Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 82 Aligned Residues 435 % Identity 18% Template c3m07A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:putative alpha amylase; PDBTitle: 1.4 angstrom resolution crystal structure of putative alpha2 amylase from salmonella typhimurium. Resolution 1.40 Å

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		144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.				.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure																								.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.
Query Sequence		P	S	P	K	D	K	Y	V	A	Y	A	I	N	I	P	D	Y	E	L	A	A	D	.	.	.	V	Y	N	I	N	V	T	S	P	S	G	Q	Q	E	T	F	K	I	L	I	N	L	E	H	L	R	Q	T	L	E	R	K	S	L	T	A	V	Q	K	S	Q	C	E	I	I	T	P	K	K	P	G	E	A	I	L
Query Conservation																								.	.	.
Alig confidence																								.	.	.												.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	D	P	A	S	R	A	Q	K	T	D	V	N	G	P	S	Y	V	V	D	P	G	S	Y	T	W	R	N	T	G	W	K	G	S	R	W	.	E	Q	A	V	V	Y	E	M	H	T	G	T	F	T	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	T		S		B	S	S	S	T	T	S							T	T	S	S			S		T	T						G	.	G	G												S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																						.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110		.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	A	F	N	A	T	Y	Q	Q	I	R	E	N	M	S	E	F	A	R	C	H	Y	G	Y	I	Q	I	P	P	V	T	T	F	R	A	D	G	P	E	T	P	E	E	E	K	G	Y	W	F	H	A	Y	Q	P	E	D	L	C	T	I	H	N	P	M	G	D	L	Q	D	F	I	A	L	V	K	D	A	K	K	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	G	T	F	R	A	A	I	A	K	L	P	Y	L	A	E	L	G	V	T	V	I	E	V	M	P	V	A	Q	F	G	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	W	G	Y	D	G	V	L	L	Y	A	P	H	S	A	Y	G	T	P	D	D	F	K	A	F	I	D	A	A	H	G	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.		S						T	T								T													S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	T	T									T	T	T																T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.												.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G	I	G	G	S	G	K	N	D	L	D	Y	P	S	A	D	I	R	A	K	I	S	K	D	I	E	G	G	I	P	G	Y	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P	V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P	E	D	I	H	L	T	A	K	D	F	E	A
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	S	V	V	L	D	I	V	L	N	H	F	G	P	E	G	N	Y	L	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	P	A	F	F	H	K	E	R	M	T	P	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T										S				S	S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			G	G	G								T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.					.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.																.	.	.	.
Query SS confidence																																																.																.	.	.	.
Query Sequence		S	K	D	N	I	S	K	D	E	W	E	N	L	H	A	L	K	E	K	R	L	N	G	M	P	K	T	T	P	K	S	D	Q	V	I	M	L	Q	N	Q	Y	V	R	E	M	R	.	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A	A	K	H	S	.	.	.	.	K	H	E	Q	I	E	R	S	I	T	P	P	L	K
Query Conservation																																																.																.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.																.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	G	I	A	Y	D	V	D	A	V	R	R	Y	I	I	E	A	P	L	Y	W	L	T	E	Y	H	L	D	G	L	R	F	D	A	I	D	Q	I	E	D	S	S	A	R	H	V	L	V	E	I	A	Q	R	I	R	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S																		T	T		S					T	T	G	G	G					S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Y	N	E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	V	T	C	Q	L	D	E	Q	Q	M	S	S	L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A	F	S	F	G	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Sequence		D	I	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	I	H	L	T	T	E	D	S	.	R	N	I	I	S	L	H	P	R	D	Q	D	G	N	A	P	L	F	T	A	E	W	N	D	D	F	H	N	A	V	H	V	F	A	T	G	E	T	Q	A	Y	Y	N	D	F	A	D	A	P	E	K
Template Known Secondary structure					S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S									S	.	S				T	T	S				T	T	S			S	S		S																				S	G	G	G	G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template SS confidence
		285	.	.	.															.	290	.	.	.	.	.	.	.	.		.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
				524	.	.	.	.	.	530	.	.															.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.		.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Query SS confidence		.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Query Sequence		.	.	L	Q	T	L	A	S	K	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	I	S	S	I	P	S	E	R	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L	.	F	N	H	Q	Q	D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L
Query Conservation		.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Alig confidence		.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.																			.
Template Conservation																																																																													.
Template Sequence		H	L	A	R	A	L	A	E	G	F	A	Y	Q	G	E	I	S	P	Q	T	G	E	P	R	G	V	K	S	T	G	Q	P	P	V	A	F	V	D	F	I	Q	N	H	D	Q	V	G	N	R	A	Q	G	D	R	L	I	T	L	A	G	A	E	R	T	K	V	L	L	A	T	L	L	L	S	P	.	H	I	P	L
Template Known Secondary structure										S		S		S	S		B		T	T	T	S	S	B						T	T	S		G	G	G					S								T	S	T	T																							S	S	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																																													.
Template SS confidence
		350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.		.	.	.	.
		587	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	Y	W	D	G	Q	V	L	K	S	T	T	E	I	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	D	G	S	T	R	V	G	G	E	A	W	L	N	K	G	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	F	M	G	E	E	Y	G	E	S	R	P	F	L	F	F	T	D	F	H	G	D	L	A	R	A	V	R	E	G	R	A	K	E	F	A	D	H	A	G	E	N	V	P	D	P	N	A	P	E	T	F	Q	R	S	K	L	N	W	K	Q	Q	H	S	E	E	G	K	A	W	L	A	F	T	R	E	L	L	L	L
Template Known Secondary structure				T	T	G	G	G	T			S																							T	T	G	G	G	T	T						T	T	S						T	T	S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
		630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.				.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.
Query Sequence		H	A	L	Y	I	D	K	A	G	I	W	S	A	F	E	G	V	.	.	.	S	A	T	K	N	V	L	A	F	S	R	G	D	S	V	N	I	N	H	S	P	H	D	G	L	V	I	I	N	K	G	N	E	E	V	E	G	T	W	P	N	K	L	Q	P	G	I	Y	K	N	M	G	S	N	S	V	N	I	I	I
Query Conservation																			.	.	.
Alig confidence																			.	.	.												.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	Q	K	H	I	V	P	L	L	S	A	A	R	E	S	S	G	T	V	L	Q	T	A	P	G	F	I	A	V	S	W	.	.	.	.	.	.	R	F	P	G	G	T	L	S	L	A	L	N	I	S	A	T	T	V	L	L	P	D	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T					T	T			S										T	T							.	.	.	.	.	.			T	T										S	S	S									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.							540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
		707	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	N	T	R	K	I	I	P	P	G	K	V	F	T	L	R	G	G	T	L	N	I	N	I	P	G	R	S	A	L	L	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	T	L	F	A	W	P	N	E	S	T	G	S	L	S	Q	H	S	L	I	V	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							S				S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											564	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.