Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 21 Aligned Residues 525 % Identity 14% Template c2d0gA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase i; PDBTitle: crystal structure of thermoactinomyces vulgaris r-47 alpha-2 amylase 1 (tvai) mutant d356n/e396q complexed with p5, a3 pullulan model oligosaccharide Resolution 2.60 Å

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		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.				.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.
Query Sequence		K	A	A	Q	R	S	I	T	A	P	D	R	I	G	E	R	K	T	W	V	Y	Q	R	D	T	M	I	E	R	G	D	N	S	G	V	Y	Q	Y	G	R	A	E	H	F	T	H	I	I	S	D	K	P	S	P	K	D	K	Y	V	A	Y	A	I	N	I	P	D	Y	E	L	A	A	D	.	.	.	V	Y	N	I
Query Conservation																																																																											.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	W	V	P	M	V	W	D	S	N	D	P	T	G	T	F	D	Y	W	K	G	T	.	.	.	.	I	P	A	S	P	S	I	K	Y	Y	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I	N	D	G	T	S	T	A	W	Y	N	G	N	G	P	S	S	T	E	P	N	A	D	D	F	Y	I	I	P
Template Known Secondary structure													T	T	S	S								.	.	.	.					S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T							T	T				S	S			S	S							T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80					.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.													.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.											.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	V	T	S	P	S	G	Q	Q	E	T	F	K	I	L	I	N	L	E	H	L	R	Q	T	L	E	R	K	S	L	T	A	V	Q	K	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	E	I	I	T	P	K	K	P	G	E	A	I	L	H	A	F	N	A	T	Y	Q	Q	I	R	E	N	M	S	E	F	A	R
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	F	K	T	P	D	W	L	K	N	G	V	M	Y	Q	I	F	P	D	R	F	Y	N	G	D	S	S	N	D	V	Q	T	G	S	Y	T	Y	N	G	T	P	T	E	K	K	A	W	G	S	S	V	Y	A	D	P	G	Y	D	N	S	L	V	F	F	G	G	D	L	A	G	I	D	Q	K	L	G	Y	I	K	K
Template Known Secondary structure		T																	G	G	G	T			S		G	G	G				T	T	S		B	S	S	S		B						T	T	S			S			T	T	S		G	G	G													T						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
			240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.					.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																																															.	.	.	.
Query SS confidence		.																																																															.	.	.	.
Query Sequence		.	C	H	Y	G	Y	I	Q	I	P	P	V	T	T	F	R	A	D	G	P	E	T	P	E	E	E	K	G	Y	W	F	H	A	Y	Q	P	E	D	L	C	T	I	H	N	P	M	G	D	L	Q	D	F	I	A	L	V	K	D	A	K	K	F	G	.	.	.	.	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G
Query Conservation		.																																																															.	.	.	.
Alig confidence		.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	G	A	N	I	L	Y	L	N	P	I	F	K	A	P	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	K	Y	D	T	Q	D	Y	M	A	V	D	P	A	F	G	D	N	S	T	L	Q	T	L	I	N	D	I	H	S	T	A	N	G	P	K	G	Y	L	I	L	D	G	V	F	N	H	T	G
Template Known Secondary structure		T	T								S						S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S			S		S							T	T	T																S	S	S	S	S											S	B
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220														.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	G	G	S	G	K	N	D	L	D	Y	P	S	A	D	I	R	A	K	I	S	K	D	I	E	G	G	I	P	G	Y	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P	V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P	E	D	I	H	L	T	A	K	D	F	E	A	S	K	D	N	I	S	K	D	E	W	E	N	L	H
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	S	H	P	W	F	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	N	N	F	S	S	Q	G	A	Y	E	S	Q	S	S	P	W	Y	N	Y	Y	T	F	Y	T	W	P	D	S	Y	A	S	F	L	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T	T		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T			S	S	S			T	T	T		T	T		T	T	G	G	G	B					T	T	T						T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		270	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.			.	.	.	.	.	.	.	.	420					.	.	.	.	.	.			.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.												.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.										.	.	.	.							.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.										.	.	.	.							.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	K	E	K	R	L	N	G	M	P	K	T	T	P	K	S	.	.	D	Q	V	I	M	L	Q	N	Q	.	.	.	.	Y	V	R	E	M	R	.	.	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A	A	K	H	S	K	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q	I	E	R	S	I	T	P	P	L	K
