Job Description P09152 Confidence 95.20% Date Thu Jan 5 11:02:00 GMT 2012 Rank 59 Aligned Residues 184 % Identity 23% Template c2a3nA_ PDB info PDB header:sugar binding protein Chain: A: PDB Molecule:putative glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase; PDBTitle: crystal structure of a putative glucosamine-fructose-6-phosphate2 aminotransferase (stm4540.s) from salmonella typhimurium lt2 at 1.353 a resolution Resolution 1.23 Å

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		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	V	N	E	L	I	A	A	S	N	V	Y	T	I	K	N	Y	G	P	D	R	V	A	G	F	S	P	I	P	A	M	S	M	V	S	Y	A	S	G	A	R	Y	L	S	L	I	G	G	T	C	L	S	F	Y	D	W	Y	C	D	L	P	P	A	S	P	Q	T	W	G	E	Q	T	D	V	P	E	S	A	D	W
Query Conservation
Alig confidence								.																	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.																	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	A	R	Q	K	A	.	E	Q	V	A	D	E	I	Y	Q	A	G	F	S	S	L	F	.	F	A	S	V	G	G	S	L	A	P	X	X	A	I	N	E	F	A	K	E	L	T	T	L	P	V	Y	V	E	Q	A	A	E	L	I	H	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	K	R
Template Known Secondary structure		T	T					.													S				.					G	G	G																	S														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T
Template Predicted Secondary structure								.																	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		25	.	.	.	.	30		.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.		.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.																.	.	.	.
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.		.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.									.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	N	S	S	Y	I	I	A	W	G	S	N	V	P	Q	T	R	T	P	D	A	H	F	F	T	E	V	R	Y	K	G	T	K	T	V	A	V	.	T	P	D	Y	A	E	I	A	K	L	C	D	L	W	L	A	P	K	Q	G	T	D	A	A	M	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	A	M	G	H	V	M	L
Query Conservation																																							.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.																					.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.
Template Sequence		L	N	K	D	S	V	V	I	T	L	S	K	S	G	D	T	.	K	E	S	V	A	I	A	E	W	C	K	A	Q	G	I	R	V	V	A	I	T	K	N	A	D	S	P	L	A	Q	A	A	T	W	H	I	P	X	R	H	K	N	G	V	E	Y	E	Y	X	L	L	Y	W	L	F	F	R	V	L	S	R	N	N
Template Known Secondary structure				T	T								S	S	S			.													T	T								S		T	T	S					T		S								S	S																				T	T
Template Predicted Secondary structure																		.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.		.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	E	F	H	L	D	N	P	S	Q	Y	F	T	D	Y	V	R	R	Y	T	D	M	P	M	L	V	M	L	E	E	R	D	G	Y	Y	A	A	G	R	M	L	R	A	A	D	L	V	D	A	L	G	Q	E	N	N	P	E	W	K	T	V	A	F	N	T	N	G	E	M	V	A	P	N	G	S	I	G	F	R	W
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	F	A	S	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	R	F	A	S	Q	L	E	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S		T	T			.	.	.	.	.	.	.						G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.								.	.	.	.	.	.	.	180	.
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	K	G	K	W	N	L	E	Q	R	D	G	K	T	G	E	E	T	E	L	Q	L	S	L	L	G	S	Q	D	E	I	A	E	V	G	F	P	Y	F	G	G	D	G	T	E	H	F	N	K	V	E	L	E	N	V	L	L	H	K	L	P	V	K	R	L	Q	L	A	D	G	S	T	A	L	V	T	T	V	Y
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	T	L	A	N	Y	G	L	E	R	G	L	N	D	V	N	C	A	T	S	Y	D	D	V	K	A	Y	T	P	A	W	A	E	Q	I	T	G	V	S	R	S	Q	I	I	R	I	A	R	E	F	A	D	N	A	D	K	T	H	G	R	S	M	I	I	V	G	A	G	L	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	N	L	L	K	A	K	Q	K	F	D	P	Q	A	D	A	I	A	S	R	Y	H	N	S	.	.	.	.	.	.	D	Y	X	X	W	V	G	G	A	E	X
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							T	T		.	.	.	.	.	.	S								G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																															182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.							.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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