Job Description P0AGA2 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:28:35 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 356 % Identity 21% Template c3mp7A_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:preprotein translocase subunit secy; PDBTitle: lateral opening of a translocon upon entry of protein suggests the2 mechanism of insertion into membranes Resolution 2.90 Å

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		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	K	R	R	L	L	F	V	I	G	A	L	I	V	F	R	I	G	S	F	I	P	I	P	G	I	D	A	A	V	L	A	K	L	L	E	Q	Q	R	G	T	I	I	E	M	F	N	M	F	S	G	G	A	L	S	R	A	S	I	F	A	L	G	I	M	P	Y	I	S	A	S	I	I	I	Q	L	L	T	V	V
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.																							.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.																							.	.	.	.
Template Sequence		L	R	E	R	F	M	W	T	G	V	A	L	I	L	Y	Y	V	L	A	E	I	P	V	Y	G	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	I	Q	D	Y	F	Q	F	L	R	V	V	L	A	G	.	.	R	N	G	S	I	L	T	L	G	I	G	P	I	V	T	A	G	I	I	L	Q	L	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	T																	S	B		T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S				S		S	S	T	T	T	T	T		S	.	.		T	T	B	T	T	S	S	T	T										T	T		.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.																							.	.	.	.
Template SS confidence
		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.										.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.			.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	P	T	L	A	E	I	K	K	E	G	E	S	G	R	R	K	I	S	Q	Y	T	R	Y	G	T	L	V	L	A	I	F	Q	S	I	G	I	A	T	G	L	P	N	M	P	G	M	Q	G	L	V	I	N	P	G	F	A	F	Y	F	T	A	V	V	S	L	V	T	G	T	M	F	L	M	W	L	G	E	Q	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	R	V	F	S	V	F	M	C	F	F	E	A	A	V	W	I	L	G	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	R	V	A	I	A	V	L	M	I	L	Q	L	A	M	G	G	I	V	L	I	I	L	D	E	L	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S				T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.											.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.					.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.
Query Sequence		T	E	R	G	I	G	N	G	I	S	I	I	I	F	A	G	I	V	A	G	L	P	P	A	I	A	H	T	I	E	Q	A	R	Q	G	D	L	H	.	.	.	.	F	L	V	L	L	L	V	A	V	L	V	F	A	V	T	F	F	V	V	F	V	E	R	G	Q	R	R	I	V	V	N	Y	A	K	R	Q	Q	G
Query Conservation																																								.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	K	W	G	I	G	S	G	I	S	L	F	I	A	A	G	V	S	Q	T	I	L	T	R	S	L	N	P	L	T	D	P	N	P	L	T	G	Q	P	A	I	V	G	A	I	P	Y	F	I	Q	H	I	L	K	G	D	L	W	G	A	I	Y	R	G	G	S	A	P	D	M	L	S	V	V	A	T	I	V	V	F
Template Known Secondary structure					S	S	S																				S										S	S	S				S															S		S	S				S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		255	.	.				.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300											.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	R	V	.	.	.	Y	A	A	Q	S	T	H	L	P	L	K	V	N	M	A	G	V	I	P	A	I	F	A	S	S	I	I	L	F	P	A	T	I	A	S	W	F	G	G	G	T	G	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	W	L	T	T	I	S	L	Y	L	Q	P	G	Q	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation					.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	I	V	V	Y	F	E	S	M	R	V	E	I	Y	P	I	R	F	L	Y	V	S	N	I	P	I	I	L	T	F	A	L	Y	A	N	I	Q	L	W	A	R	V	L	D	R	L	G	H	P	W	L	G	R	F	D	P	T	T	G	S	P	I	S	G	F	V	L	Y	V	I	P	P	R	N	I	F	S	V	I	D
Template Known Secondary structure																			S	S	S	S	T	T																						T	T	S			S	S	B					T	T	S					B	S	G	G	G	S				S	S	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
			315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	P	L	Y	V	L	L	Y	A	S	A	I	I	F	F	C	F	F	Y	T	A	L	V	F	N	P	R	E	T	A	D	N	L	K	K	S	G	A	F	V	P	G	I	R	P	G	E	Q	T	A	K	Y	I	D	K	V	M	T	R	L	T	L	V	G	A	L	Y	I	T	F	I	C	L	I	P	E	F	M	R	D
Query Conservation		.
Alig confidence		.																					.	.	.																										.	.	.	.	.																										.
Template Conservation																							.	.	.																										.	.	.	.	.																										.
Template Sequence		N	P	V	R	A	I	V	Y	L	I	L	T	V	I	F	S	L	L	F	G	Y	.	.	.	L	W	V	E	L	T	G	L	D	A	R	S	I	A	R	I	P	G	F	R	R	D	P	R	T	.	.	.	.	.	L	E	K	P	Y	V	T	F	W	G	S	L	T	V	A	L	I	A	V	L	A	D	F	L	G	.
Template Known Secondary structure		S																					.	.	.						S	S	T	T	G	G	G						T	T	T	T	T	T	S	T	.	.	.	.	.	T				T																				T	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.																										.	.	.	.	.																										.
Template SS confidence
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.				.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.						390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	M	K	V	P	F	Y	F	G	G	T	S	L	L	I	V	V	V	V	I	M	D	F	M	A	Q	V	Q	T	L	M	M	S	S	Q	Y	E	S	A	L	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	A	L	G	T	G	T	G	I	L	L	T	V	G	I	L	Y	R	F	Y	E	E	I	A	R	E	Q	I	T	E	M	F	P	A	L	R	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.		S	S		S																									S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.