Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 457 % Identity 12% Template c1ud8A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:amylase; PDBTitle: crystal structure of amyk38 with lithium ion Resolution 2.88 Å

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		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.								.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	A	I	L	H	A	F	N	A	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	Q	Q	I	R	E	N	M	S	E	F	A	R	C	H	Y	G	Y	I	Q	I	P	P	V	T	T	F	R	A	D	G	P	E	T	P	E	E	E	K	G	Y	W	F	H	A	Y	Q	P	E	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	T
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	G	T	M	M	Q	Y	Y	E	W	H	L	E	N	D	G	Q	H	W	N	R	L	H	D	D	A	A	A	L	S	D	A	G	I	T	A	I	W	I	P	P	A	Y	K	G	N	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	V	G	Y	G	A	Y	D	L	Y	D	L	G	E	F	N	Q	K	G	T
Template Known Secondary structure											T	T			S	S	S																	T										S			S	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T			S	S	S				T	T		S	S		S		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.												.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.		.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.
Query SS confidence																																																																				.
Query Sequence		I	H	N	P	M	G	D	L	Q	D	F	I	A	L	V	K	D	A	K	K	F	G	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G	I	G	G	S	G	K	N	D	L	D	Y	P	S	A	D	I	R	A	K	I	S	K	D	I	E	G	G	I	P	G	Y	.	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P
Query Conservation																																																																				.
Alig confidence																																																																				.
Template Conservation
Template Sequence		V	R	T	K	Y	G	T	K	A	Q	L	E	R	A	I	G	S	L	K	S	N	D	I	N	V	Y	G	D	V	V	M	N	H	K	M	G	A	D	F	T	E	A	V	Q	A	V	Q	V	N	P	T	N	R	W	Q	D	I	S	G	A	Y	T	I	D	A	W	T	G	F	D	F	S	G	R	N	N	A	Y	S	D
Template Known Secondary structure		S	S		S	S																T	T										S						S												T	T							S											B			G	G	G	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
		359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.
Query SS confidence																																																																						.
Query Sequence		V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P	E	D	I	H	L	T	A	K	D	F	E	A	S	K	D	N	I	S	K	D	E	W	E	N	L	H	A	L	K	E	K	R	L	N	G	M	P	K	T	T	P	K	S	D	Q	V	I	M	L	Q	N	Q	Y	V	R	E	M	R	.	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A
Query Conservation																																																																						.
Alig confidence																																																																						.
Template Conservation
Template Sequence		F	K	W	R	W	F	H	F	N	G	V	D	W	D	Q	R	Y	Q	E	N	H	I	F	R	F	A	N	T	N	W	N	W	R	V	D	E	E	N	G	N	Y	D	Y	L	L	G	S	N	I	D	F	S	H	P	E	V	Q	D	E	L	K	D	W	G	S	W	F	T	D	E	L	D	L	D	G	Y	R	L	D	A
Template Known Secondary structure				B		G	G	G								T	T	T	T								T	T					S	S				T	T	S						S	S					T	T	S																			T		S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	H	S	K	H	E	Q	I	E	R	S	I	T	P	P	L	K	N	Y	N	E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	V	T	C	Q	L	D	E	Q	Q	M	S	S	L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template Sequence		I	K	H	I	P	F	W	Y	T	S	D	W	V	R	H	Q	R	N	E	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	L	F	V	V	G	E	Y	W	K	D	D	V	G	A	L	E	F	Y	L	D	E	M	.	.	N	W	E	M	S	L	F	D	V	P	L	N	Y	N	F	Y	R	A
Template Known Secondary structure		T	T	S	S																	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S											S													.	.	T	S		S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template SS confidence
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.																.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.			.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	S	F	G	G	D	L	Q	T	L	A	S	K	P	G	S	T	I	S	S	I	P	S	E	R	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L	F	N	H	Q	Q	D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L	V	Y	W	D	G	Q	V	L	K	S	T
Query Conservation
Alig confidence				.																																									.	.	.
Template Conservation				.																																									.	.	.
Template Sequence		S	Q	.	Q	G	G	S	Y	D	M	R	N	I	L	R	G	S	L	V	E	A	H	P	M	H	A	V	T	F	V	D	N	H	D	T	Q	P	G	E	S	L	E	S	.	.	.	W	V	A	D	W	F	K	P	L	A	Y	A	T	I	L	T	R	E	G	G	Y	P	N	V	F	Y	G	D	Y	Y	G	I	P	N
Template Known Secondary structure				.			S	S	S		G	G	G	S	S	T	T							T	T	S				B	S			T	T	T	S	T	T	S	T	T			.	.	.				T	T	T											S	S	S	S										T		B	G	G
Template Predicted Secondary structure				.																																									.	.	.
Template SS confidence
		296	.		.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.				.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
		598	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	E	I	K	N	Y	D	G	S	T	R	V	G	G	E	A	W	L	N	K	G	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F	H	A	L	Y	I	D	K	A	G	I	W	S	A	F	E	G	V	S	A	T	K	N	V	L	A	F	S	R	G	D	S	V	N	I	N	H	S	P	H	D	G	L	V	I	I	N	K	G
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.																						.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.																						.	.
Template Sequence		D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	A	K	K	D	M	I	D	E	L	L	D	A	R	Q	.	.	.	.	.	N	Y	A	Y	G	T	Q	H	D	Y	F	D	H	W	D	V	V	G	W	T	R	.	.	E	G	S	S	S	R	P	N	S	G	L	A	T	I	M	S	N	G
Template Known Secondary structure		G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B																.	.	.	.	.		T			S						T	T	S	S	S							.	.				T	T	S	T	T									S	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.																						.	.
Template SS confidence
		372	.																	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.						390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410			.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
		678	.		680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.		.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.
Predicted Secondary structure				.																																											.
Query SS confidence				.																																											.
Query Sequence		N	E	.	E	V	E	G	T	W	P	N	K	L	Q	P	G	I	Y	K	N	M	G	S	N	S	V	N	I	I	I	N	N	T	R	K	I	I	P	P	G	K	V	F	T	L	.	R	G	G	T	L	N	I	N	I	P	G	R	S	A	L	L	L	G	K	T
Query Conservation				.																																											.
Alig confidence				.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	G	G	S	K	W	M	Y	V	G	R	Q	N	A	G	Q	T	W	T	D	L	T	G	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	S	V	T	I	N	G	D	G	W	G	E	F	F	T	N	G	G	S	V	S	V	Y	V	N	Q
Template Known Secondary structure		S										G	G	G	T	T						T	T	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T	S								T	T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.															.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480