Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 76 Aligned Residues 370 % Identity 15% Template d2fhfa5 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.65

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.								.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	T	S	P	S	G	Q	Q	E	T	F	K	I	L	I	N	L	E	H	L	R	Q	T	L	E	R	.	.	.	.	.	.	.	K	S	L	T	A	V	Q	K	S	Q	C	E	I	I	T	P	K	K	P	G	E	A	I	L	H	A	F	N	A	T	Y	Q	Q	I	R	E	N	M	S	E	F	A	R	C	H	Y	G
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	K	T	K	A	D	L	A	K	M	T	I	H	E	S	H	I	R	D	L	S	A	W	D	Q	T	V	P	A	E	L	R	G	K	Y	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	A	Q	E	S	N	M	V	Q	H	L	K	Q	L	S	A	S	G	V	T
Template Known Secondary structure			S	S						T													T	T		T	T	S		G	G	G	T	T	S	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G		T	T	S													T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	I	Q	I	P	P	V	T	T	F	R	A	D	G	P	E	T	P	E	E	E	K	G	Y	W	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	I	E	L	L	P	V	F	D	L	A	T	V	N	E	F	S	D	K	V	A	D	I	Q	Q	P	F	S	R	L	C	E	V	N	S	A	V	K	S	S	E	F	A	G	Y	C	D	S	G	S	T	V	E	E	V	L	T	Q	L	K	Q	N	D	S	K	D	N	P	Q	V	Q	A	L	N	T	L	V	A	Q	T
Template Known Secondary structure						S						S	S	S				G	G	G				T	T	S	B													T	S	T	T	G	G	G	T	T	S	S		B									S	T	T		B	T	T	B											T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.
						270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.								.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.														.
Query SS confidence		.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.														.
Query Sequence		.	.	.	.	H	A	Y	Q	P	E	D	L	C	T	I	H	N	P	M	G	D	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	D	F	I	A	L	V	K	D	A	K	K	.	F	G	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G	I	G	G	S	G	K	N	D	L	D	Y	P	S	A	D	I	R	A	K	I	S	K	D
Query Conservation		.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.														.
Alig confidence		.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation
Template Sequence		D	S	Y	N	W	G	Y	D	P	F	H	Y	T	V	P	E	G	S	Y	A	T	D	P	E	G	T	A	R	I	K	E	F	R	T	M	I	Q	A	I	K	Q	D	L	G	M	N	V	I	M	D	V	V	Y	N	H	T	N	A	A	G	P	T	D	R	T	S	V	L	D	K	I	V	P	W	Y	Y	Q	R	L	N
Template Known Secondary structure		S	S															S	T	T	S	S			S	T	T																T	S										T	T			S			S	S	S		T	T							S	T	T	T	S	B		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		553	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	E	G	G	I	P	G	Y	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P	V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P	E	D	I	H	L	T	A	K	D	F	E	A	S	K	D	N	I	S	K	D	E	W	E	N	L	H	A	L	K	E	K	R	L	N	G	M	P	K	T	T	P	K	S	D	Q	V	I	M	L
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	T	T	G	S	V	E	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	C	C	S	D	S	A	P	E	H	R	M	F	A	K	L
Template Known Secondary structure		T	T	T			B			T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S			B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		633	.	.	.	.	.	.	640	.																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
		418	.	420	.	.	.	.	.	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.		.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.																																																										.
Query SS confidence											.																																																										.
Query Sequence		Q	N	Q	Y	V	R	E	M	R	.	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A	A	K	H	S	K	H	E	Q	I	E	R	S	I	T	P	P	L	K	N	Y	N	E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	.	V	T	C	Q	L	D	E	Q	Q	M	S	S
Query Conservation											.																																																										.
Alig confidence											.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	A	D	S	L	A	V	W	T	T	D	Y	K	I	D	G	F	R	F	D	L	M	L	Y	H	P	K	A	Q	I	L	S	A	W	E	R	I	K	A	L	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	Y	F	F	G	E	G	W	D	S	N	Q	S	D	R	F	E	I	A	S	Q
Template Known Secondary structure																					T	T	G	G	G	S	B													T	T		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T											S		T	T	T	S		B			T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		658	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.
		496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A	F	S	F	G	G	D	L	Q	T	L	A	S	K	P	G	S	T	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	N	L	K	G	T	G	I	G	T	F	S	D	R	L	R	D	A	V	R	G	G	G	P	F	D	S	G	D	A	L	R	Q	N	Q	G	V	G	S	G	A	G	V	L	P	N	E	L	T	T	L	S	D	D	Q	A	R	H	L	A	D	L	T	R	L	G	M	A	G	N	L	A	D	F	V	L	I	D	K	D
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	T	S	S															S		T	T			T	T								G	G	G	T	T	T	T	S			S	S																				T	T		B	T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		722	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.
																			536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.							.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	I	P	S	E	R	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L	F	N	H	.	.	.	.	.	.	Q	Q	D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L	V	Y	W	D	G	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation																																																																							.
Template Sequence		G	A	V	K	R	G	S	E	I	D	Y	N	G	A	P	G	G	Y	A	A	D	P	T	E	V	V	N	Y	V	S	K	H	D	N	Q	T	L	W	D	M	I	S	Y	K	A	A	Q	E	A	D	L	D	T	R	V	R	M	Q	A	V	S	L	A	T	V	M	L	G	Q	.	G	I	A	F	D	Q	Q	G	S	E
Template Known Secondary structure		S					G	G	G	S			T	T			S			B	S	S	G	G	G					S			S	S	S	S										S		T	T																			T	S	S	.	S						T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																							.
Template SS confidence
		802	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870		.	.	.	.	.	.	.	.	.	880
		593	.	.		.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	K	.	S	T	T	E	I	K	N	Y	D	G	S	T	R	V	G	G	E	A	W	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F	H	A	L	Y	I
Query Conservation					.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	L	R	S	K	S	F	T	R	D	S	Y	D	S	G	D	W	F	N	R	V	D	Y	S	L	Q	D	N	N	Y	N	V	G	M	P	R	S	S	D	D	G	S	N	Y	D	I	I	A	R	V	K	D	A	V	A	T	P	G	E	T	E	L	K	Q	M	T	A	F	Y	Q	E	L	T	A	L	R	K	S	S	P
Template Known Secondary structure		G	T				T	T		S			T	T	S									T	T		S			S		S	S	S								G	G	G								T	T	S	S																							T	S		G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		881	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960