Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 38 Aligned Residues 502 % Identity 13% Template c1m7xC_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:1,4-alpha-glucan branching enzyme; PDBTitle: the x-ray crystallographic structure of branching enzyme Resolution 2.30 Å

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		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.		.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
Predicted Secondary structure																																				.
Query SS confidence																																				.
Query Sequence		R	I	G	E	R	K	T	W	V	Y	Q	R	D	T	M	I	E	R	G	D	N	S	G	V	Y	Q	Y	G	R	A	E	H	F	T	.	H	I	I	S	D	K	P	S	P	K	D	K	Y	V	A	Y	A	I	N	I	P	D	Y	E	L	A	A	D	V	Y	N	I	N	V	T	S	P	S	G	Q	Q	E	T	F	K
Query Conservation																																				.
Alig confidence													.	.	.	.	.										.									.
Template Conservation													.	.	.	.	.										.
Template Sequence		L	R	K	E	S	G	I	W	E	L	F	.	.	.	.	.	I	P	G	A	H	N	G	Q	L	.	Y	K	Y	E	M	I	D	A	N	G	N	L	R	L	K	S	D	P	Y	A	F	E	A	Q	T	A	S	L	I	C	G	L	P	E	K	V	V	Q	T	E	E	R	K	K	A	N	Q	F	D	A	P	I	S	I
Template Known Secondary structure				T	T	T	T						.	.	.	.	.			T			T	T			.								T	T	S								T	T		S	S																							T	T	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.										.
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.						.	180	.	.	.	.	.	.	.		.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.		.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure																																																						.
Query SS confidence																																																						.
Query Sequence		I	L	I	N	L	E	H	L	R	Q	T	L	E	R	K	S	L	T	A	V	Q	K	S	Q	C	E	I	I	T	P	K	K	P	G	E	A	I	L	H	A	F	N	A	T	Y	Q	Q	I	R	E	N	M	.	S	E	F	A	R	C	H	Y	G	Y	I	Q	I	P	P	V	T	T	F	R	A	D	G	P	E	T	P
Query Conservation																																																						.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																							.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						G	G	G	S				T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			T	T													S		S	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.
Template SS confidence
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	E	K	G	Y	W	F	H	A	Y	Q	P	E	D	L	C	T	I	H	N	P	M	G	D	L	Q	D	F	I	A	L	V	K	D	A	K	K	F	G	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G	I	G	G	S	G	K	N	D	L	D	Y	P	S	A	D	I	R	A	K	I	S	K	D	I	E	G	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	S	S		S							T	T	S																T	T									S	S	S				S	T	T	S	S	T	T	G	G	G	T	T	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	P	G	Y	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P	V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P	E	D	I	H	L	T	A	K	D	F	E	A	S	K	D	N	I	S	K	D	E	W	E	N	L	H	A	L	K	E	K	R	L	N	G	M	P	K	T	T	P	K	S	D	Q	V	I	M	L	Q	N	Q	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	S	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																															359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
		422	.	.	.	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.								.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure							.																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	R	E	M	R	.	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A	A	K	H	S	.	.	.	.	.	.	.	K	H	E	Q	I	E	R	S	I	T	P	P	L	K	N	Y	N	E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	V	T	C	Q	L	D	E	Q	Q	M
Query Conservation							.																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.																.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q
Template Known Secondary structure								T	T																																				S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								S	S			T	T	T	T	B		T
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.						.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		S	S	L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A	F	S	F	G	G	D	L	Q	T	L	A	S	K	P	G	S	T	I	S	S	I	P	S	E	R	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	.	.	.	.	.	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L	F	N	H	Q	Q
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.																																																								.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.
Template Sequence		D	M	.	.	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A
Template Known Secondary structure		T	T	.	.	T	S	B			S																	S		T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	S	G	G	G	S								G	G	G	S	S	T	T				T	T	T	T			S	S
Template Predicted Secondary structure				.	.
Template SS confidence
		471	.			.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
		569	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.		.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.
Query SS confidence																																								.
Query Sequence		D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L	V	Y	W	D	G	Q	V	L	K	S	T	T	E	I	K	N	Y	D	G	S	.	T	R	V	G	G	E	A	W	L	N	K	G	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F	H	A	L	Y	I	D	K	A	G	I	W	S	A	F	E	G	V	S
Query Conservation																																								.
Alig confidence															.																									.
Template Conservation															.
Template Sequence		N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	.	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E
Template Known Secondary structure											T	T	S	S	.	S						T	T	G	G	G	T		S	S				T	T	S				T	T	T	T		S	S																			T	T		S	T	T	T	S	S	S	S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure															.
Template SS confidence
		549	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.		.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.
								648	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.					.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	A	T	K	N	V	L	A	F	S	R	G	D	S	V	N	I	N	H	S	P	H	D	G	L	V	I	I	N	K	G	N	E	E	V	E	G	T	W	P	N	K	L	Q	P	G	I	Y	K	N	M	G	S	N	S	V	N	I	.	.	.	.	I	I	N	N	T	R	K	I	I	P	P	G	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.
Template Sequence		W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	.	.	.	.	.	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I
Template Known Secondary structure					S			T	T	T	T							.	.	.	.	.			T	T	S										S	S	S								B		S	S		S								T	T	S	T	G	G	G					S			S					B
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
		628	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.						.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.
		718	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	F	T	L	R	G	G	T	L	N	I	N	I	P	G	R	S	A	L	L	L	G	K	T	G	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R	E	A	E
Template Known Secondary structure			B	T	T	B	S	S	B							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		703	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.