Job Description P33602 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:24 GMT 2012 Rank 25 Aligned Residues 522 % Identity 13% Template d1dmra2 SCOP info Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3 Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3 Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3 Resolution 1.82

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		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.		.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	S	I	C	Q	Q	C	S	I	G	C	N	.	I	S	P	G	E	R	Y	G	E	L	R	R	I	E	N	R	Y	N	G	T	V	N	H	Y	F	L	C	D	R	G	R	F	G	Y	G	Y	V	N	L	K	D	R	P	R	Q	P	V	Q	R	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.																															.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.
Template Sequence		L	A	N	G	T	V	M	S	G	S	H	W	G	V	F	T	A	T	V	E	N	G	R	A	T	A	F	T	P	W	E	K	D	P	H	P	S	P	M	L	A	G	V	L	.	.	.	.	D	S	I	Y	S	P	T	R	I	K	Y	P	M	V	R	R	E	F	L	E	K	G	V	N	A	D	R	S	T	R	G	N
Template Known Secondary structure												T	T									T	T									T	T		S	S			T	T						.	.	.	.					S	T	T	B			S											G	G	G	S		G	G	G	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.					.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.											.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.						.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Query Sequence		D	D	F	I	T	L	N	A	E	Q	A	M	Q	G	A	A	D	I	L	R	Q	S	K	K	V	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	S	P	R	A	S	V	E	S	N	F	A	L	R	E	L	V	G	E	E	N	.	.	.	.	.	F	Y	T	G	I	A	H	G	E	Q	E	R	L	Q	L	A
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	D	F	V	R	V	S	W	D	Q	A	L	D	L	V	A	A	E	V	K	R	V	E	E	T	Y	G	P	E	G	V	F	G	G	S	Y	G	W	K	S	P	G	R	L	H	N	C	T	T	L	L	R	R	M	L	T	L	A	G	G	Y	V	N	G	A	G	D	Y	S	T	G	A	A	Q	V	I	M	P	H	V
Template Known Secondary structure																													G	G	G													S	S															T			B				S		S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.									390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.		.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query Sequence		L	K	V	L	R	E	G	G	I	Y	T	P	A	L	R	E	I	E	S	Y	D	A	V	L	V	L	G	E	D	V	T	Q	T	G	A	R	V	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	A	V	R	Q	A	V	K	G	K	A	R	E	M	A	A	A	Q	K	V	A	D	W	Q	I	.	A	A	I	L	N	I	G	Q
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Conservation
Template Sequence		V	G	T	L	E	V	Y	E	Q	Q	T	A	W	P	V	L	A	E	N	T	E	V	M	V	F	W	A	A	D	P	I	K	T	S	Q	I	G	W	V	I	P	E	H	G	A	Y	P	G	L	E	A	L	K	A	K	G	T	K	V	I	V	I	D	P	V	R	T	K	T	V	E	F	F	G	A	E	H	I	T	P
Template Known Secondary structure		T	S	S			T	T	S			S										S						S							T	T			S	S	B				T												T								S	S									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.						440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.							.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	A	K	H	P	L	F	V	T	N	V	D	D	T	R	L	.	.	.	.	.	D	D	I	A	A	W	T	Y	R	A	P	V	E	D	Q	A	R	L	G	F	A	I	A	.	.	.	.	.	.	H	A	L	D	N	S	A	P	A	V	D	G	I	E	P	E	L	Q	S	K	I	D	V	I	V	Q	A	L	A	G
Query Conservation																		.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.											.	.												.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.
Template Sequence		K	P	Q	T	D	V	A	I	M	L	G	M	A	H	T	L	V	A	E	D	L	Y	D	K	D	F	I	A	N	Y	T	.	.	S	G	F	D	K	F	L	P	Y	L	D	G	E	T	D	S	T	P	K	T	A	E	W	A	E	G	I	S	G	V	P	A	E	T	I	K	E	L	A	R	L	F	E	S	K	R	T
Template Known Secondary structure			T	T																T	T		S										.	.											T	T	T	T	T	S																													S
Template Predicted Secondary structure																																	.	.
