Job Description P76616 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:01 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 425 % Identity 21% Template c1bagA_ PDB info PDB header:alpha-amylase Chain: A: PDB Molecule:alpha-1,4-glucan-4-glucanohydrolase; PDBTitle: alpha-amylase from bacillus subtilis complexed with2 maltopentaose Resolution 2.50 Å

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		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	I	T	P	K	K	P	G	E	A	I	L	H	A	F	N	A	T	Y	Q	Q	I	R	E	N	M	S	E	F	A	R	C	H	Y	G	Y	I	Q	I	P	P	V	T	T	F	R	A	D	G	P	E	T	P	E	E	E	K	G	Y	W	F	H	A	Y	Q	P	E	D	L	C	T	I	H	N	P	M	G	D	L	Q
Query Conservation
Alig confidence																																																		.	.
Template Conservation																																																		.	.
Template Sequence		L	T	A	P	S	I	K	S	G	T	I	L	H	A	W	N	W	S	F	N	T	L	K	H	N	M	K	D	I	H	D	A	G	Y	T	A	I	Q	T	S	P	I	N	Q	V	K	E	G	.	.	N	Q	G	D	K	S	M	S	N	W	Y	W	L	Y	Q	P	T	S	Y	Q	I	G	N	R	Y	L	G	T	E	Q
Template Known Secondary structure					S	S	G	G	G	S						T	T	B								T							T	T		S					S								T	.	.	G	G	G				G	G	G	G	G	G	G	G										T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.			.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	I	A	L	V	K	D	A	K	K	F	G	I	D	I	I	P	D	Y	T	F	N	F	M	G	I	G	G	S	G	K	N	D	L	D	Y	P	S	A	D	I	R	A	K	I	S	K	D	I	E	G	G	I	P	G	Y	W	Q	G	Q	V	L	I	P	F	I	K	D	P	V	T	K	E	R	K	Q	I	H	P
Query Conservation
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	F	K	E	M	C	A	A	A	E	E	Y	G	I	K	V	I	V	D	A	V	I	N	H	T	T	F	D	Y	A	A	I	S	N	E	V	K	S	I	P	N	W	T	H	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												T	T	T										S	B			S		G	G	G	S						T	S	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	D	I	H	L	T	A	K	D	F	E	A	S	K	D	N	I	S	K	D	E	W	E	N	L	H	A	L	K	E	K	R	L	N	G	M	P	K	T	T	P	K	S	D	Q	V	I	M	L	Q	N	Q	Y	V	R	E	M	R	K	Y	G	V	R	G	L	R	Y	D	A	A	K	H	S	K	H	E	Q	I	E	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	T	Q	I	K	N	W	S	D	R	W	D	V	T	Q	N	S	L	L	G	L	Y	D	W	N	T	Q	N	T	Q	V	Q	S	Y	L	K	R	F	L	E	R	A	L	N	D	G	A	D	G	F	R	F	D	A	A	K	H	I	E	L	P	D	D	G	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B				T	T								S	B	S	T	T						T	T																			T							T	T	G	G	G	S			T	T	S	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	I	T	P	P	L	K	N	Y	N	E	R	L	H	N	T	N	L	F	N	P	K	Y	H	K	K	A	V	M	N	Y	M	E	Y	L	V	T	C	Q	L	D	E	Q	Q	M	S	S	L	L	Y	E	R	D	D	L	S	A	I	D	F	S	L	L	M	K	T	I	K	A	F	S	F	G	G	D	L	Q	T	L	A
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Sequence		Y	G	S	Q	F	W	P	N	I	T	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	E	F	Q	Y	G	Q	I	L	Q	D	S	A	S	R	D	A	A	Y	A	N	Y	M	.	.	.	.	.	.	D	V	T	A	S	N	Y	G	H	S	I	R	S	A	L	K	N	R	N	L	G	.	.	.	V
Template Known Secondary structure		G			S						T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S									S	T	T	S						T	T	T	S	.	.	.	.	.	.																		T				.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template SS confidence
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200														.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.							.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.				.
		529	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	K	P	G	S	T	I	S	S	I	P	S	E	R	R	I	L	I	N	I	N	H	D	F	P	N	N	G	N	L	F	N	D	F	L	F	N	H	Q	Q	D	E	Q	L	A	M	A	Y	I	A	A	L	P	F	S	R	P	L	V	Y	W	D	G	Q	V	L	K	S	T	T	E	I	K	N	Y	D	G	S	T	R
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.
Template Conservation																																					.	.
Template Sequence		S	N	I	S	H	Y	A	S	D	V	S	A	D	K	L	V	T	W	V	E	S	H	D	T	Y	A	N	D	D	E	E	S	T	W	M	.	.	S	D	D	D	I	R	L	G	W	A	V	I	A	S	R	S	G	S	T	P	L	F	F	S	R	P	E	G	G	G	N	G	V	R	F	P	G	K	S	Q	I	G	D
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	S		S	S	S	S		G	G	G					S								S	T	T		T	T	T	T		.	.													T	T	S	S	S										T	T		B	T	T	B	S			S	S	S		T	B	S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.
Template SS confidence
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.			.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		609	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	G	E	A	W	L	N	K	G	C	S	T	Y	Q	Q	L	Y	N	E	F	H	A	L	Y	I	D	K	A	G	I	W	S	A	F	E	G	V	S	A	T	K	N	V	L	A	F	S	R	G	D	S	V	N	I	N	H	S	P	H	D	G	L	V	I	I	N	K	G	N	E	E	V	E	G	T	W	P	N	K
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	S	A	L	F	E	.	.	.	.	.	.	.	D	Q	A	I	T	A	V	N	R	F	H	N	V	M	A	G	Q	P	E	E	L	S	N	P	N	G	N	N	Q	I	F	M	N	Q	R	G	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	V	L	A	N	A	G	S	S	S	V	S	I	N	T	A	T	K
Template Known Secondary structure					G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.														T	T	T								G	G	G		T	T							T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S									S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.								.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.										370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
		689	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Q	P	G	I	Y	K	N	M	G	S	N	S	V	N	I	I	I	N	N	T	R	K	I	I	P	P	G	K	V	F	T	L	R	G	G	T	L	N	I	N	I	P	G	R	S	A	L	L	L	G	K	T
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	P	D	G	R	Y	D	N	K	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	S	F	Q	V	N	D	G	K	L	T	G	T	I	N	A	R	S	V	A	V	L	Y	P	D
Template Known Secondary structure		S		S						S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.