Job Description P07003 Confidence 99.87% Date Thu Jan 5 10:59:55 GMT 2012 Rank 58 Aligned Residues 530 % Identity 10% Template c2c3yA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:pyruvate-ferredoxin oxidoreductase; PDBTitle: crystal structure of the radical form of2 pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from desulfovibrio3 africanus Resolution 1.93 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.											40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	T	V	A	A	Y	I	A	K	T	L	E	S	A	G	V	K	R	I	W	G	V	T	G	D	S	L	N	G	L	S	D	S	L	N	R	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	I	E	W	M	S	T	R	H	E	E	V	A	A	F	A	A	G	A	E	A	Q	L	S	G	E	L	A	V	C	A	G
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation														.																																																														.	.
Template Sequence		T	D	G	N	T	A	T	A	H	V	A	Y	.	A	M	S	E	V	A	A	I	Y	P	I	T	P	S	S	T	M	G	E	E	A	D	D	W	A	A	Q	G	R	K	N	I	F	G	Q	T	L	T	I	R	E	M	Q	S	E	A	G	A	A	G	A	V	H	G	A	L	A	A	G	A	L	.	.	T	T	T	F
Template Known Secondary structure														.				S								T	T	T														T				T	T	S									S	S														T	T			.	.
Template Predicted Secondary structure														.																																																														.	.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.		20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80			.	.	.	.
		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	C	G	P	G	N	L	H	L	I	N	G	L	F	D	C	H	R	N	H	V	P	V	L	A	I	A	A	H	I	P	S	S	E	I	G	S	G	Y	F	Q	E	T	H	P	Q	E	L	F	R	E	C	S	H	Y	C	E	L	V	S	S	P	E	Q	I	P	Q	V	L	A	I	A	M	R	K	A	V	L	N	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	A	S	Q	G	L	L	L	M	I	P	N	M	Y	K	I	S	G	E	L	L	P	G	V	F	H	V	T	A	R	A	I	A	A	H	A	L	S	I	F	G	D	H	Q	D	I	Y	A	A	R	Q	T	G	F	A	M	L	A	S	S	S	V	Q	E	A	H	D	M	A	L	V	A	H	L	A	A	I	E	S	N
Template Known Secondary structure																				T	T										B				S	S	S				S	B		S						T	T	T	S	S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		153	.	.	.	.	.	.		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	190	.	.
Predicted Secondary structure									.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	S	V	V	V	L	.	P	G	D	V	A	L	K	P	A	P	E	G	A	T	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	W	Y	H	A	P	Q	P	V	V	T	P	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	L	R
Query Conservation									.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	F	M	H	F	F	D	G	F	R	T	S	H	E	I	Q	K	I	E	V	L	D	Y	A	D	M	A	S	L	V	N	Q	K	A	L	A	E	F	R	A	K	S	M	N	P	E	H	P	H	V	R	G	T	A	Q	N	P	D	I	Y	F	Q	G	R	E	A	A	N	P	Y	Y	L	K	V	P	G	I	V	A
Template Known Secondary structure										T	T	T	T	T	S																	S												S			T	T	S					S					T	T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		193	.	.	.	.	.	.																200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	A	Q	L	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	S	N	I	A	L	M	C	G	S	G	C	A	G	A	H	K	E	L	V	E	F	A	G	K	I	K	A	P	I	V	H	A	L	R	G	K	E	H	V	E	Y	D	N	P	Y	D	V	G	M	T	G	L	I	G	F	S
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Y	M	Q	K	V	A	S	L	T	G	R	S	Y	K	L	F	D	Y	V	G	A	P	D	A	E	R	V	I	V	S	M	G	S	S	C	E	T	I	E	E	V	I	N	H	L	A	A	K	G	E	K	I	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	V	R	L	Y	R	P	F	V	S	E
Template Known Secondary structure												S					S							T	T		S							T	T														T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S				S
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.														300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
		258	.	260	.	.	.		.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.														.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure								.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	G	F	H	T	M	.	M	N	A	D	T	L	V	L	L	G	T	Q	F	P	Y	R	A	F	Y	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	A	K	I	I	Q	I	D	I	N	P	A	S	I	G	A	H	S	K	V	D	M	A	L	V	G	D	I	K	S	T	L	R	A	L	L	P	L	V
Query Conservation								.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	F	F	A	A	L	P	A	S	A	K	V	I	T	V	L	D	R	T	K	E	P	G	A	P	G	D	P	L	Y	L	D	V	C	S	A	F	V	E	R	G	E	A	M	P	K	I	L	A	G	R	Y	G	L	G	S	K	E	F	S	P	A	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	S	V	Y	D	N	M
Template Known Secondary structure						S	S		T	T									S	S			T	T		S	S															T	S												G	G	G								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.										.	.	.	.	.	380	.	.
