Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 60 Aligned Residues 467 % Identity 13% Template c2ya1A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative alkaline amylopullulanase; PDBTitle: product complex of a multi-modular glycogen-degrading2 pneumococcal virulence factor spua Resolution 2.25 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.												.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	Y	N	I	N	V	T	S	P	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	E	T	F	K	I	L	I	N	L	E	H	L	R	Q	T	L	E	R	K	S	L	T	A	V	Q	K	S	Q	C	E	I	I	T	P	K	K	P	G	E	A	I	L	H	A	F	N	A	T	Y	Q	Q	I	R	E	N	M
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	V	D	P	A	K	L	G	P	Q	D	L	T	Y	G	K	I	H	N	F	K	T	R	E	D	A	V	I	Y	E	A	H	V	R	D	F	T	S	D	P	A	I	A	K	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	P	F	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	A	F	I	E	K	L
Template Known Secondary structure					G	G	G	S	S		T	T							T	T		S	S	G	G	G															G	G	G	T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S		T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		563	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.												.	610	.	.	.	.										.	.	.	.	.	620	.	.
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.								.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.									.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	E	F	A	R	C	H	Y	G	Y	I	Q	I	P	P	V	T	T	F	R	A	D	G	P	E	T	P	E	E	E	.	.	.	.	.	.	.	K	G	Y	W	F	H	A	Y	Q	P	E	D	L	C	T	I	H	N	P	M	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	D	F	I	A	L	V	K	D	A	K	K
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	Y	L	K	D	L	G	V	T	H	I	Q	L	L	P	V	L	S	Y	Y	F	V	N	E	L	K	N	H	E	R	L	S	D	Y	A	S	S	N	S	N	Y	N	W	G	Y	D	P	Q	N	Y	F	S	L	T	G	M	Y	S	S	D	P	K	N	P	E	K	R	I	A	E	F	K	N	L	I	N	E	I	H	K
Template Known Secondary structure								T		S					S			B		B	S	S		B	G	G	G	T	T	S				S			S	S	S		S				S		S	B	S		S	S	S	B		S	T	T		S		T	T		T	T															T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		623	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	G	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G	I	G	G	S	G	K	N	D	L	D	Y	P	S	A	D	I	R	A	K	I	S	K	D	I	E	G	G	I	P	G	Y	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P	V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P	E	D	I	H	L	T	A	K	D	F	E
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	M	G	A	I	L	D	V	V	Y	N	H	T	A	K	V	D	L	F	E	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	P	N	Y	Y	H	F	M	D	A	D	G	T	P	R	T	S	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T									T	T			S							T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	T	S	B		B		T	T			B				T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		703	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.
Query SS confidence																																																	.
Query Sequence		A	S	K	D	N	I	S	K	D	E	W	E	N	L	H	A	L	K	E	K	R	L	N	G	M	P	K	T	T	P	K	S	D	Q	V	I	M	L	Q	N	Q	Y	V	R	E	M	R	.	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A	A	K	H	S	K	H	E	Q	I	E	R	S	I	T	P	P	L	K	N	Y	N
Query Conservation																																																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	R	L	G	T	T	H	H	M	T	K	R	L	L	I	D	S	I	K	Y	L	V	D	T	Y	K	V	D	G	F	R	F	D	M	M	G	D	H	D	A	A	S	I	E	E	A	Y	K	A	A	R	A	L	N	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T				B		T	T	S																										T	T	G	G	G	S	B																T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									744	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520											.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	V	T	C	Q	L	D	E	Q	Q	M	S	S	L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A	F	S	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	D	L	Q	T	L	A
Query Conservation																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	I	M	L	G	E	G	W	R	T	Y	A	G	D	E	N	M	P	T	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	Q	D	W	M	K	H	T	D	T	V	A	V	F	S	D	D	I	R	N	N	L	K	S	G	Y	P	N	E	G	Q	P	A	F	I	T	G	G	K	R	D	V	N	T	I	F
Template Known Secondary structure		T									S					S	T	T					B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	G	G	G	G	G	G		S	S	S												S			T	T	S	T	T				T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		801	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.												.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		529	530	.	.	.	.	.	.				.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.											.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	K	P	G	S	T	I	S	.	.	.	S	I	P	S	E	R	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L	F	N	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L	V	Y	W	D	G	Q	V	L	K
Query Conservation										.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation																																																																				.
Template Sequence		K	N	L	I	A	Q	P	T	N	F	E	A	D	S	P	G	D	V	I	Q	Y	I	A	A	H	D	N	L	T	L	F	D	I	I	A	Q	S	I	K	K	D	P	S	K	A	E	N	Y	A	E	I	H	R	R	L	R	L	G	N	L	M	V	L	T	A	Q	.	G	T	P	F	I	H	S	G	Q	E	Y	G	R
Template Known Secondary structure					T	T			S	S	S			S	S	G	G	G					S			S	S	S	S											T			T	T	S																				T	S	S	.	S						T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																				.
Template SS confidence
		870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.		.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.
		596	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	T	T	E	I	K	N	Y	D	G	S	T	R	V	G	G	E	A	W	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	G	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F	H
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	Q	F	R	N	P	A	Y	R	T	P	V	A	E	D	K	V	P	N	K	S	H	L	L	R	D	K	D	G	N	P	F	D	Y	P	Y	F	I	H	D	S	Y	D	S	S	D	A	V	N	K	F	D	W	T	K	A	T	D	G	K	A	Y	P	E	N	V	K	S	R	D	Y	M	K	G	L	I	A	L	R
Template Known Secondary structure				B				G	G	G	S	S				T	T	T			T	T							T	T	S										S			T	T																T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		949	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.
		631	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.																.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	Y	I	D	K	A	G	I	W	S	A	F	E	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	T	K	N	V	L	A	F	S	R	G	D	S	V	N	I	N	H	S	P	H	D	G	L	V	I	I	N	K	G	N	E	E	V	E	G	T	W	P	N	K	L	Q	P	G	I	Y	K
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.																																								.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	.	.	S	T	D	A	F	R	L	K	S	L	Q	D	I	K	D	R	V	H	L	I	T	V	P	G	Q	N	G	V	E	K	E	D	V	V	I	G	Y	Q	I	.	.	.	.	.	T	A	P	N	G	D	I	Y	A	V	F	V	N	A	D	E	K	A	R	E	F	N	L	G	T	A	F	A	H	L	R	N	A
Template Known Secondary structure			.	.			G	G	G	S		S												S	S		T	T	S	T	T			S			S							.	.	.	.	.			T	T	S										S	S	S							T	T	T	T	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure			.	.																																								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1029			1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.						.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.
		696	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	M	G	S	N	S	V	N	I	I	I	N	N	T	R	K	I	I	P	P	G	K	V	F	T	L	R	G	G	T	L	N	I	N	I	P	G	R	S	A	L	L	L	G
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.																			.	.
Template Conservation									.	.	.	.																			.	.
Template Sequence		E	V	L	A	D	E	N	.	.	.	.	Q	A	G	P	V	G	I	A	N	P	K	G	L	E	W	T	E	K	.	.	G	L	K	L	N	A	L	T	A	T	V	L	R
Template Known Secondary structure							S	S	.	.	.	.		B		S	S			S	S		S	S					S	S	.	.						T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.																			.	.
Template SS confidence
		1102	.	.	.	.	.	.					.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.			.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.