Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 79 Aligned Residues 392 % Identity 15% Template c1jd7A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure analysis of the mutant k300r of2 pseudoalteromonas haloplanctis alpha-amylase Resolution 2.25 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.		.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.					.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.																							.	.	.	.
Query SS confidence														.																							.	.	.	.
Query Sequence		Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	.	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	V	.	.	.	.	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F
Query Conservation														.																							.	.	.	.
Alig confidence														.																							.	.	.	.									.
Template Conservation																																																	.
Template Sequence		F	E	W	N	W	Q	D	V	A	Q	E	C	E	Q	Y	L	G	P	K	G	Y	A	A	V	Q	V	S	P	P	N	E	H	I	T	G	S	Q	W	W	T	R	Y	Q	P	V	S	Y	.	E	L	Q	S	R	G	G	N	R	A	Q	F	I	D	M	V	N	R	C	S	A	A	G	V	D	I	Y	V	D	T	L	I
Template Known Secondary structure		T	T													T					T										S		B	B		S	S	S	G	G	G	G	G	S	B	S		S	.	S	S		B	T	T	B															T	T
Template Predicted Secondary structure																																																	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.		.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.							.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	.	.	.	.	.	.	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.	.
Template Sequence		N	H	M	A	A	G	S	G	T	G	T	A	G	N	S	F	G	N	K	S	F	P	I	Y	S	P	Q	D	F	H	E	S	C	T	I	N	N	S	D	Y	G	N	D	R	Y	R	V	Q	N	C	E	L	V	G	L	A	D	L	D	T	A	S	N	Y	V	Q	N	T	I	A	A	Y	.	.	.	.	I	N	D	L
Template Known Secondary structure		S				S	S				B	T	T	S				B	T	T	B		S	S			G	G	G	B					B																S	B	B	T	T	B			B		T	T	S											.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.					160	.	.	.
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.				.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.
Query Sequence		L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q	A	D	V	.	.	.	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L
Query Conservation																																																																	.	.	.
Alig confidence			.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.									.
Template Conservation			.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.
Template Sequence		Q	.	.	A	I	G	V	K	G	F	R	F	D	A	S	K	H	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	D	I	Q	S	L	M	A	K	V	N	G	S	P	V	V	F	Q	E	V	I	D	Q	G	G	E	A	V	G	A	S	E	Y	L	S	T	G	L	V	T	E	F	K	.	Y	S	T	E	L
Template Known Secondary structure			.	.			T								T	G	G	G	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T	S		S												S	S		S	S		G	G	G	G	T	T	T	S							.
Template Predicted Secondary structure			.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.
Template SS confidence
		164			.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180												.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.		.	.	.	.	.
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.						.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.																	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.																	.
Query Sequence		W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	.	.	.	.	.	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	.
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.																	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.																	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	N	T	F	R	N	G	S	L	A	W	L	S	N	F	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	G	F	M	P	S	S	S	A	V	V	F	V	D	N	H	D	N	Q	R	G	H	G	G	A	G	N	V	I	T	F	E	D	G	R	L	Y	D	L	A	N	V	F	M	L	A	Y	P	Y
Template Known Secondary structure								S		G	G	G	G	G	G		S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	T				G	G	G					S			T	T	G	G	G	T	S	S			T	T	S			G	G	G	T													S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.														.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.							.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	.	.	.	.	.	.	V	E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.																					.																								.	.
Template Conservation																																																								.																								.	.
Template Sequence		G	Y	P	R	V	M	S	S	Y	D	F	H	G	D	T	D	A	G	G	P	N	V	P	V	H	N	N	G	N	L	E	C	F	A	S	N	W	K	C	E	H	R	W	S	Y	I	A	G	G	V	D	F	R	N	.	N	T	A	D	N	W	A	V	T	N	W	W	D	N	T	N	N	Q	I	S	F	G	R	.	.
Template Known Secondary structure		S								B			T	T		T	T					S	S		S			T	T				B	S	S	S	S	B			G	G	G	S												.	T	T	T	T											S	S	S							.	.
Template Predicted Secondary structure																																																								.																								.	.
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350		.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
		549	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.						.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590											.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	.	.	.	.	.	E	V	V	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W
Query Conservation																	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.															.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	G	S	S	G	H	M	A	I	N	K	E	D	S	T	L	T	A	T	V	Q	T	D	M	A	S	G	Q	Y	C	N	V	L	K	G	E	L	S	A	D	A	K	S	C	S	G	E	V	I	T	V	N	S	D	G	T	I	N	L	N	I	G	A	W	D	A	M	A	I
Template Known Secondary structure		.	G	G	G								S	S	S		B								S		S						T	T	T			B		T	T	S	S		B	S	S							T	T	S						B		T	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.