Job Description P77329 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:27:48 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 337 % Identity 23% Template d1cc1l_ SCOP info HydB/Nqo4-like HydB/Nqo4-like Nickel-iron hydrogenase, large subunit Resolution 2.15

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		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	V	I	P	V	G	P	L	H	I	T	S	D	E	P	G	H	F	R	L	F	V	D	G	E	Q	I	V	D	A	D	Y	R	L	F	Y	V	H	R	G	M	E	K	L	A	E	T	R	M	G	Y	N	E	V	T	F	L	S	D	R	V	C	G	I	C	G	F	A	H	S	V	A	Y	T	N	S	V	E	N	A
Query Conservation
Alig confidence											.																								.																	.
Template Conservation											.																								.																	.
Template Sequence		V	K	I	S	I	D	P	L	T	.	R	V	E	G	H	L	K	I	E	V	E	V	K	D	G	K	V	V	D	A	K	C	S	.	G	G	M	F	R	G	F	E	Q	I	L	R	G	R	D	P	.	R	D	S	S	Q	I	V	Q	R	I	C	G	V	C	P	T	A	H	C	T	A	S	V	M	A	Q	D	D	A
Template Known Secondary structure							S	S			.	S	S	S	S										T	T									.											T	T	T	S		G	.	G	G					G	G	G	G		S	S	S
Template Predicted Secondary structure											.																								.																	.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20		.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.		.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.		60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300																																				.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	G	I	E	V	P	Q	R	A	H	T	I	R	S	I	L	L	E	V	E	R	L	H	S	H	L	L	N	L	G	L	S	C	H	F	V	G	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	F	M	Q	F
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	G	V	K	V	T	T	N	G	R	I	T	R	N	L	I	F	G	A	N	Y	L	Q	S	H	I	L	H	F	Y	H	L	A	A	L	D	Y	V	K	G	P	D	V	S	P	F	V	P	R	Y	A	N	A	D	L	L	T	D	R	I	K	D	G	A	K	A	D	A	T	N	T	Y	G	L	N	Q	Y	L	K	A
Template Known Secondary structure			T																														T	T	G	G	G	T	S				S	S	T	T	S		S			T	T										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360												.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	R	V	R	E	K	S	M	T	M	A	E	L	L	I	G	S	R	K	T	Y	G	L	N	L	I	G	G	V	R	R	D	I	L	K	E	Q	R	L	Q	T	L	K	L	V	R	E	M	R	A	D	V	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	E	M	L	L	A	T	P	N	M	E	Q	R	T
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	I	R	R	I	C	H	E	M	V	A	M	F	G	G	R	M	P	H	V	Q	G	M	V	V	G	G	A	T	E	I	P	T	A	D	K	V	A	E	Y	A	A	R	F	K	E	V	Q	K	F	V	I	E	E	Y	L	P	L	I	Y	T	L	G	S	V	Y	T	D	L	F	E	T	G	I	G	W	K	N	V
Template Known Secondary structure																	S	S	S	S	S		S	S			T	T			S	S																								T													G	G	G	G	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	G	I	G	I	L	D	R	Q	I	A	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	A	F	G	V	F	P	E	D	D	D	Y	K	T	F	L	L	K	P	G	V	Y	I	D	G	K	D	E	E	F	D	S	K	L	V	K	E	Y	V	G	H	S	F	F	D	H	S	A	P	G	G	L	H	Y	S	V	G	E	T	N	P	N	P	D	K	P	G	A	Y	S	F	V	K	A	P	R	Y	K	D	K
Template Known Secondary structure									S	S	T	T	S												T	T							G	G	G						T	T	B	T	B			S	S	S	S				G	G	G					B		T	T		T	T			B	S							T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
																							389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	F	D	H	P	Y	A	D	Y	G	N	I	P	K	T	L	F	T	F	T	G	G	D	V	F	S	R	V	M	V	R	V	K	E	T	F	D	S	L	A	M	L	E	F	A	L	D	N	M	P	D	T	P	L	L	T	E	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	C	E	V	G	P	L	A	R	M	W	V	Q	N	P	E	L	S	P	V	G	Q	K	L	L	K	E	L	Y	G	I	E	A	K	K	F	R	D	L	G	D	K	A	F	S	I	M	G	R	H	V	L	R	A	E	E	T	W	L	T	A	V	A	V	E	K	W	L	K	Q	V	Q	P	G	A	E	T	Y	V	K
Template Known Secondary structure				B		S											B																		S	B	G	G	G	G	G	G	G	G	S	S																												T	T				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.										.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.							.	.	.	510	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	Y	K	P	H	A	F	A	L	G	F	V	E	A	P	R	G	E	D	V	H	W	S	M	L	G	D	N	Q	K	L	F	R	W	R	C	R	A	A	T	Y	A	N	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	L	R	Y	M	L	R	G	N	T	V	S	D	.	.	.	.	.	.	A	P	L	I	I	G
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.
Template Sequence		S	E	I	P	D	A	A	E	G	T	G	F	T	E	A	P	R	G	A	L	L	H	Y	L	K	I	.	K	D	K	K	I	E	N	Y	Q	I	V	S	A	T	L	W	N	A	N	P	R	D	D	M	G	Q	R	G	P	I	E	E	A	L	I	G	V	P	V	P	D	I	K	N	P	V	N	V	G	R	L	V	R
Template Known Secondary structure						S	S										T	T										.		T	T										T					S					T	T											T	T		B		S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																												.
Template SS confidence
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.		.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
		513	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	L	D	P	C	Y	S	C	T	D	R
Query Conservation
Alig confidence							.
Template Conservation							.
Template Sequence		S	Y	D	P	L	.	G	C	A	V	H
Template Known Secondary structure			T				.
Template Predicted Secondary structure							.
Template SS confidence
		488	.	490	.	.		.	.	.	.	.