Job Description P77329 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:27:48 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 345 % Identity 23% Template d1frfl_ SCOP info HydB/Nqo4-like HydB/Nqo4-like Nickel-iron hydrogenase, large subunit Resolution 2.70

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		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	E	G	N	S	D	A	R	V	I	P	V	G	P	L	H	I	T	S	D	E	P	G	H	F	R	L	F	V	D	G	E	Q	I	V	D	A	D	Y	R	L	F	Y	V	H	R	G	M	E	K	L	A	E	T	R	M	G	Y	N	E	V	T	F	L	S	D	R	V	C	G	I	C	G	F	A	H	S	V	A	Y
Query Conservation
Alig confidence																	.																									.																	.
Template Conservation																	.																									.																	.
Template Sequence		T	P	Q	S	T	F	T	G	P	I	V	V	D	P	I	.	T	R	I	E	G	H	L	R	I	M	V	E	V	E	N	G	K	V	K	D	A	W	S	S	.	S	Q	L	F	R	G	L	E	I	I	L	K	G	R	D	P	.	R	D	A	Q	H	F	T	Q	R	A	C	G	V	C	T	Y	V	H	A	L	A	S
Template Known Secondary structure														S	S		.		S	S	B	S										T	T									.							T					T	T	S		G	.	G	G						G	G	G		S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.																									.																	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.		.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.		.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.		.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	N	S	V	E	N	A	L	G	I	E	V	P	Q	R	A	H	T	I	R	S	I	L	L	E	V	E	R	L	H	S	H	L	L	N	L	G	L	S	C	H	F	V	G	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	R	C	V	D	D	A	V	K	V	S	I	P	A	N	A	R	M	M	R	N	L	V	M	A	S	Q	Y	L	H	D	H	L	V	H	F	Y	H	L	H	A	L	D	W	V	D	V	T	A	A	L	K	A	D	P	N	K	A	A	K	L	A	A	S	I	D	T	A	R	T	G	N	S	E	K	A	L	K	A	V
Template Known Secondary structure										T																													T	T	T	G	G	G	T			G	G	G	G	G	T	S													S				G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
																																									301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	F	M	Q	F	F	R	V	R	E	K	S	M	T	M	A	E	L	L	I	G	S	R	K	T	Y	G	L	N	L	I	G	G	V	R	R	D	I	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	D	K	L	K	A	F	V	E	S	G	Q	L	G	I	F	T	N	A	Y	F	L	G	G	H	K	A	Y	Y	L	P	P	E	V	N	L	I	A	T	A	H	Y	L	E	A	L	H	M	Q	V	K	A	A	S	A	M	A	I	L	G	G	K	N	P	H	T	Q	F	T	V	V	G	G	C	S	N	Y	Q	G	L
Template Known Secondary structure										T	T	T			G	G	G	T	T		T	T	T	T			T	T																																		S	S	S	S	S						T	T					G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.											.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	K	E	Q	R	L	Q	T	L	K	L	V	R	E	M	R	A	D	V	S	E	L	V	E	M	L	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	N	M	E	Q	R	T	Q	G	I	G	I	L	D	R	Q	I	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	D	P	L	A	N	Y	L	A	L	S	K	E	V	C	Q	F	V	N	E	C	Y	I	P	D	L	L	A	V	A	G	F	Y	K	D	W	G	G	I	G	G	T	S	N	Y	L	A	F	G	E	F	A	T	D	D	S	S	P	E	K	H	L	A	T	S	Q	F	P	S	G	V	I	T	G	R	D	L	G	K
Template Known Secondary structure		S																					T												T	G	G	G	G	G	S	S			S										S			S	S																	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
									388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	D	L	R	F	D	H	P	Y	A	D	Y	G	N	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	D	N	V	D	L	G	A	I	Y	E	D	V	K	Y	S	W	Y	A	P	G	G	D	G	K	H	P	Y	D	G	V	T	D	P	K	Y	T	K	L	D	D	K	D	H	Y	S	W	M	K	A	P	R	Y	K	G	K	A	M	E	V	G	P	L	A	R	T	F	I	A	Y	A	K	G	Q	P	D	F	K	K	V
Template Known Secondary structure			B				T	T	T						T	T	B	T	B		T	T		T	T	B		G	G	G					B					T	T		S	S	S		B	S	S					S	S	S	S					S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
									403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.					.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	K	T	L	F	T	F	T	G	G	D	V	F	S	R	V	M	V	R	V	K	E	T	F	D	S	L	A	M	L	E	F	A	L	D	N	M	P	D	T	.	.	.	.	P	L	L	T	E	G	F	S	Y	K	P	H	A	F	A	L	G	F	V	E	A	P	R	G	E	D	V	H	W	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	D	M	V	L	G	K	L	S	V	P	A	T	A	L	H	S	T	L	G	R	T	A	A	R	G	I	E	T	A	I	V	C	A	N	M	E	K	W	I	K	E	M	A	D	S	G	A	K	D	N	T	L	C	A	K	W	E	M	P	E	E	S	K	G	V	G	L	A	D	A	P	R	G	S	L	S	H	W	I
Template Known Secondary structure										T			S	G	G	G	S	S																																					B							S	S										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.										.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.							.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	L	G	D	N	Q	K	L	F	R	W	R	C	R	A	A	T	Y	A	N	W	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	R	Y	M	L	R	G	N	T	V	S	D	.	.	.	.	.	.	A	P	L	I	I	G	S	L	D	P	C	Y	S	C	T	D	R
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.
Template Sequence		R	I	.	K	G	K	K	I	D	N	F	Q	L	V	V	P	S	T	W	N	L	G	P	R	G	P	Q	G	D	K	S	P	V	E	E	A	L	I	G	T	P	I	A	D	P	K	R	P	V	E	I	L	R	T	V	H	A	F	D	P	C	I	A	C	G	V	H
Template Known Secondary structure				.		T	T																				T	T											T	T		B		S		T	T	S											T			B
Template Predicted Secondary structure				.
Template SS confidence
		484	.		.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.