L	W	L	T	G	E	D	P	P	Q	R	I	M	L	R	T	E	H	D	N	E	E	M	S	V	P	M	H	K	Q	R	S	Q	P	Q	P	G	V	T	A	W	R	A	A	I	D	L	S	S	G	Q	P	R	R	R	Y	S	F	K	L	L	W	H	D	R	Q	R	W	F	T	P	Q	G	F
Query Conservation
Alig confidence																			.	.																		.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.																		.	.	.	.	.
Template Sequence		T	G	T	R	F	S	V	W	A	P	N	A	R	R	V	S	V	.	.	V	G	Q	F	N	Y	W	D	G	R	R	H	P	M	R	L	R	.	.	.	.	.	K	E	S	G	I	W	E	L	F	I	P	G	A	H	N	G	Q	L	Y	K	Y	E	M	I	D	A	N	G	N	L	R	L	K	S	D	P	Y	A	F
Template Known Secondary structure											T	T		S					.	.			T	T	T	T	S		T	T	T	S	B					.	.	.	.	.	T	T	T	T								T			T	T										T	T	S								T	T		S
Template Predicted Secondary structure																			.	.																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.			.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.						170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.						.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.
Query Sequence		S	R	M	P	P	A	R	L	E	Q	F	A	V	D	V	P	D	I	.	.	.	.	.	G	P	Q	W	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S
Query Conservation																				.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	A	Q	T	A	S	L	I	C	G	L	P	E	K	V	V	Q	T	E	E	R	K	K	A	N	Q	F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S																							T	T	S	T	T	S									G	G	G	S				T	T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.		.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.			.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.																					.	.
Query SS confidence																.																					.	.
Query Sequence		T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	.	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	.	.	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F
Query Conservation																.																					.	.
Alig confidence		.	.	.	.											.																					.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.																	T	T													S		S	T	T	T	T	S	S		S							T	T	S																T	T									S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.								.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.								.
Template Sequence		G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	N	L	Y	E	H	S	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	.	.	.	.	A	L	Y	W	I	E	R	.	F	G
Template Known Secondary structure		S	S				S	T	T	S	S	T	T	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S	S									S											.	.	.	.							T	.	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.								.
Template SS confidence
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.					.	.	380	.	.	.	.		.	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I
Query Conservation
Alig confidence																		.
Template Conservation																		.
Template Sequence		I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	E	.	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K
Template Known Secondary structure																		.																			S	T	T								S	S			T	T	T	T	B		T	T	T	T	S	B			S
Template Predicted Secondary structure																		.
Template SS confidence
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.		.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.										.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	.	.	.	.	.	.	.	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F
Template Known Secondary structure		S		T	T	T	T	T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	T	T	T	T	S	G	G	G	S								G	G	G	S	S	T	T				T	T	T	T			S	S																T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		495	.	.	.	.	500	.	.	.	.								.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.			.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.									.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
Predicted Secondary structure																													.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	.	.	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q
Query Conservation																													.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E
Template Known Secondary structure		T	T	G	G	G	T		S	S				T	T	S				T	T	T	T		S	S																			T	T		S	T	T	T	S	S	S	S	S	G	G	G						S			T	T	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		568	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.
			551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.					.	.	.	.		.	570	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure		.															.	.	.	.					.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.															.	.	.	.					.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	.	.	.	.	V	V	L	P	.	A	S	P	F	L	N	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W	M
Query Conservation		.															.	.	.	.					.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.															.	.	.	.					.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V
Template Known Secondary structure		S										S	S	S								B		S	S		S								T	T	S	T	G	G	G					S			S					B				B	T	T	B	S	S	B							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		648	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.