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.			270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	K	K	P	L	I	I	S	G	T	N	A	G	S	L	E	V	I	Q	A	A	A	N	V	A	K	A	L	K	G	R	G	A	D	V	G	I	T	M	I	A	R	S	V	N	S	M	G	L	G	I	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	L	A	A	G	W	S	M	Q	R	M	H	H	G	E	Q	A	H	W	M	L	V	T	L	A	S	M	L	G	Q	I	G	L	P	G	G	G	F	G	L	S	Y	H	Y	S	G	G	G	T	P	S	T	S	G	P	A	L	A	G	I	T	D	G	G	A	A	T	K	G	P	E	W	L	A	A	S	G	A	S	V
Template Known Secondary structure							S	G	G	G	S	S	T	T	T															T		T	T	S	T	T					S		T	T	S	T	T	T	T	S				S										S	G	G	G	S							S	S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
														545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.		.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	S	L	E	E	A	L	T	E	L	E	T	G	R	A	D	A	V	V	V	L	E	.	N	D	L	H	R	H	A	S	A	I	R	V	N	A	A	L	A	K	A	P	L	V	M	V	V	D	H	Q	R	T	A	I	M	E	N	A	H	L	V	L	S	A	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Conservation
Template Sequence		I	P	V	A	R	V	V	D	M	L	E	N	P	G	A	E	F	D	F	N	G	T	R	S	K	F	P	D	V	K	M	A	Y	W	V	G	G	N	P	F	V	H	H	Q	D	R	N	R	M	V	K	A	W	E	K	L	E	T	F	V	V	H	D	F	Q	W	T	P	T	A	R	H	A	D	I	V	L	P	A	T
Template Known Secondary structure				G	G	G							S	T	T						T	T															S							S	S									G	G	G		S							S	B							T		S					B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
		612	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.				.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.			.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.				.
Predicted Secondary structure													.	.	.																																										.	.																				.	.	.
Query SS confidence													.	.	.																																										.	.																				.	.	.
Query Sequence		S	F	A	E	S	D	G	T	V	I	N	.	.	.	N	E	G	R	A	Q	R	F	F	Q	V	Y	D	P	A	Y	Y	D	S	K	T	V	M	L	E	S	W	R	W	L	H	S	L	H	S	T	L	L	S	R	E	.	.	V	D	W	T	Q	L	D	H	V	I	D	A	V	V	A	K	I	P	E	.	.	.	L
Query Conservation													.	.	.																																										.	.																				.	.	.
Alig confidence													.	.	.									.	.	.	.	.																													.	.																				.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.
Template Sequence		T	S	Y	E	R	N	D	I	E	T	I	G	D	Y	S	N	T	G	I	L	A	M	.	.	.	.	.	K	K	I	V	E	P	L	Y	E	A	R	S	D	Y	D	I	F	A	A	V	A	E	R	L	G	K	G	A	E	F	T	E	G	K	D	E	M	G	W	I	K	S	F	Y	D	D	A	A	K	Q	G	K	A
Template Known Secondary structure			G	G	G	S								T	T	T								.	.	.	.	.				S				T	T		B													T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.						.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
		684	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.		.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.
Query SS confidence																									.
Query Sequence		A	G	I	K	D	A	A	P	D	A	T	F	R	I	R	G	Q	K	L	A	R	E	P	.	H	R	Y	S	G	R	T	A	M	R	A	N	I	S	V	H	E	P	R	Q	P	Q	D	I	D	T	M	F	T	F	S	M	E	G	N	N	Q	P	T	A	H	R	S	Q	V	P	F	A	W	A
Query Conservation																									.
Alig confidence																									.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	V	Q	M	P	A	F	D	A	F	W	A	E	G	I	V	E	F	P	V	T	D	G	A	D	F	V	R	Y	A	S	F	R	E	D	P	L	L	N	P	L	G	T	P	T	G	L	I	E	I	Y	S	K	N	I	E	K	M	G	Y	D	D	C	P	A	H	P	T	W	M	E	P	L
Template Known Secondary structure		T	T																				S	S	G	G	G			T	T							T	T	T	S			S	S	T	T	S	S			S	S								T		T	T	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.