Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 547 % Identity 15% Template c3bc9A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase, catalytic region; PDBTitle: alpha-amylase b in complex with acarbose Resolution 1.35 Å

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		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	K	I	S	L	S	P	D	T	T	Y	R	E	L	N	K	A	A	Q	R	S	I	T	A	P	D	R	I	G	E	R	K	T	W	V	Y	Q	R	D	T	M	I	E	R	G	D	N	S	G	V	Y	Q	Y	G	R	A	E	H	F	T	H	I	I	S	D	K	P	S	P	K	D	K	Y	V	A	Y	A	I	N	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		F	L	I	E	S	E	P	S	T	G	A	S	V	S	K	N	L	T	E	I	I	L	I	F	S	N	D	I	N	K	V	S	Q	L	A	L	T	D	L	I	T	D	S	D	I	Q	G	I	D	Y	N	I	E	G	N	K	V	I	I	N	N	F	S	L	E	P	T	C	N	Y	R	L	S	Y	E	V	I	D	I	Y
Template Known Secondary structure								S		T	T					T	T									S	S													T	T	T	T				T	T							T	T											T	T												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	D	Y	E	L	A	A	D	V	Y	N	I	N	V	T	S	P	S	G	Q	Q	E	T	F	K	I	L	I	N	L	E	H	L	R	Q	T	L	E	R	K	S	L	T	A	V	Q	K	S	Q	C	E	I	I	T	P	K	K	P	G	E	A	I	L	H	A	F	N	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	N	H	L	Q	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	E	F	L	V	N	Q	S	N	Y	P	Q	I	P	D	Q	E	V	N	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	I	L	Q	A	F	Y	W	E	M	N	T	G	E	Y	A	T	E	H	P
Template Known Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S						G	G	G				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T	T	T	S								G
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		97	.	.	100	.	.	.										.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
							227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.										.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	Y	Q	Q	I	R	E	N	M	S	E	F	A	R	C	H	Y	G	Y	I	Q	I	P	P	V	T	T	F	R	A	D	G	P	E	T	P	E	E	E	K	G	Y	W	F	H	A	Y	Q	P	E	D	L	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	I	H	N	P	M	G	D	L	Q	D	F	I	A
Query Conservation		.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	E	A	N	L	W	N	L	L	A	E	R	A	P	E	L	A	E	A	G	F	T	A	V	W	L	P	P	A	N	K	G	M	A	G	I	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	G	Y	G	T	Y	D	L	W	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	T	V	R	T	K	Y	G	T	K	G	E	L	E	N
Template Known Secondary structure		G	G	G	G																T										S			T	T	G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S		S				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S	B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.											.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	K	D	A	K	K	F	G	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G	I	G	G	S	G	K	N	D	L	D	Y	P	S	A	D	I	R	A	K	I	S	K	D	I	E	G	G	I	P	G	Y	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P	V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P	E	D	I	H
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	I	D	A	L	H	N	N	D	I	K	V	Y	F	D	A	V	L	N	H	R	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	D	Y	A	E	T	V	L	L	D	E	N	S	R	D	K	P	G	Q	Y	I	K	A	W	T	G	F	N	F	P	G	R	N	G	E	Y	S	N	F	T	W	N	G	Q	C
Template Known Secondary structure									T	T										S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S							B		T	T		S	S	S	T	T									B			T	T	T	T	T	S	S					B		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.													.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.					.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.																																								.
Query SS confidence																	.	.	.	.																																								.
Query Sequence		L	T	A	K	D	F	E	A	S	K	D	N	I	S	K	.	.	.	.	D	E	W	E	N	L	H	A	L	K	E	K	R	L	N	G	M	P	K	T	T	P	K	S	D	Q	V	I	M	L	Q	N	Q	Y	V	R	E	M	R	.	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A	A	K	H	S	K	H	E	Q	I	E
Query Conservation																	.	.	.	.																																								.
Alig confidence																	.	.	.	.																																								.
