Job Description P14294 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:33:58 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 500 % Identity 21% Template d1gkub3 SCOP info Prokaryotic type I DNA topoisomerase Prokaryotic type I DNA topoisomerase Prokaryotic type I DNA topoisomerase Resolution 2.7

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		1	.			.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.								.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.
Predicted Secondary structure				.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	R	.	.	L	F	I	A	E	K	P	S	L	A	R	A	I	A	D	V	L	P	K	P	H	R	K	G	.	.	.	.	.	.	.	D	G	F	I	E	C	G	N	G	Q	V	V	T	W	C	I	G	H	L	L	E	Q	A	Q	P	D	A	Y	D	S	R	Y	A	R	W	N	L	A	D	L	P	I	V	P	E
Query Conservation				.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.																									.	.	.	.	.	.	.						.																																.	.						.
Template Conservation																																										.																																.	.						.
Template Sequence		I	K	P	A	L	F	I	V	E	S	P	T	K	A	R	Q	I	S	R	F	F	G	K	P	S	V	K	V	L	D	G	A	V	V	Y	E	I	P	M	Q	.	K	Y	V	L	M	V	T	A	S	I	G	H	V	V	D	L	I	T	N	R	G	F	H	G	V	L	V	N	G	R	F	.	.	V	P	V	Y	A	.
Template Known Secondary structure										S										G	G	G	S								T	T									S	.	S										S		S					S	S	S	S	T	T	S	S			S	S	S		.	.						.
Template Predicted Secondary structure																																										.																																.	.						.
Template SS confidence
		504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.		.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.			.	.	.	.	.
		72	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	W	Q	L	Q	P	R	P	S	V	T	K	Q	L	N	V	I	K	R	F	L	H	E	A	S	E	I	V	H	A	G	D	P	D	R	E	G	Q	L	L	V	D	E	V	L	D	Y	L	Q	L	A	P	E	K	R	Q	Q	V	Q	R	C	L	I	N	D	L	N	P	Q	A	V	E	R	A	I	D	R	L	R	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																																															.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																															.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	S	I	K	D	N	S	R	S	R	I	E	A	L	R	K	L	A	H	D	A	E	F	V	I	V	G	T	D	P	D	T	E	G	E	K	I	A	W	D	L	K	N	L	L	S	G	.	.	.	.	C	G	A	V	K	R	A	E	F	H	E	V	T	R	R	A	I	L	E	A	L	E	S	L	R	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.																					S								S	S															T	T	.	.	.	.	S	S								S	B		S									T	S		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																															.	.	.	.
Template SS confidence
						580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.					.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	S	E	F	V	P	L	C	V	S	A	L	A	R	A	R	A	D	W	L	Y	G	I	N	M	T	R	A	Y	T	I	L	G	R	N	A	G	Y	Q	G	V	L	S	V	G	R	V	Q	T	P	V	L	G	L	V	V	R	R	D	E	E	I	E	N	F	V	A	K	D	F	F	E	V	K	A	H	I	V	T	P
Query Conservation
Alig confidence				.	.																																		.	.	.	.
Template Conservation				.	.																																		.	.	.	.
