Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 54 Aligned Residues 364 % Identity 18% Template d2guya2 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.59

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		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	P	S	G	Q	Q	E	T	F	K	I	L	I	N	L	E	H	L	R	Q	T	L	E	R	K	S	L	T	A	V	Q	K	S	Q	C	E	I	I	T	P	K	K	P	G	E	A	I	L	H	A	F	N	A	T	Y	Q	Q	I	R	E	N	M	S	E	F	A	R	C	H	Y	G	Y	I	Q	I	P	P	V	T	T
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	P	A	D	W	R	S	Q	S	I	Y	F	L	L	T	D	R	F	A	R	T	D	G	S	T	T	.	.	.	.	.	.	A	T	C	N	T	A	D	Q	K	Y	C	G	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	W	Q	G	I	I	D	K	L	D	Y	I	Q	G	M	G	F	T	A	I	W	I	T	P	V	T	A
Template Known Secondary structure							T	T													B	T	T			S	S	.	.	.	.	.	.					G	G	G	T					B		.	.	.	.	.	.	.	.							T						T	T	T
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.							.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.									.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	R	A	D	G	P	E	T	P	E	E	E	K	G	Y	W	F	H	A	Y	Q	P	E	D	L	C	T	I	H	N	P	M	G	D	L	Q	D	F	I	A	L	V	K	D	A	K	K	F	G	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G	I	G	G	S	G	K	N	D	L	D	Y	P	S	A	D	I	R	A
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	L	P	Q	.	.	.	.	.	T	T	A	Y	G	D	A	Y	H	G	Y	W	Q	Q	D	I	Y	S	L	N	E	N	Y	G	T	A	D	D	L	K	A	L	S	S	A	L	H	E	R	G	M	Y	L	M	V	D	V	V	A	N	H	M	G	Y	D	G	A	G	S	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.		B	T	T	B			T	T	S		S									T	T	S																T	T										S	B					B		G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		68	.	70	.						.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.					.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.	.
Query Sequence		K	I	S	K	D	I	E	G	G	I	P	G	Y	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P	V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P	E	D	I	H	L	T	A	K	D	F	E	A	S	K	D	N	I	S	K	D	E	W	E	N	L	H	A	L	K	E	K	R	L	.	.	.	.	N	G	M	P	K	T	T
Query Conservation																																																																							.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	S	V	F	K	P	F	S	S	Q	D	Y	F	H	P	F	C	F	I	Q	N	Y	E	D	Q	T	Q	V	E	D	C	W	L	G	D	N	T	V	S	L	P	D	L	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	S	B	S			S	G	G	G	B			S		B				T	T								S	B				S	S					B	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																					133	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.
Query SS confidence																				.
Query Sequence		P	K	S	D	Q	V	I	M	L	Q	N	Q	Y	V	R	E	M	R	.	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A	A	K	H	S	K	H	E	Q	I	E	R	S	I	T	P	P	L	K	N	Y	N	E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	V	T	C	Q
Query Conservation																				.
Alig confidence																				.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Sequence		T	T	K	D	V	V	K	N	E	W	Y	D	W	V	G	S	L	V	S	N	Y	S	I	D	G	L	R	I	D	T	V	K	H	V	Q	K	D	F	W	P	G	Y	N	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	V	Y	C	I	G	E	V	L	D	G	D	.
Template Known Secondary structure		T	T	S																			T							T	T	G	G	G	S		G	G	G								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	S									S		.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template SS confidence
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.		.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.																							.
Query SS confidence																																			.																							.
Query Sequence		L	D	E	Q	Q	M	S	S	L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A	F	S	F	.	G	G	D	L	Q	T	L	A	S	K	P	G	S	T	I	S	S	I	P	S	E	R	.	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L	F	N
Query Conservation																																			.																							.
Alig confidence		.	.	.	.																														.																							.																			.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																																																								.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	P	A	Y	T	C	P	Y	Q	N	V	M	D	G	V	L	N	Y	P	I	Y	Y	P	L	L	N	A	F	K	S	T	S	G	S	M	D	D	L	Y	N	M	I	N	T	V	K	S	D	C	P	D	S	T	L	L	G	T	F	V	E	N	H	D	N	P	R	F	A	S	Y	T	N	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.					G	G	G	G	G	T	S	S			B													S	S	T	T																	S	S		G	G	G	S				S			T	T	S			G	G	G	T			.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																																								.	.	.	.	.
Template SS confidence
						236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
		566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	Q	Q	D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L	V	Y	W	D	G	Q	V	L	K	S	T	T	E	I	K	N	Y	D	G	S	T	R	V	G	G	E	A	W	L	N	K	G	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F	H	A	L	Y
Query Conservation
Alig confidence																		.																								.
Template Conservation																		.																								.
Template Sequence		D	I	A	L	A	K	N	V	A	A	F	I	I	L	N	D	.	G	I	P	I	I	Y	A	G	Q	E	Q	H	Y	A	G	G	N	D	P	A	N	R	E	.	A	T	W	L	S	G	Y	P	T	D	S	E	L	Y	K	L	I	A	S	A	N	A	I	R	N	Y	A
Template Known Secondary structure																S	S	.	S						T	T	G	G	G	T					S	T	T	T	T			.		G	G	G	G	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																		.																								.
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.		.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.		.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.