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	E	K	A	D	R	K	F	L	D	K	A	L	E	D	Y	R	D	A	R	K	G	L	D	D	L	A	K	P	S	E	K	A	I	H	P	Q	Y	L	A	Q	Q	I	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	A	D	D	A	I	F	T	C	D
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	G	A	K	K	N	H	F	T	V	G	I	E	D	D	V	T	G	T	S	L	P	V	D	N	A	F	A	D	T	T	P	K	G	T	I	Q	C	Q	F	W	G	L	G	A	D	G	T	V	G	A	N	K	Q	A	I	K	I	I	G	D	N	T	D	L	F	A	Q	G	Y	F	S	Y	D	S	K	K	S	G	G
Template Known Secondary structure			T	T			S	S				S	S			T	T	T			B					T	T					S		T	T										T	T	S	S																S	S											S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.				.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.		440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.																			.
Query SS confidence																																												.	.	.																			.
Query Sequence		V	G	T	P	T	V	W	A	A	R	Y	L	K	M	N	G	K	R	R	L	L	G	S	F	N	H	G	S	M	A	N	A	M	P	Q	A	L	G	A	Q	A	T	.	.	.	E	P	E	R	Q	V	V	A	M	C	G	D	G	G	F	S	M	L	.	M	G	D	F	L	S	V	V	Q	M	K	L	P	V	K	I
Query Conservation																																												.	.	.																			.
Alig confidence													.																															.	.	.																			.
Template Conservation													.
Template Sequence		I	T	I	S	H	L	R	F	G	E	K	.	P	I	Q	S	T	Y	L	V	N	R	A	D	Y	V	A	C	H	N	P	A	Y	V	G	I	Y	D	I	L	E	G	I	K	D	G	G	T	F	V	L	N	S	P	W	S	S	L	E	D	M	D	K	H	L	P	S	G	I	K	R	T	I	A	N	K	K	L	K	F
Template Known Secondary structure											S	S	.						S			S	S		S					S		G	G	G	G	G	T	S		T	T	T	T			T	T								S			S								S		T	T	T		.		T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure													.
Template SS confidence
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.		.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.		.	.	.	470	.	.	.	.											.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	V	F	N	N	S	V	L	G	F	V	.	A	M	E	M	K	A	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	T	D	G	T	E	L	H	D	T	N	F	A	R	I	A	E	A	C	G	I	T	G	I	R	V	E	K	A	S	E	V	D	E	A	L	Q	R	A	F	S	I	D	G	P	V	L	V	D
Query Conservation													.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.											.	.
Template Conservation																																																															.	.											.	.
Template Sequence		Y	N	I	D	A	V	K	I	A	T	D	V	G	L	G	G	R	I	N	M	I	M	Q	T	A	F	F	K	L	A	G	V	L	P	F	E	K	A	V	D	L	L	K	K	S	I	H	K	A	Y	G	K	K	G	E	K	I	V	K	M	N	.	.	T	D	A	V	D	Q	A	V	T	S	.	.	L	Q	E	F	K
Template Known Secondary structure														T	S	T	T														S		S	S																S			S	S							.		.	.											.	.			B
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.											.	.
Template SS confidence
		542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.			.	.	.	.	.	.	.	610	.	.			.	.	.	.	.
		525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	V	A	K	E	E	L	A	I	P	P	Q	I	K	L	E	Q	A	K	G	F	S	L	Y	M	L	R	A	I	I	S	G	R	G	D	E	V	I
Query Conservation
Alig confidence																						.
Template Conservation																						.
Template Sequence		Y	P	D	S	W	K	D	A	P	A	E	T	K	A	E	P	M	T	N	E	.	F	F	K	N	V	V	K	P	I	L	T	Q	Q	G	D	K	L	P
Template Known Secondary structure				G	G	G	G	G													.	.		T	T	T	T						T	T		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																						.
Template SS confidence
		618	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.		.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.