Template Conservation
Template Sequence		F	D	G	T	D	W	D	D	Y	S	K	E	S	G	K	Y	L	F	D	E	K	S	W	D	W	T	Y	N	W	D	E	D	Y	L	M	G	A	D	V	D	Y	E	N	E	A	V	Q	N	D	V	I	D	W	G	Q	W	I	I	N	N	I	D	F	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	D	Y	R	F	I	D
Template Known Secondary structure									T	T	T	T							B	T	T							S	S	T	T		S			S	S					T	T																		T	T								T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	S	I	T	P	P	L	K	N	Y	N	E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	V	T	C	Q	L	D	E	Q	Q	M	S	S	L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A	F	S	F	G	G	D	L	Q	T	L
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																						.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																						.
Template Sequence		K	W	M	S	A	V	Q	N	S	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	V	F	F	V	G	E	A	W	V	E	D	V	D	D	L	K	G	F	L	D	T	V	.	G	N	P	D	L	R	V	F	D	F	P	L	R	S	F	F	V	D	M	L	N	.	G	A	Y	M	A	D	L
Template Known Secondary structure										T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S												S												.			T	T																T	T	.				G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																						.
Template SS confidence
		362	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.																.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.		.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.		.	.	420	.	.	.	.
		528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	S	K	P	G	S	T	I	S	S	I	P	S	E	R	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L	F	N	H	Q	Q	D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L	V	Y	W	D	G	Q	V	L	K	S	T	T	E	I	K	N	Y	D	G	S	T
Query Conservation
Alig confidence				.																															.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.																															.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	N	.	A	G	L	V	N	S	P	G	Y	E	N	R	A	V	T	F	V	D	N	H	D	T	D	R	D	E	G	S	Y	T	.	.	.	V	S	I	Y	S	R	K	Y	Q	A	Y	A	Y	I	L	T	R	A	E	G	V	P	T	V	Y	W	K	D	Y	Y	I	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	S	.		S	G	G	G	S	T	T	T	G	G	G					S			T	T	T	S		S	S	S		S	S	.	.	.					S	S												S	S	S											T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure				.																															.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		425	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.				.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
		608	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.		650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.
Query SS confidence																																												.
Query Sequence		R	V	G	G	E	A	W	L	N	K	G	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F	H	A	L	Y	I	D	K	A	G	I	W	S	A	F	E	G	V	S	A	T	.	K	N	V	L	A	F	S	R	G	D	S	V	N	I	N	H	S	P	H	D	G	L	V	I	I	N	K	G	N	E	E	V	E	G	T	W	P
Query Conservation																																												.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.														.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	M	K	E	G	L	D	K	L	L	T	A	R	R	.	.	.	.	.	Y	Y	A	Y	G	P	G	Y	E	V	D	N	N	D	A	D	I	Y	S	Y	V	R	S	G	F	P	D	V	A	G	D	G	L	V	L	M	I	S	D	G	T	S	G	N	V	A	G	K	W	I	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.		T			S						S				S	S										T	T	S	T	T												S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template SS confidence
												489	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.						.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.
		687	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.		.	.	.	.	.	.	.	.	730				.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.
Predicted Secondary structure																																					.										.	.	.
Query SS confidence																																					.										.	.	.
Query Sequence		N	K	L	Q	P	G	I	Y	K	N	M	G	S	N	S	V	N	I	I	I	N	N	T	R	K	I	I	P	P	G	K	V	F	T	L	.	R	G	G	T	L	N	I	N	I	.	.	.	P	G	R	S	A	L	L	L	G	K	T
Query Conservation																																					.										.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.										.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	R	Q	P	D	T	E	F	Y	D	L	T	G	H	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	H	V	T	T	D	S	E	G	Y	G	N	F	K	V	I	K	S	E	D	K	G	W	S	I	W	V	P	V
Template Known Secondary structure			S		T	T						T	T	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						T	T	S									S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		554	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.															.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.