Job Description P0AGA2 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:28:35 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 372 % Identity 19% Template d1rh5a_ SCOP info Preprotein translocase SecY subunit Preprotein translocase SecY subunit Preprotein translocase SecY subunit Resolution 3.20

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	G	L	D	F	Q	S	A	K	G	G	L	G	E	L	K	R	R	L	L	F	V	I	G	A	L	I	V	F	R	I	G	S	F	I	P	I	P	G	I	D	A	A	V	L	A	K	L	L	E	Q	Q	R	G	T	I	I	E	M	F	N	M	F	S	G	G	A	L	S	R	A	S	I	F	A	L	G	I	M	P
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation											.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Sequence		P	E	V	E	L	P	V	K	E	.	.	.	I	T	F	K	E	K	L	K	W	T	G	I	V	L	V	L	Y	F	I	M	G	C	I	D	V	Y	T	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Q	I	P	A	I	F	E	F	W	Q	T	I	T	A	S	.	.	R	I	G	T	L	I	T	L	G	I	G	P
Template Known Secondary structure								S	S		.	.	.																					T	T	S	B				S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S			T	T						T		.	.		T	T	B	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20				.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.										50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.			.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	I	S	A	S	I	I	I	Q	L	L	T	V	V	H	P	T	L	A	E	I	K	K	E	G	E	S	G	R	R	K	I	S	Q	Y	T	R	Y	G	T	L	V	L	A	I	F	Q	S	I	G	I	A	T	G	L	P	N	M	P	G	M	Q	G	L	V	I	N	P	G	F	A	F	Y	F	T	A	V	V	S	L
Query Conservation
Alig confidence													.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	V	T	A	G	I	I	M	Q	L	L	.	.	V	G	S	G	I	I	Q	M	D	L	S	I	P	E	N	R	A	L	F	Q	G	C	Q	K	L	L	S	I	I	M	C	F	V	E	A	V	L	F	V	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	F	G	I	L	T	P	L	L	A	F	L	V	I	I	Q	I
Template Known Secondary structure													.	.				T	T	S					S	S																													T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S
Template Predicted Secondary structure													.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.			.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.									130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.							.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	T	G	T	M	F	L	M	W	L	G	E	Q	I	T	E	R	G	I	G	N	G	I	S	I	I	I	F	A	G	I	V	A	G	L	P	P	A	I	A	H	T	.	.	.	.	.	.	I	E	Q	A	R	Q	G	D	L	H	F	L	V	L	L	L	V	A	V	L	V	F	A	V	T	F	F	V	V	F	V	E
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	F	G	S	I	I	L	I	Y	L	D	E	I	V	S	K	Y	G	I	G	S	G	I	G	L	F	I	A	A	G	V	S	Q	T	I	F	V	G	A	L	G	P	E	G	Y	L	W	K	F	L	N	S	L	I	Q	G	V	P	N	I	E	Y	I	A	P	I	I	G	T	I	I	V	F	L	M	V	V	Y	A	E
Template Known Secondary structure																			S	S	S																					S	T	T										T	T	T	T				G	G	G	T																	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.									.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	G	Q	R	R	I	V	V	N	Y	A	K	R	Q	Q	G	R	R	V	Y	A	A	Q	S	T	H	L	P	L	K	V	N	M	A	G	V	I	P	A	I	F	A	S	S	I	I	L	F	P	A	T	I	A	S	W	F	G	G	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	N	W	L	T	T	I	S	L	Y	L
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	M	R	V	E	I	P	L	A	H	G	R	.	.	.	.	.	.	.	I	K	G	A	V	G	K	Y	P	I	K	F	V	Y	V	S	N	I	P	V	I	L	A	A	A	L	F	A	N	I	Q	L	W	G	L	A	L	Y	R	M	G	I	P	I	L	G	H	Y	E	G	G	R	A	V	D	G	I	A	Y	Y	L
Template Known Secondary structure		T										S	S	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T									S		T	T		S																						T	T	S			T	T			B		S	S	S	B	S	S	S	T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.								240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
		311	.													.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.		.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query Sequence		Q	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	P	L	Y	V	L	L	Y	A	S	A	I	I	F	F	C	F	F	Y	T	A	L	V	.	F	N	P	R	E	T	A	D	N	L	K	K	S	G	A	F	V	P	G	I	R	P	G	E	Q	T	A	K	Y	I	D	K	V	M	T	R	L	T	L	V	G
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	T	P	Y	G	L	S	S	V	I	S	D	P	I	H	A	I	V	Y	M	I	A	M	I	I	T	C	V	M	F	G	I	F	W	V	E	T	T	G	L	D	P	K	S	M	A	K	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	E	K	A	I	E	H	R	L	K	R	Y	I	P	P	L	T	V	M	S
Template Known Secondary structure						S	S	S				S																												T		S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.												.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	Y	I	T	F	I	C	L	I	P	E	F	M	R	D	A	M	K	V	P	F	Y	F	G	G	T	S	L	L	I	V	V	V	V	I	M	D	F	M	A	Q	V	Q	T	L	M
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	A	F	V	G	F	L	A	T	I	A	N	F	I	G	.	.	.	.	.	.	A	L	G	G	G	T	G	V	L	L	T	V	S	I	V	Y	R	M	Y	E	Q	L	L	R	E	R
Template Known Secondary structure																	.	.	.	.	.	.		T	T		S																			T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.							.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.