Job Description P77329 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:27:48 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 334 % Identity 23% Template d1wuil1 SCOP info HydB/Nqo4-like HydB/Nqo4-like Nickel-iron hydrogenase, large subunit Resolution 1.04

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		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	P	V	G	P	L	H	I	T	S	D	E	P	G	H	F	R	L	F	V	D	G	E	Q	I	V	D	A	D	Y	R	L	F	Y	V	H	R	G	M	E	K	L	A	E	T	R	M	G	Y	N	E	V	T	F	L	S	D	R	V	C	G	I	C	G	F	A	H	S	V	A	Y	T	N	S	V	E	N	A	L	G
Query Conservation
Alig confidence										.																							.																	.																.
Template Conservation										.																							.																	.																.
Template Sequence		I	V	V	D	P	V	T	R	.	I	E	G	H	L	R	I	E	V	E	V	E	N	G	K	V	K	N	A	Y	S	S	.	S	T	L	F	R	G	L	E	I	I	L	K	G	R	D	P	.	R	D	A	Q	H	F	T	Q	R	T	C	G	V	T	Y	.	T	H	A	L	A	S	T	R	C	V	D	N	A	V	G
Template Known Secondary structure					S	S			S	.	S	S	S										T	T									.												T	T	S		G	.	G	G							T	T						.															T
Template Predicted Secondary structure										.																							.																	.																.
Template SS confidence
		25	.	.	.	.	30	.	.		.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.		.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70		.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.		.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	E	V	P	Q	R	A	H	T	I	R	S	I	L	L	E	V	E	R	L	H	S	H	L	L	N	L	G	L	S	C	H	F	V	G	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	H	I	P	K	N	A	T	Y	I	R	N	L	V	L	G	A	Q	Y	L	H	D	H	I	V	H	F	Y	H	L	H	A	L	D	F	V	D	V	T	A	A	L	K	A	D	P	A	K	A	A	K	V	A	S	S	I	S	P	R	K	T	T	A	A	D	L	K	A	V	Q	D	K	L	K	T	F	V	E	T	G
Template Known Secondary structure																															T	T	G	G	G	T			T	G	G	G	G	G														S	S	S																				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
																														301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.			340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	F	M	Q	F	F	R	V	R	E	K	S	M	T	M	A	E	L	L	I	G	S	R	K	T	Y	G	L	N	L	I	G	G	V	R	R	D	I	.	.	L	K	E	Q	R	L	Q	T	L	K	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	L	G	P	F	T	N	A	Y	F	L	G	G	H	P	A	Y	Y	L	D	P	E	T	N	L	I	A	T	A	H	Y	L	E	A	L	R	L	Q	V	K	A	A	R	A	M	A	V	F	G	A	K	N	P	H	T	Q	F	T	V	V	G	G	V	T	C	Y	D	A	L	T	P	Q	R	I	A	E	F	E	A	L
Template Known Secondary structure				G	G	G	T	T		T	T	T	T			T	T																																		S		S	S	S						T	T					G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
		351	.	.	.	.	.	.	.	.						360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	R	E	M	R	A	D	V	S	.	.	.	.	.	E	L	V	E	M	L	L	A	T	P	N	M	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	R	T	Q	G	I	G	I	L	D	R	Q	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation											.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	K	E	T	K	A	F	V	D	E	V	Y	I	P	D	L	L	V	V	A	A	A	Y	K	D	W	T	Q	Y	G	G	T	D	N	F	I	T	F	G	E	F	P	K	D	E	Y	D	L	N	S	R	F	F	K	P	G	V	V	F	K	R	D	F	K	N	I	K	P	F	D	K	M	Q	I	E	E	H	V	R	H
Template Known Secondary structure												T												T	G	G	G	G	G	S				S										S	S	T	T		G	G	G									S	T	T		T	T	S		B				G	G	G						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
																																																									387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	L	R	F	D	H	P	Y	A	D	Y	G	N	I	P	K	T	L	F	T	F	T	G	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	W	Y	E	G	A	E	A	R	H	P	W	K	G	Q	T	Q	P	K	Y	T	D	L	H	G	D	D	R	Y	S	W	M	K	A	P	R	Y	M	G	E	P	M	E	T	G	P	L	A	Q	V	L	I	A	Y	S	Q	G	H	P	K	V	K	A	V	T	D	A	V	L	A	K	L	G	V	G	P	E	A	L	F
Template Known Secondary structure		B	T	B	S	S	S			B		G	G	G					B					T	T	B	T	T	B		B	S	S						T	T	B			B		S											T	T																T			G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.						.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.
Query Sequence		D	V	F	S	R	V	M	V	R	V	K	E	T	F	D	S	L	A	M	L	E	F	A	L	D	N	M	.	.	.	.	.	P	D	T	P	L	L	T	E	G	F	S	Y	K	P	H	A	F	A	L	G	F	V	E	A	P	R	G	E	D	V	H	W	S	M	L	G	D	N	Q	K	L	F	R	W	R	C	R	A
Query Conservation																													.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.																																				.
Template Conservation																																																																					.
Template Sequence		S	T	L	G	R	T	A	A	R	G	I	E	T	A	V	I	A	E	Y	V	G	V	M	L	Q	E	Y	K	D	N	I	A	K	G	D	N	V	I	C	A	P	W	E	M	P	K	Q	A	E	G	V	G	F	V	N	A	P	R	G	G	L	S	H	W	I	R	I	.	E	D	G	K	I	G	N	F	Q	L	V	V
Template Known Secondary structure		S																																T	T					B							S	S										T	T										.		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																					.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.		.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		487	.	.	490	.	.										.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.							.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	T	Y	A	N	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	L	R	Y	M	L	R	G	N	T	V	S	D	.	.	.	.	.	.	A	P	L	I	I	G	S	L	D	P	C	Y	S	C	T	D	R
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																																																.
Template Sequence		P	S	T	W	T	L	G	P	R	C	D	K	N	K	L	S	P	V	E	A	S	L	I	G	T	P	V	A	D	A	K	R	P	V	E	I	L	R	T	V	H	S	F	D	P	I	.	A	C	G	V	H
Template Known Secondary structure												T	T											T	T		B		S		T	T	S											T				.
Template Predicted Secondary structure																																																.
Template SS confidence
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.		.	.	.	550	.