Job Description P0AAJ5 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:13:06 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 240 % Identity 23% Template d1y5ib1 SCOP info Ferredoxin-like 4Fe-4S ferredoxins Ferredoxin domains from multidomain proteins Resolution 1.90

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		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50		.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.
Predicted Secondary structure																								.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	V	A	K	L	I	D	V	T	T	C	I	G	C	K	A	C	Q	V	A	C	S	.	E	W	N	D	I	R	D	T	V	G	N	N	I	G	V	Y	D	N	P	N	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																								.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	V	G	M	V	L	N	L	D	K	C	I	G	C	H	T	C	S	V	T	C	K	N	V	W	T	S	R	E	G	V	E	Y	A	W	F	N	N	V	E	T	K	P	G	Q	G	F	P	T	D	W	E	N	Q	E	K	Y	K	G	G	W	I	R	K	I	N	G	K	L	Q	P	R	M	G	N	R	A	M	L	L
Template Known Secondary structure									T	T	T																S		S	T	T	S	T	T			S	S						S	S		T	T	T	T	T	T	T								S					T	T	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
																																																																									73	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	K	S	W	T	V	M	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	I	F	A	N	P	H	L	P	G	I	D	D	Y	Y	E	P	F	D	F	D	Y	Q	N	L	H	T	A	P	E	G	S	K	S	Q	P	I	A	R	P	R	S	L	I	T	G	E	R	M	A	K	I	E	K	G	P	N	W	E	D	D	L	G	G	E	F	D	K	L	A	K	D	K	N	F	D	N	I	Q
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	S		T	T															T								T	T		S	S									T	T	T			B		S						T	T	T	T	T	T	T		S						T	T		G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	S	E	V	E	Q	N	D	K	L	E	W	L	I	R	K	D	G	C	M	H	C	S	D	P	G	C	L	K	A	C	P	A	E	G	A	I	I	Q	Y	A	N	G	I	V	D	F	Q	S	E	Q	C	I	G	C	G	Y	C	I	A	G	C	P	F	D	I	P	R	L	N	P	E	D	N	R	V	Y	K	C	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	A	M	Y	S	Q	F	E	N	T	F	M	M	Y	L	P	R	L	C	E	H	C	L	N	P	A	C	V	A	T	C	P	S	G	A	I	Y	K	R	E	E	D	G	I	V	L	I	D	Q	D	K	C	R	G	W	R	M	C	I	T	G	C	P	Y	K	K	I	Y	F	N	W	K	S	G	K	S	E	K	C	I
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	S	G	G	G														S	S								T	T							T	T	T							T	T	T												T	T							T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.					.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	C	V	D	R	V	V	V	G	Q	E	P	A	C	V	K	T	C	P	T	G	A	I	H	F	G	.	.	.	.	T	K	E	S	M	K	T	L	A	S	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																												.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	C	Y	P	R	I	E	A	G	Q	P	T	V	C	S	E	T	C	V	G	R	I	R	Y	L	G	V	L	L	Y	D	A	D	A	I	E	R	A	A	S	T	E	N	E	K	D	L	Y	Q	R	Q	L	D	V	F	L	D	P	N	D	P	K	V	I	E	Q	A	I	K	D	G	I	P	L	S	V	I	E	A	A
Template Known Secondary structure		T	T					T	T	T								T		T	T												G	G	G						T		S	S	G	G	G							T	T	B			T	T											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
						200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.						.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.									.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	V	A	E	L	K	T	R	G	Y	D	N	A	G	L	Y	D	P	A	G	V	G	G	T	H	V	M	Y	V	L	H	H	A	.	.	.	.	.	D	K	P	N	L	Y	H	G	L	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	E	I	S	E	T	V	K	F	W	K	G	I	W	K	P	L	A	A
Query Conservation		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																.	.																.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.
Template Sequence		Q	Q	S	P	V	Y	K	M	A	M	E	W	K	L	A	L	P	L	H	.	.	P	E	Y	R	T	L	P	M	V	W	Y	V	P	P	L	S	P	I	Q	S	A	A	D	A	G	E	L	G	S	N	G	I	L	P	D	V	E	S	L	R	I	P	V	Q	Y	L	A	N	L	L	T	A	G	D	T	K	P	V	L
Template Known Secondary structure		T	T									T	S						S		.	.	G	G	G	S	S			S										B				S	S	S				B	T	T	B	T	S			G	G	G	B	S	S										S	T	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.
Template SS confidence
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.			.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		263	.	.	.	.	.	.	270
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	F	A	A	T	F	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	A	L	K	R	M	L	A
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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