Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 37 Aligned Residues 489 % Identity 18% Template c3k8kB_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: B: PDB Molecule:alpha-amylase, susg; PDBTitle: crystal structure of susg Resolution 2.20 Å

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		171	.	.	.	.	.	.					.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.
Query Sequence		V	T	S	P	S	G	Q	.	.	.	.	Q	E	T	F	K	I	L	I	N	L	E	H	L	R	Q	T	L	E	R	K	S	L	T	A	V	Q	K	S	Q	C	E	I	I	T	P	K	K	P	G	E	A	I	L	H	A	F	N	A	T	Y	Q	Q	I	R	E	N	M	S	E	F	A	R	C	H	Y	G	Y	I	Q
Query Conservation									.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	A	S	P	D	T	W	D	E	T	K	R	A	D	I	S	Y	Q	L	L	L	Y	S	F	A	D	S	D	G	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	D	L	N	G	V	T	Q	K	L	D	Y	L	N	Q	L	G	V	K	A	L	W
Template Known Secondary structure										S				S								T	T	T	S			S	S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S								T	T							T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		48	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.		.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.
Query SS confidence																																																																															.
Query Sequence		I	P	P	V	T	T	F	R	A	D	G	P	E	T	P	E	E	E	K	G	Y	W	F	H	A	Y	Q	P	E	D	L	C	T	I	H	N	P	M	G	D	L	Q	D	F	I	A	L	V	K	D	A	K	K	F	G	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G	I	G	G	S	G	K	N	D	L	.	D	Y
Query Conservation																																																																															.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	S	P	I	H	P	C	X	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	G	Y	D	V	T	D	Y	T	K	V	N	P	Q	L	G	T	E	S	D	F	D	R	L	V	T	E	A	H	N	R	G	I	K	I	Y	L	D	Y	V	X	N	H	T	G	T	A	H	P	W	F	T	E	A	S	S	S
Template Known Secondary structure						S		B	S	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T			S	B	S		T	T	S			T	T	T																T	T										S				T	T	S							T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.														.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	S	A	D	I	R	A	K	I	S	K	D	I	E	G	G	I	P	G	Y	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P	V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P	E	D	I	H	L	T	A	K	D	F	E	A	S	K	D	N	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	E	S	P	Y	R	N	Y	Y	S	F	S	E	D	P	K	T	D	I	A	A	G	K	I	A	X	I	T	Q	E	G	A	A	G	Y	N	A	A	E	W	F	Q	V	S	D	E	T	A	A	V	K	G	L	L	K	F	T	L	D	W	S	N	A	P	S	P	I	L	V	V	S	T	G	T	K	A	D	E	D	N
Template Known Secondary structure		T	T	S	G	G	G	G	G	B				S								T	T		S	T	T			S	S	G	G	G	G			G	G	G				S		S																S	S	T	T	S									S	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	D	T	G	T	D	N	A	K	Y	L	Y	Y	G	E	D	I	C	K	K	F	Y	D	K	G	N	N	I	Y	E	L	T	V	D	F	E	S	T	W	G	L	L	I	R	T	S	N	A	S	F	W	P	S	G	T	K	Y	G	A	S	S	S	S	E	K	L	A	L	N	K	D	F	K	L	T	N	A	G	N	P
Template Known Secondary structure		S					T	T							T	T	T									S	S	S											S	S						S			S	S	S			T	T				B	B	S	S	T	T			B		T	T	S					B		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
						387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.							.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	K	D	E	W	E	N	L	H	A	L	K	E	K	R	L	N	G	M	P	K	T	T	P	K	S	D	Q	.	.	.	.	.	.	V	I	M	L	Q	N	Q	Y	V	R	E	M	R	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A	A	K	H	S	K	H	E	Q	I	E	R	S	I	T	P	P	L	K	N
Query Conservation		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	N	I	X	F	D	S	Q	Q	I	T	Y	F	H	S	H	F	C	T	D	W	F	A	D	L	N	Y	G	P	V	D	Q	A	G	E	S	P	A	Y	Q	A	I	A	D	A	A	K	G	W	I	A	R	G	V	D	G	L	R	L	D	A	V	K	H	I	Y	H	S	E	T	S	E	E	N	P	R	F	L	K	X
Template Known Secondary structure		B		B		B	T	T									T	T	S		T	T				B				S	T	T	T	G	G	G																	T	T							T	T	G	G	G	S	S	S		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.				.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.