Template Sequence		V	D	.	.	E	N	L	V	K	A	Q	V	V	R	R	I	E	D	R	W	I	G	F	V	L	S	Q	K	L	W	E	R	F	N	N	R	N	.	.	.	.	L	S	A	G	R	A	Q	T	L	V	L	G	W	I	I	D	R	F	Q	E	S	R	E	R	R	K	I	A	I	V	R	D	F	D	L	V	L	E	H
Template Known Secondary structure				.	.																												T	T	T		S	S	.	.	.	.					T	T													T	G	G	G	S								T	T	T	T				S
Template Predicted Secondary structure				.	.																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		676	.			.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710					.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	E	R	F	T	A	I	W	Q	P	S	E	A	C	E	P	Y	Q	D	E	E	G	R	L	L	H	R	P	L	A	E	H	V	V	N	R	I	S	G	Q	P	A	I	V	T	S	Y	N	D	K	R	E	S	E	S	A	P	L	P	F	S	L	S	A	L	Q	I	E	A	A	K	R	F	G	L	S	A	Q	N
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	E	E	E	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	I	K	L	V	E	E	R	E	E	L	R	T	P	L	P	P	Y	T	T	E	T	M	L	S	D	A	N	R	I	L	K	F	S	V	K	Q
Template Known Secondary structure				S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			B												T	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		750	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		V	L	D	I	C	Q	K	L	Y	E	T	H	K	L	I	T	Y	P	R	S	D	C	R	Y	L	P	E	E	H	F	A	G	R	H	A	V	M	N	A	I	S	V	H	A	P	D	L	L	P	Q	P	V	V	D	P	D	I	R	N	R	C	W	D	D	K	K	V	D	A	H	H	A	I	I	P	T	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence												.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Conservation												.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	M	Q	I	A	Q	E	L	F	E	.	N	G	L	I	T	Y	H	R	T	D	S	T	R	V	S	D	V	G	Q	R	I	A	K	E	Y	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	F	V	G	R	E	W	G	E	S	G	A	H	E	C	I	R	P	T	R	P	L	T
Template Known Secondary structure												.	T	T	S	B	B		S	S																			T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	B					S		S			S				B		B	S	S	S
Template Predicted Secondary structure												.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		794	.	.	.	.	.	800	.	.	.		.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.
												388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	R	S	S	A	I	N	L	T	E	N	E	A	K	V	Y	N	L	I	A	R	Q	Y	L	M	Q	F	C	P	D	A	V	F	R	K	C	V	I	E	L	D	I	A	K	G	K	F	V	A	K	A	R	F	L	A	E	A	G	W	R	T	L	L	G	S	K	E	R	D	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	D	D	V	Q	R	L	I	Q	E	G	V	L	V	V	E	G	L	R	W	E	H	F	A	L	Y	D	L	I	F	R	R	F	M	A	S	Q	C	R	P	F	K	V	V	V	K	K	Y	S	I	E	F	D	G	K	T	A	E	E	E	R	I	V	R	A	E	G	R	A	Y	E	L	Y	R	A	V	W	V	K	N
Template Known Secondary structure												T		S			S	S																			T	T	B															T	T													S						S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		855	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	N	D	G	T	P	L	P	V	V	A	K	G	D	E	L	L	C	E	K	G	E	V	V	E	R	Q	T	Q	P	P	R	H	F	T	D	A	T	L	L	S	A	M	T	G	I	A	R	F	V	Q	D	K	D	L	K	K	I	L	R	A	T	D	G	L	G	T	E	A	T	R	A	G	I	I	E	L	L	F	K
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	.	.	.	.	.	L	P	.	.	.	.	.	.	.	T	G	T	F	R	V	K	A	E	V	K	S	V	P	K	V	L	P	F	T	Q	S	E	I	I	Q	M	M	K	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	G	R	P	S	T	Y	A	T	I	V	D	R	L	F	M
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.								B							S	S			B													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T				T	T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		935						.	.								.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.				.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.
Query Sequence		R	G	F	L	T	K	K	G	R	Y	I	H	S	T	D	A	G	K	A	L	F	H	S	L	P	E	.	.	.	M	A	T	R	P	D	M	T	A	H	W	E	S	V	L	T	Q	I	S	E	K	Q	C	R	Y	Q	D	F	M	Q	P	L	V	G	T	L	Y	Q	L
Query Conservation																												.	.	.
Alig confidence																												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	N	Y	V	V	E	K	Y	G	R	M	I	P	T	K	L	G	I	D	V	F	R	F	L	V	R	R	Y	A	K	F	V	S	E	D	R	T	R	D	L	E	S	R	M	D	A	I	E	R	G	E	L	D	Y	L	K	A	L	E	D	M	Y	A	E	I	K	S	I
Template Known Secondary structure		T	T	S					T	T																		S			G	G	G	S																	T		S															T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		986	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.