Job Description P77257 Confidence 99.51% Date Thu Jan 5 12:26:54 GMT 2012 Rank 75 Aligned Residues 382 % Identity 14% Template c3cmvG_ PDB info PDB header:recombination Chain: G: PDB Molecule:protein reca; PDBTitle: mechanism of homologous recombination from the reca-2 ssdna/dsdna structures Resolution 4.30 Å

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	T	L	H	Q	G	E	V	H	A	L	L	G	G	N	G	A	G	K	S	T	L	M	K	I	I	A	G	I	T	P	A	D	S	G	T	L	E	I	E	G	N	N	Y	V	R	L	T	P	V	H	A	H	Q	L	G	I	Y	L	V	P	Q	E	P	L	L	F	P	S	L	S	I	K	E	N	I	L	F	G
Query Conservation
Alig confidence																																																								.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.
Template Sequence		A	G	G	L	P	M	G	R	I	V	E	I	Y	G	P	E	S	S	G	K	T	T	L	T	L	Q	V	I	A	A	A	Q	R	E	G	K	T	C	A	F	I	D	A	E	H	A	L	D	P	I	Y	A	R	K	.	.	.	L	G	V	D	I	D	N	L	L	C	S	Q	P	D	T	G	E	Q	A	L	E	I	C
Template Known Secondary structure		S	S	S			T	T	S							S	T	T	S	S														T	T	T								S	S											.	.	.		T			G	G	G							S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.
Template SS confidence
		1053	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.				.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		111	.	.	.	.	.	.																															.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	K	K	Q	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	Q	K	M	K	N	L	L	A	A	L	G	C	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	L	H	S	L	A	G	S	L	D
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	A	L	A	R	S	G	A	V	D	V	I	V	V	D	S	V	A	A	L	T	P	K	A	E	I	E	G	L	A	A	R	M	M	S	Q	A	M	R	K	L	A	G	N	L	K	Q	S	N	T	L	L	I	F	I	N	Q	G	G	N	A	L	K	F	Y	A	S	V	R	L	D	I	R	R	I	G	A	V	K	E
Template Known Secondary structure						T	T	S	S									G	G	G											T	T																T	T	T											T	T						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.			160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.							.
Predicted Secondary structure																			.	.																																																							.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.																																																							.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	D	R	Q	M	V	E	I	L	R	G	L	M	R	D	S	.	.	R	I	L	I	L	D	E	P	T	A	S	L	T	P	A	E	T	E	R	L	F	S	R	L	Q	E	L	L	A	T	G	V	G	I	V	F	I	S	H	K	L	P	E	I	R	Q	I	A	D	R	I	S	V	M	.	.	.	.	.	.	R
Query Conservation																			.	.																																																							.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.											.																					.	.	.	.												.								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.																					.	.	.	.												.
Template Sequence		G	E	N	V	V	G	S	E	T	R	V	K	V	V	K	N	K	I	A	A	P	F	K	Q	A	E	F	Q	I	.	L	Y	G	E	G	I	N	F	Y	G	E	L	V	D	L	G	V	K	E	K	.	.	.	.	L	I	E	K	A	G	A	W	Y	S	Y	.	K	G	E	K	I	G	Q	G	K	A	N	A	T	A
Template Known Secondary structure		T	T															S	S	S		T	T								.		T	T	T															T	T	.	.	.	.	S	S				T	T					.	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.																					.	.	.	.												.
Template SS confidence
		1234	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.		.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.					.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.		.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	T	I	A	L	S	G	K	T	S	E	L	S	T	D	D	I	I	Q	A	I	T	P	A	V	R	E	K	S	L	S	A	S	Q	K	L	W	L	E	L	P	G	N	R	P	Q	H	A	A	G	T	P	V	L	T	L	E	N	L	T	G	E	G	F	R	N	V	S	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	L	K	D	N	P	E	T	A	K	E	I	E	K	K	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	L	L	L	K	Q	K	A	L	A	A	A	L	G	Q	I	E	K	Q	F	G	K	G	S	I	M	R	L	G	E	D	R	S	M	D	V	E	T	I	S	T	G	S	L	S	L	D	I	A	L	G
Template Known Secondary structure				T	T	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					S	S	T	T					T	T													S									S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1308	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.													.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.
					286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	L	N	A	G	E	I	L	G	L	A	G	L	V	G	A	G	R	T	E	L	A	E	T	L	Y	G	L	R	T	L	R	G	G	R	I	M	L	N	G	K	E	I	N	K	L	S	T	G	E	R	L	L	R	G	L	V	Y	L	P	E	D	R	Q	S	S	G	L	N	L	D	A	S	L	A	W	N	V
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Template Sequence		A	G	G	L	P	M	G	R	I	V	E	I	Y	G	P	E	S	S	G	K	T	T	L	T	L	Q	V	I	A	A	A	Q	R	E	G	K	T	C	A	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	A	E	H	A	L	D	P	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S			T	T	S							S	T	T	S	S														T	S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S						.	.
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Template SS confidence
		2053	.	.	.	.	.	.	2060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2090	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	2100	.
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.									.	.
Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	A	L	T	H	N	L	R	G	F	W	A	K	T	A	K	D	N	A	T	L	E	R	Y	R	R	A	L	N	I	K	F	N	Q	P	E	Q	A	A	R	T	L	S	G	G	N	Q	Q	K	I	L	I	A	K	C	L	E	A	S	P	Q	V	L	I	V	D	E	P	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V
Query Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	A	R	K	L	G	V	D	I	D	N	L	.	L	C	S	Q	P	D	T	G	E	Q	A	L	E	I	C	D	A	L	A	R	S	G	A	V	D	V	I	V	V	D	S	V	A	A	L	T	P	K	A	E	I	E	G	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T			G	G	G		.						S														T	T	S										G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template SS confidence
																								2102	.	.	.	.	.	.	.	2110	.	.	.	.		.	.	.	.	.	2120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2150	.	.	.	.	.	.	.	.
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.		.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.
Query SS confidence																				.
Query Sequence		D	V	S	A	R	N	D	I	Y	Q	L	L	R	S	I	A	A	Q	.	N	V	A	V	L	L	I	S	S	D	L	E	E	I	E	L	M	A	D	R	V	Y	V	M	H	Q	G	E	I	T	H	S	A	L	T
Query Conservation																				.
Alig confidence																				.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	R	M	M	S	Q	A	M	R	K	L	A	G	N	L	K	Q	S	N	T	L	L	I	F	I	N	Q	G	G	N	A	L	K	F	Y	A	S	V	R	L	D	I	R	R	I	G	A	V	K	E	G	E	N
Template Known Secondary structure									T										T	T	T											T	T																			S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		2167	.	.	2170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2220