Query Sequence		Y	N	E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	V	T	C	Q	L	D	E	Q	Q	M	S	S	L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A	F	S	F	G	.	.	.	G	D	L	Q	T	L	A	S	K	P	G	S
Query Conservation																																																																			.	.	.
Alig confidence								.	.																														.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Conservation								.	.																														.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	Y	E	D	X	N	.	.	A	Y	Y	K	Q	K	G	H	T	D	D	F	Y	X	I	G	E	V	L	S	E	Y	D	K	V	A	P	Y	Y	.	.	.	.	.	.	K	G	L	P	A	L	F	E	F	S	F	W	Y	R	L	E	W	G	I	N	N	S	T	G	C	Y	F	A	K	D	I	L	S	Y	Q	Q	K
Template Known Secondary structure								.	.					T	T	T			S										S						G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	G	T		S																	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure								.	.																														.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		409	410	.	.	.	.			.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.							.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	I	S	S	I	P	S	E	R	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L	F	N	H	Q	Q	D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L	V	Y	W	D	G	Q	V	L	K	S	T	T	E	I	K	N	Y	D	G	S	T	R	V	G	G	E	A
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.																		.																		.	.
Template Conservation																													.	.	.	.																		.																		.	.
Template Sequence		Y	A	N	Y	R	S	D	Y	I	E	A	T	K	L	S	N	H	D	E	D	R	T	S	S	K	L	G	.	.	.	.	K	S	A	D	K	C	K	L	A	A	A	V	L	L	T	S	A	.	G	H	P	Y	I	Y	Y	G	E	E	L	G	L	Y	G	T	K	.	.	D	N	G	D	E	Y	V	R	S	P	X	L
Template Known Secondary structure				T	T		T	T							S			T	T	S							T	T	.	.	.	.	T															S	S	.	S						T	T	T	T	T	T					S	.	.	T	T		G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.																		.																		.	.
Template SS confidence
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.					.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.		.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.			.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.
		614	.	.	.	.																													.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.									.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	L	N	K	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F	H	A	L	Y	I	D	K	A	G	I	W	S	A	F	E	G	V	S	A	T	K	N	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	A	F	S	R
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.
Template Sequence		W	G	D	S	Y	T	T	N	Y	T	D	K	T	D	A	T	V	S	K	N	V	K	T	V	A	D	Q	Q	A	D	T	H	S	L	L	N	I	Y	F	S	L	T	R	L	R	N	.	.	T	Y	P	A	L	A	E	G	N	X	T	K	H	S	V	Y	N	E	S	Q	E	K	D	Y	K	P	I	A	A	W	Y	X
Template Known Secondary structure			S	S	T	T						S								T	T	S							T	T		T	T	S													T	.	.	T						T							S	S	S	S	G	G	G	T	T	T			S
Template Predicted Secondary structure																																																.	.
Template SS confidence
		554	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.			600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.
		658	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	S	V	N	I	N	H	S	P	H	D	G	L	V	I	I	N	K	G	N	E	E	V	E	G	T	W	P	N	K	L	Q	P	G	I	Y	K	N	M	G	S	N	S	V	N	I	I	I	N	N	T	R	K	I	I	P	P	G	K	V	F	T	L	R	G	G	T	L	N	I	N	I	P	G	R	S	A	L	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	T	K	D	N	E	K	L	L	V	I	H	N	F	G	G	T	A	X	Q	L	P	.	.	.	.	L	T	D	K	I	E	K	V	L	F	V	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	T	Q	Q	N	T	D	S	D	S	Y	T	L	K	L	G	G	Y	A	S	V	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.			T	T										S	S	S						.	.	.	.			S										S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S						T	T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								632	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.					.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.															.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.
		738	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		F	K
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		688	.