Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 549 % Identity 31% Template c1gviA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:maltogenic amylase; PDBTitle: thermus maltogenic amylase in complex with beta-cd Resolution 3.3 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.		.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.							.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.																							.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.																							.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	H	L	P	V	P	P	F	V	K	Q	.	S	K	D	Q	L	L	I	T	L	W	L	T	G	E	D	P	P	Q	R	I	M	L	.	.	.	.	.	.	R	T	E	H	D	N	E	E	M	S	V	P	M	H	K	Q	R	S	Q	P	Q	P	G	V	T	A	W	R	A	A	I	D	L	S	S	G	Q	P	R	R
Query Conservation													.																							.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.																							.	.	.	.	.	.																				.	.							.	.
Template Conservation																																																													.	.							.	.
Template Sequence		H	H	R	S	T	D	N	F	A	Y	A	Y	D	S	E	T	L	H	L	R	L	Q	T	K	K	N	D	V	D	H	V	E	L	L	F	G	D	P	Y	E	W	H	D	G	A	W	Q	F	Q	T	M	P	M	R	K	T	G	S	D	.	.	G	L	F	D	Y	W	.	.	L	A	E	V	K	P	P	Y	R	R	L
Template Known Secondary structure		B			S	S	G	G	G				S	S	S	S										T	T	T		S									T	T				T	T																.	.	S	S					.	.							T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																													.	.							.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.			.	.	.	.	70	.			.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110								.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Y	S	F	K	L	L	W	H	D	R	Q	R	W	F	T	P	Q	G	F	S	R	M	P	P	A	R	L	E	Q	F	A	V	.	.	.	.	.	.	.	D	V	P	D	I	G	P	Q	W	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.																																								.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		R	Y	G	F	V	L	R	A	G	G	E	K	L	V	Y	T	E	K	G	F	Y	H	E	A	P	S	D	D	T	A	Y	Y	F	C	F	P	F	L	H	R	V	D	L	F	Q	A	P	D	W	V	K	D	T	V	W	Y	Q	I	F	P	E	R	F	A	N	G	N	P	A	I	S	P	K	G	A	R	P	W	G	.
Template Known Secondary structure										T	T							T	T				S	S				S		S	T	T	S								S	S	S						G	G	G	G	T								G	G	G	T				S					S	S			S				.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	Y	L	K	K	L	G	V	T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	A	P	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	D	P	T	P	T	S	F	F	G	G	D	L	Q	G	I	I	D	H	L	D	Y	L	A	D	L	G	I	T	G	I	Y	L	T	P	I	F	R	A	P	S	N	H	K	Y	D	T	A	D	Y	F	E	I	D	P	H	F	G	D	K	E	T	L	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S				S	S													T								T										B	S		S	S	S	S	T	T	S		S		T	T	S	B		T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.								.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N	R	G	T	G	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	.	.	.	.	.	.	.	S	F	S	D	D	G	T	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	V	K	R	C	H	E	K	G	I	R	V	M	L	D	A	V	F	N	H	C	G	Y	E	F	A	P	F	Q	D	V	L	K	.	.	.	.	.	.	N	G	A	A	S	R	Y	K	D	W	F	H	I	R	E	F	P	L	Q	T	E	P	R	P	N	Y	D	T	F	A	F	V	P	H	M	P	K	L	N	T
Template Known Secondary structure											T										S	B			T	T										.	.	.	.	.	.		G	G	G		T	T	G	G	G	B		B	S	S	S	S				S	S	S		S	B		B	S	S	S		T	T	S	B	B	B		T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260							.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W	R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	R	Q	W	L	Q
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.								.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.								.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	H	P	E	V	K	R	Y	L	L	D	V	.	.	.	.	A	T	Y	W	I	R	E	.	F	D	I	D	G	W	R	L	D	V	A	N	E	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	H	Q	F	W	R	E	F	R	Q	A	V	K	A	L	K	P	D	V	Y	I	L	G	L	I	W	H	D	A	M	P	W	L	R
Template Known Secondary structure		T	S											.	.	.	.								.	S								T	T	G	G	G	S		.	.	.	.	.	.	.	.																T	T								S	S			T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.								.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.					.	.	.	.	.	.	.		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.									.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T	D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	A	R	L
Query Conservation
Alig confidence													.												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.												.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	Q	F	D	A	V	M	N	Y	P	.	L	A	D	A	A	L	R	F	F	A	K	.	.	.	.	.	.	.	E	D	M	S	A	S	E	F	A	D	R	L	M	H	V	L	H	S	Y	P	K	Q	V	N	E	A	A	F	N	L	L	G	S	H	D	T	P	R	L	L	T	V	C	G	G	D	V	R	K	V
Template Known Secondary structure		T	T	S		S			B				.										T	S	.	.	.	.	.	.	.			S														T	T	S							T		B		B	S			S	S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure													.												.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.		.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.								390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.			540	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.
Query SS confidence																																																																														.	.
Query Sequence		P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	.	.	N	V
Query Conservation																																																																														.	.
Alig confidence																																																																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	L	F	L	F	Q	L	T	F	T	G	S	P	C	I	Y	Y	G	D	E	I	G	M	T	G	G	N	D	P	E	C	R	K	C	M	V	W	D	P	E	K	Q	N	K	E	L	Y	E	H	V	K	Q	L	I	A	L	R	K	Q	Y	R	A	L	R	R	G	D	V	A	F	L	T	A	D	D	E	V	N	H
Template Known Secondary structure										T	S	S	S						T	T	G	G	G	T					S	T	T	G	G	G							T	T	T	S																	T							S	B			B				S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.		.	.	.	.					.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure																									.					.	.	.	.
Query SS confidence																									.					.	.	.	.
Query Sequence		V	V	F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	.	V	V	L	P	.	.	.	.	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W
Query Conservation																									.					.	.	.	.
Alig confidence																									.					.	.	.	.																					.	.
Template Conservation																																																						.	.
Template Sequence		L	V	Y	A	K	T	D	G	N	E	T	V	M	I	I	I	N	R	S	N	E	A	A	E	I	P	M	P	I	D	A	R	G	K	W	L	V	N	L	L	T	G	E	R	F	A	A	E	A	E	T	L	.	.	C	V	S	L	P	P	Y	G	F	V	L	Y
Template Known Secondary structure									T	T										S	S	S										T	T							T	T	T								S	S			.	.						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.
Template SS confidence
		520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.			.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.