Job Description P37596 Confidence 99.42% Date Thu Jan 5 11:55:42 GMT 2012 Rank 132 Aligned Residues 221 % Identity 17% Template c2gmhA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:electron transfer flavoprotein-ubiquinone PDBTitle: structure of porcine electron transfer flavoprotein-2 ubiquinone oxidoreductase in complexed with ubiquinone Resolution 2.50 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.							.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	S	N	G	I	V	I	I	G	S	G	F	A	A	R	Q	L	V	K	N	I	R	K	.	.	.	.	.	.	Q	D	A	T	I	P	L	T	L	I	A	A	D	S	M	D	E	Y	N	K	P	D	L	S	H	V	I	S	Q	G	Q	R	A	D	D	L	T	R	Q	T	A	G	E	F	A	E	Q	F	N	L	H
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.				.	.																	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.																	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	E	A	D	V	V	I	V	G	A	G	P	A	G	L	S	A	A	T	R	L	K	Q	L	A	A	Q	H	E	K	D	L	.	.	R	V	C	L	V	E	K	A	A	H	I	G	A	H	T	L	.	.	.	.	.	S	G	A	C	L	D	P	R	A	F	E	E	L	F	P	D	W	K	E	K	G	A	P	L	N
Template Known Secondary structure					S							S																	T	T				.	.							S	S	S	S	T	T	T	T			.	.	.	.	.							T								T	T					T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.																	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		34	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.			.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.						.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	F	P	Q	T	W	V	T	D	I	D	A	E	A	R	V	V	K	S	Q	N	N	Q	W	Q	Y	D	K	L	V	L	A	T	G	A	S	A	F	V	P	P	V	P	G	R	E	L	M	L	T	L	N	S	Q	Q	E	Y	R	A	C	E	T	Q	L	R	D	A	R	R	V	L	I	V	G	G	G	L	I	G	S
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	P	V	T	E	D	R	F	G	I	L	T	E	K	Y	R	I	P	V	P	I	L	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														S	S									T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.																		.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	L	A	M	D	F	C	R	A	G	K	A	V	T	L	I	D	N	A	A	S	I	L	A	S	L	M	P	P	E	V	S	S	R	L	Q	H	R	L	T	E	M	G	V	H	L	L	L	K	S	Q	L	Q	G	L	E	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	G	I	Q
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	M	N	N	H	G	N	Y	V	V	R	L	G	H	L	V	S	W	M	G	E	Q	A	E	A	L	G	V	E	V	Y	P	G	Y	A	A	A	E	I	L	F	H	E	D	G	S	V	K	G	I	A	T	N	D	V	G	I	Q	K	D	G	A	P	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T			T	T																				T	T					T	T										T	T	S	S													T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	131	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.			.	.	.	.	.	.	.	250	.
Predicted Secondary structure																											.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	T	L	D	R	Q	R	N	I	E	V	D	A	V	I	A	A	T	G	L	R	P	E	T	A	.	.	L	A	R	R	A	G	L	T	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																											.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	T	F	E	R	G	L	E	L	H	A	K	V	T	I	F	A	E	G	C	H	G	H	L	A	K	Q	L	Y	K	K	F	D	L	R	A	N	C	E	P	Q	T	Y	G	I	G	L	K	E	L	W	V	I	D	E	K	K	W	K	P	G	R	V	D	H	T	V	G	W	P	L	D	R	H	T	Y	G	G	S	F
Template Known Secondary structure													S								T	T											T	T	T	T	T	T	S																	G	G	G			T	T								T	T	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
																																																252	.	.	.	.	.												.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	G	V	C	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	Y	L	Q	T	S	N	T	D	I	Y	A	L	G	D	C
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Y	H	L	N	E	G	E	P	L	L	A	L	G	F	V	V	G	L	D	Y	Q	N	P	Y	L	S	P	F	R	E	F	Q	R	W	K	H	H	P	S	I	K	P	T	L	E	G	G	K	R	I	A	Y	G	A	R	A	L	N	E	G	G	F	Q	S	I	P	K	L	T	F	P	G	G	L	L	I	G	C	S
Template Known Secondary structure							S	S	S											T	T				T	T											T	T	S	T	T	T					T	T															G	G	G	G							T	T					T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
		275	.	.	.	.	280	.	.		.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.
Query SS confidence										.
Query Sequence		A	E	I	N	G	Q	V	L	.	P	F	L	Q	P	I	Q	L	S	A	M	V	L	A	K	N	L
Query Conservation										.
Alig confidence										.
Template Conservation
Template Sequence		P	G	F	M	N	V	P	K	I	K	G	T	H	T	A	M	K	S	G	T	L	A	A	E	S	I
Template Known Secondary structure		T				B	T	T	T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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