Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 39 Aligned Residues 399 % Identity 15% Template d1pama4 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.80

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.			.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.
Query SS confidence																																																																						.	.
Query Sequence		N	I	N	V	T	S	P	S	G	Q	Q	E	T	F	K	I	L	I	N	L	E	H	L	R	Q	T	L	E	R	K	S	L	T	A	V	Q	K	S	Q	C	E	I	I	T	P	K	K	P	G	E	A	I	L	H	A	F	N	A	T	Y	Q	Q	I	R	E	N	M	S	.	.	E	F	A	R	C	H	Y	G	Y	I
Query Conservation																																																																						.	.
Alig confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	T	S	V	S	N	K	Q	N	F	S	T	D	V	I	Y	Q	I	F	T	D	R	F	S	D	G	N	P	A	N	N	P	T	G	A	A	F	D	G	S	C	T	N	L	R	L	Y	C	G	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	W	Q	G	I	I	N	K	I	N	D	G	Y	L	T	G	M	G	I	T	A	I
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T			S			T	T								G	G	G	T			S		G	G	G				G	G	G	B		T	T			S	T	T	S	B					.	.	.	.	.	.	.	.										T	T	T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.									.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	I	P	P	V	T	T	F	R	A	D	G	P	E	T	P	E	E	E	K	G	Y	W	F	H	A	Y	Q	P	E	D	L	C	T	I	H	N	P	M	G	D	L	Q	D	F	I	A	L	V	K	D	A	K	K	F	G	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G	I	G	G	S	G	K	N	D	L	D	Y
Query Conservation
Alig confidence													.
Template Conservation													.
Template Sequence		W	I	S	Q	P	V	E	N	I	Y	S	.	V	I	N	Y	S	G	V	N	N	T	A	Y	H	G	Y	W	A	R	D	F	K	K	T	N	P	A	Y	G	T	M	Q	D	F	K	N	L	I	D	T	A	H	A	H	N	I	K	V	I	I	D	F	A	P	N	H	T	S	P	A	S	S	D	D	P	S	F	A	E
Template Known Secondary structure													.					T	T						T	T	S		S									T	T	T																T	T									T	T							S	S		T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure													.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.		.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	S	A	D	I	R	A	K	I	S	K	D	I	E	G	G	I	P	G	Y	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P	V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P	E	D	I	H	L	T	A	K	D	F	E	A	S	K	D	N	I	S	K	D	E	W	E	N	L	H	A	L	K	E	K	R	L	N	G	M	P
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	G	R	L	Y	D	N	G	N	L	L	G	G	Y	T	N	D	T	Q	N	L	F	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	Y	G	G	T	D	F	S	T	I	E	N	G	I	Y	K	N	L	Y	D	L	A
Template Known Secondary structure		T	T					T	T						S	T	T		T	T			B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S		B				S	S							S	B	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	T	T	P	K	S	D	Q	V	I	M	L	Q	N	Q	Y	V	R	E	M	R	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A	A	K	H	S	K	H	E	Q	I	E	R	S	I	T	P	P	L	K	N	Y	N	E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	V	T
Query Conservation
Alig confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	L	N	H	N	N	S	S	V	D	V	Y	L	K	D	A	I	K	M	W	L	D	L	G	V	D	G	I	R	V	D	A	V	K	H	M	P	F	G	W	Q	K	S	F	M	A	T	I	N	N	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	V	F	T	F	G	E	W	F	L	G
Template Known Secondary structure			B		T	T	S																	T	T							T	T	G	G	G	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.		.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.																							.
Query SS confidence																																					.																							.
Query Sequence		C	Q	L	D	E	Q	Q	M	S	S	L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A	F	S	F	.	G	G	D	L	Q	T	L	A	S	K	P	G	S	T	I	S	S	I	P	S	E	R	.	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L
Query Conservation																																					.																							.
Alig confidence																		.																			.																							.																			.	.	.
Template Conservation																		.																																																													.	.	.
Template Sequence		V	N	E	I	S	P	E	Y	H	Q	F	A	N	E	S	G	.	M	S	L	L	D	F	R	F	A	Q	K	A	R	Q	V	F	R	D	N	T	D	N	M	Y	G	L	K	A	M	L	E	G	S	E	V	D	Y	A	Q	V	N	D	Q	V	T	F	I	D	N	H	D	M	E	R	F	H	T	S	N	G	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T													S	S	.	S			B													T	T		S	S																S	T	T	G	G	G					S			T	T	S			S			T	T	S	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.																																																													.	.	.
Template SS confidence
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.		.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
		564	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	N	H	Q	Q	D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L	V	Y	W	D	G	Q	V	L	K	S	T	T	E	I	K	N	Y	D	G	S	T	R	V	G	G	E	A	W	L	N	K	G	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F	H	A	L	Y	I	D	K	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.																	.																									.	.	.
Template Conservation		.	.																	.																									.	.	.
Template Sequence		.	.	D	R	R	K	L	E	Q	A	L	A	F	T	L	T	S	R	.	G	V	P	A	I	Y	Y	G	S	E	Q	Y	M	S	G	G	N	D	P	D	N	R	A	R	.	.	.	L	P	S	F	S	T	T	T	T	A	Y	Q	V	I	Q	K	L	A	P	L	R	K	S	N	P	A	I	A
Template Known Secondary structure		.	.															S	S	.	S						T	T	G	G	G	T					S	T	T	G	G	G			.	.	.						S		S										T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.																	.																									.	.	.
Template SS confidence
				338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.		.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.				.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.