Job Description P06149 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:59:07 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 430 % Identity 17% Template c3fwaA_ PDB info PDB header:flavoprotein Chain: A: PDB Molecule:reticuline oxidase; PDBTitle: structure of berberine bridge enzyme, c166a variant in complex with2 (s)-reticuline Resolution 1.50 Å

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		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30								.	.	.	.	.	.	.	.	.	40				.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Query Sequence		F	L	N	E	L	A	R	L	V	G	S	S	H	L	L	T	D	P	A	.	.	.	.	.	.	.	K	T	A	R	Y	R	K	G	F	R	.	.	.	S	G	Q	G	D	A	L	A	V	V	F	P	G	S	L	L	E	L	W	R	V	L	K	A	C	V	T	A	D	K	I	I	L	M	Q	A	A	N	T	G	L
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	L	S	C	L	T	F	N	G	V	R	N	H	T	V	F	S	A	D	S	D	S	D	F	N	R	F	L	H	L	S	I	Q	N	P	L	F	Q	N	S	L	I	S	K	P	S	A	I	I	L	P	G	S	K	E	E	L	S	N	T	I	R	C	I	R	K	G	S	W	T	I	R	L	R	S	G	G	H	S	Y
Template Known Secondary structure									T	T									S		T	T	S									T				G	G	G		S	T	T	S				S							S													T	T	T							S	S				T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.		.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure																																		.
Query SS confidence																																		.
Query Sequence		T	E	G	S	T	P	N	G	N	D	Y	D	R	D	V	V	I	I	S	T	L	R	L	D	K	L	H	V	L	G	K	G	.	E	Q	V	L	A	Y	P	G	T	T	L	Y	S	L	E	K	A	L	K	P	L	G	R	E	P	H	S	V	I	G	S	S	C	I	G	A	S	V	I	G	G	I	C	N	N	S	G
Query Conservation																																		.
Alig confidence										.	.	.	.															.						.																														.
Template Conservation										.	.	.	.															.																																				.
Template Sequence		E	G	L	S	Y	T	S	D	.	.	.	.	T	P	F	I	L	I	D	L	M	N	L	N	R	V	.	S	I	D	L	E	S	E	T	A	W	V	E	S	G	S	T	L	G	E	L	Y	Y	A	I	T	E	S	S	S	K	L	G	F	T	A	.	G	W	A	P	T	V	G	T	G	G	H	I	S	G	G	G	F
Template Known Secondary structure		T		T	T	S			S	.	.	.	.	S								T	T					.				T	T	T	T						T	T		B													S	S						.		S		T	T	S	B							T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.															.																																				.
Template SS confidence
		107	.	.	110	.	.	.	.					.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.		.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.		.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	S	L	V	Q	R	G	P	A	Y	T	E	M	S	L	F	A	R	I	N	E	D	G	K	L	T	L	V	N	H	L	G	I	D	L	G	E	T	P	E	Q	I	L	S	K	L	D	D	D	R	I	K	D	D	D	V	R	H	D	G	R	H	A	H	D	Y	D	Y	V	H	R	V	R	D	I	E	A	D	T	P
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	M	M	S	R	K	Y	G	L	A	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	V	D	A	I	L	I	D	A	N	G	A	I	L	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	M	G	E	D	V	F	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T							G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G									T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	210	.	.	.	.	.	.	.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	Y	N	A	D	P	D	R	L	F	E	S	S	G	C	A	G	K	L	A	V	F	A	V	R	L	D	T	F	E	A	E	K	N	Q	Q	V	F	Y	I	G	T	N	Q	P	E	V	L	T	E	I	R	R	H	I	L	A	N	F	E	N	L	P	V	A	G	E	Y	M	H	R	D	I	Y	D	I	A	E	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.												.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.												.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	A	I	R	G	G	G	G	G	V	W	G	.	.	A	I	Y	A	W	K	I	K	L	L	P	V	P	E	K	V	T	V	F	R	V	T	K	N	V	A	I	D	E	A	T	S	L	L	H	K	W	Q	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.			T	T	S		T	T	S	S		.	.														S																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.												.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.			230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	K	D	T	F	L	M	I	D	K	L	G	T	D	K	M	P	F	F	F	N	L	K	G	R	T	D	A	M	L	E	K	V	K	F	F	R	P	H	F	T	D	R	A	M	Q	K	F	G	H	L	F	P	S	H	L	P	P	R	M	K	N	W	R	D	K	Y	E	H	H	L	L	L	K	M	A	G	D	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	E	E	L	E	E	D	F	T	L	S	V	L	G	G	A	D	E	K	Q	V	W	L	T	M	L	G	F	H	F	G	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S		T	T											T	T											S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																	269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.		.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.
Query SS confidence																																																																						.
Query Sequence		V	G	E	A	K	S	W	L	V	D	Y	F	K	Q	A	E	G	D	F	F	V	C	T	P	E	E	G	S	K	A	F	L	H	R	F	A	A	A	G	A	A	I	R	Y	Q	A	V	H	S	D	E	V	E	D	I	L	A	L	D	I	A	L	R	R	N	D	T	E	.	W	Y	E	H	L	P	P	E	I	D	S
Query Conservation																																																																						.
Alig confidence																																																																						.
Template Conservation
Template Sequence		K	T	V	A	K	S	T	F	D	L	L	F	P	E	L	G	L	V	E	E	D	Y	L	E	M	S	W	G	E	S	F	A	Y	L	A	G	L	E	T	V	S	Q	L	N	N	R	F	L	K	F	D	E	R	A	F	K	T	K	V	D	L	T	K	E	P	L	P	S	K	A	F	Y	G	L	L	E	R	L	S	K
Template Known Secondary structure														G	G	G				G	G	G														T	T		S		G	G	G	G	G		T	T	S		S													S	S																T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.					.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.																																			.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.																																			.	.	.
Query Sequence		Q	L	V	H	K	L	Y	Y	G	H	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	C	Y	V	F	H	Q	D	Y	I	V	.	.	.	.	K	K	G	V	D	V	H	A	L	K	E	Q	M	L	E	L	L	Q	Q	R	G	A	Q	Y	P	A	E	H	N	V	G	H	L	Y	.	.	.
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.																																			.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.																																			.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	P	N	G	F	I	A	L	N	G	F	G	G	Q	M	S	K	I	S	S	D	F	T	P	F	P	H	R	S	G	T	R	L	M	V	E	Y	I	V	A	W	N	Q	S	E	Q	K	K	K	T	E	F	L	D	W	L	E	K	V	Y	E	F	M	K	P	F	V	S	K	N	P	R	L	G	Y	V	N	H	I	D
Template Known Secondary structure			T	T										G	G	G	G	T	S		T	T	S	S	S					T	T													G	G	G	G	G	G																T	T	T	S			S	S					G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
																																536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	P	E	T	L	Q	K	F	Y	R	E	N	D	P	T	N	S	M	N	P	G	I	G	K	T	S	K	R	K	N	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation																																																						.
Template Sequence		L	D	L	G	G	I	D	W	G	N	K	T	V	V	N	N	A	I	E	I	S	R	S	W	G	E	S	Y	F	L	S	N	Y	E	R	L	I	R	A	K	T	L	I	D	P	N	N	V	F	N	H	P	.	Q	S	I	P	P	M	A	N	F
Template Known Secondary structure		G	G	G					T	T							T														G	G	G													T	T			S			T	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																						.
Template SS confidence
		462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.		.	.	.	.	.	.	520	.	.