Query Conservation																			.	.										.	.	.	.							.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.											.	.										.	.	.	.							.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	N	S	L	P	K	L	N	Y	G	N	S	G	S	A	V	R	G	V	I	Y	N	N	S	N	S	V	A	K	T	Y	L	N	P	P	Y	S	V	D	G	W	R	L	N	A	A	Q	Y	V	D	A	N	G	N	N	G	S	D	V	T	N	H	Q	I	W	S	E	F	R	N	A	V	K	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.					B	B				S	T	T								T	T	S	T	T	S							S	T	T	T								T	T	G	G	G			S	T	T				S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.										.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Y	N	E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	V	T	C	Q	L	D	E	Q	Q	M	S	S	L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A	F	S	F	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	Q	T
Query Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	A	I	I	G	Q	Y	W	G	N	A	N	.	.	.	.	.	.	P	W	T	A	Q	G	N	Q	W	D	A	A	T	N	F	D	G	F	T	Q	P	V	S	E	W	I	T	G	K	D	Y	Q	N	N	S	A	S	I	S	T	T	Q
Template Known Secondary structure				T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								S	S			G	.	.	.	.	.	.	G	G	T	T	T	S	S	S		S			B		T	T	T	T										S	B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		387	.	.																	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.							.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
		527	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.				.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.
Query Sequence		L	A	S	K	P	G	S	T	I	S	S	I	P	S	E	R	.	.	.	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L	F	N	H	Q	Q	D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L	V	Y	W	D	G	Q	V	L	K	S	T	T	E	I	K	N	Y
Query Conservation																		.	.	.
Alig confidence																		.	.	.																			.	.	.	.																		.															.
Template Conservation																																							.	.	.	.																		.															.
Template Sequence		F	D	S	W	L	R	G	T	R	A	N	Y	P	T	N	V	Q	Q	S	M	M	N	F	L	S	N	H	D	I	T	R	F	A	T	R	S	G	.	.	.	.	G	D	L	W	K	T	Y	L	A	L	I	F	Q	M	T	Y	V	.	G	T	P	T	I	Y	Y	G	D	E	Y	G	M	Q	.	G	G	A	D	P	D
Template Known Secondary structure											T	T	S						T	T					S			T	T	S							T	T	.	.	.	.	T													T	T	S	S	.	S						T	T	T	T	T	T			.			S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.																		.															.
Template SS confidence
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.					.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.		.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.		.	.	.	.	.	.
		604	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	S	T	R	V	G	G	E	A	W	L	N	K	G	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F	H	A	L	Y	I	D	K	A	G	I	W	S	A	F	E	G	V	S	A	T	K	N	V	L	A	F	S	R	G	D	S	V	N	I	N	H	S	P	H	D	G	L	V	I	I	N	K	G	N	E	E	V	E	G
Query Conservation
Alig confidence																																																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	R	R	S	F	D	W	S	Q	A	T	P	S	N	S	A	V	A	L	T	Q	K	L	I	T	I	R	N	Q	Y	P	A	L	R	T	G	S	F	M	T	L	I	T	D	D	T	N	K	I	Y	S	Y	G	R	.	.	.	.	.	.	F	D	N	V	N	R	I	A	V	V	L	N	N	D	S	V	S	H	T	V
Template Known Secondary structure		T	S					T	T	T	S	S	T	T	S																						S									T	T	T	T							.	.	.	.	.	.			S	S										S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		519	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.							.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.
		684	.	.	.	.	.					690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.
Query Sequence		T	W	P	N	K	L	.	.	.	.	Q	P	G	I	Y	K	N	M	G	S	N	S	V	N	I	I	I	N	N	T	R	K	I	I	P	P	G	K	V	F	T	L	R	G	G	T	L	N	I	N	I	P	G	R	S	A	L	L	L	G
Query Conservation								.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	V	P	V	W	Q	L	S	M	P	N	G	S	T	V	T	D	K	I	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	H	S	Y	T	V	Q	N	G	M	V	T	V	A	V	D	G	H	Y	G	A	V	L	A
Template Known Secondary structure					G	G	G	G	T			T	T						T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							B	T	T	B							T	T
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.