Job Description P32674 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:50:01 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 758 % Identity 28% Template c2y8nC_ PDB info PDB header:lyase Chain: C: PDB Molecule:4-hydroxyphenylacetate decarboxylase large subunit; PDBTitle: crystal structure of glycyl radical enzyme Resolution 1.75 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	N	R	I	S	R	L	K	T	A	L	F	A	N	T	R	E	I	S	L	E	R	A	L	L	Y	T	A	S	H	R	Q	T	E	G	E	P	V	I	L	R	R	A	K	A	T	A	Y	I	L	E	H	V	E	I	S	I	R	D	E	E	L	I	A	G	N	R	T	V	K	P	R	A	G	I	M	S	P	E	M
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	E	S	T	Q	K	L	M	D	I	Y	Y	T	L	K	V	T	A	D	M	E	A	A	Y	W	Y	N	R	T	W	W	E	N	D	G	E	V	I	E	V	R	R	A	K	A	V	A	A	S	L	S	H	M	T	P	T	I	L	P	Y	E	K	L	V	M	N	K	T	K	N	V	R	G	A	F	P	F	P	W	V
Template Known Secondary structure													T	T							S													T	T	T	S																T	S						T	T		S	S				S	S	S	S	T	T						T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		34	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	P	Y	W	L	L	K	E	L	D	Q	F	P	T	R	P	Q	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	I	S	E	E	D	K	R	I	Y	R	E	E	L	F	P	Y	W	E	K	R	S	M	K	D	F	I	N	G
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation																																																																.
Template Sequence		C	A	S	F	F	N	A	Q	A	E	A	L	M	N	E	V	D	A	P	A	E	N	E	A	D	S	V	S	V	V	G	A	G	G	G	N	V	T	E	S	Y	G	N	V	I	S	I	A	K	K	F	G	M	R	K	E	E	I	P	V	L	V	.	K	T	S	K	P	W	E	G	I	S	V	E	E	L	S	N	K
Template Known Secondary structure															T	T	S											T						S	T	T				S		B	T	T					T	T	T					G	G	G						.				G	G	G	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																.
Template SS confidence
		114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.		.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
		131	.	.						.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.													.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	M	T	.	.	.	.	.	D	E	V	K	A	A	T	N	T	Q	I	F	S	I	N	Q	T	D	K	G	Q	G	H	I	I	I	D	Y	P	R	L	L	N	H	G	L	G	E	L	V	A	Q	M	Q	Q	H	C	Q	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	P	E	N	H	F	Y	Q	A	A	L
Query Conservation					.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	S	K	M	T	P	G	Y	D	Q	F	K	N	I	M	E	S	V	I	C	M	F	D	S	F	A	I	P	Q	G	R	E	V	I	N	Y	Y	M	P	L	Q	Y	G	F	D	G	I	I	K	L	C	D	E	K	I	A	E	V	M	G	E	A	G	D	D	G	D	F	G	M	S	R	G	Y	Y	Y	A	A	M	K
Template Known Secondary structure				T	T	S	T	T										T	T	S	B				G	G	G	S	S																															T	T			T	T		T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	L	E	A	S	Q	K	H	I	L	R	Y	A	E	L	A	E	T	M	A	A	N	C	T	D	A	Q	R	R	E	E	L	L	T	I	A	E	I	S	R	H	N	A	Q	H	K	P	Q	T	F	W	Q	A	C	Q	L	F	W	Y	M	N	I	I	L	Q	Y	E	S	N	A	S	S	L	S	L	G	R	F	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	I	T	K	G	L	S	A	W	C	E	N	Y	S	K	R	A	K	Y	L	A	S	I	E	T	D	S	E	I	K	A	N	Y	E	K	I	E	E	V	M	G	N	I	A	H	K	K	P	A	N	F	W	E	A	I	Q	M	T	L	C	C	H	F	G	V	V	N	E	D	P	Q	S	G	L	S	I	G	R	L	G
Template Known Secondary structure																																													T	T	S				S																	T	T	S								B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.		.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure																	.
Query SS confidence																	.
Query Sequence		Q	Y	M	L	P	F	Y	Q	T	S	L	T	Q	G	E	.	D	A	A	F	L	K	E	L	L	E	S	L	W	V	K	C	N	D	I	V	L	L	R	S	T	S	S	A	R	Y	F	A	G	F	P	T	G	Y	T	A	L	L	G	G	L	T	E	N	G	R	S	A	V	N	V	L	S	F	L	C	L	D	A	Y
Query Conservation																	.
Alig confidence																	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	V	L	Q	P	F	Y	E	K	D	V	E	D	G	I	M	T	D	E	E	V	I	E	L	L	E	L	Y	R	I	K	I	T	C	I	E	C	F	A	S	A	G	V	S	G	G	V	L	S	G	N	T	F	N	N	L	S	L	G	G	Q	N	Y	D	G	L	S	A	V	T	P	L	E	Y	L	I	V	E	A	G
Template Known Secondary structure				S										T	T	S																			T											T	T	T	S	T	T											B		T	T	S	S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.					.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.
Query Sequence		Q	S	V	Q	L	P	Q	P	N	L	G	V	R	T	N	A	L	I	D	T	P	F	L	M	K	T	A	E	T	I	R	F	G	T	G	I	P	Q	I	F	N	D	E	V	V	V	P	A	F	L	N	.	.	.	.	R	G	V	S	L	E	D	A	R	D	Y	S	V	V	G	C	V	E	L	S	I	P	G	R	T
Query Conservation																																																					.	.	.	.
Alig confidence																																																					.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	R	N	Q	T	P	Q	P	T	L	S	V	L	Y	D	E	K	T	P	E	D	F	L	M	K	A	A	S	C	T	K	L	G	L	G	Y	P	A	W	M	N	N	Q	T	G	M	N	F	M	M	R	N	Y	G	P	E	G	M	D	L	H	D	A	R	A	W	C	L	G	G	C	L	E	S	A	P	G	C	F	L
Template Known Secondary structure				S			S		S								T	T	S													T	T	T	S			S																	G	G	G	T								T					T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
		429																		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.													.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	H	D	I	A	M	F	N	L	L	K	V	M	E	I	C	L	H	E	N	E	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	L	T	Y	E	G	L	L	E	Q	I	R	A	K	I	S	H	Y	I	T	L	M	V	E	G
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	L	E	Y	N	G	K	V	T	M	I	P	G	G	A	S	P	T	C	G	T	G	V	H	F	I	G	M	P	K	V	L	E	L	V	L	T	N	G	L	D	K	R	T	G	K	Q	V	Y	P	P	H	N	K	K	L	D	S	Y	E	T	M	V	N	Q	W	K	E	Y	M	E	L	T	T	D	V	V	N	R	C
Template Known Secondary structure						T	T										S	S		S	S																	T	T	T			T	T	T	T				S									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		513	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.
Query SS confidence																																											.
Query Sequence		S	N	I	C	D	I	G	H	R	D	W	A	P	V	P	L	L	S	S	F	I	S	D	C	L	E	K	G	R	D	I	T	D	G	G	A	R	Y	N	F	S	.	G	V	Q	G	I	G	I	A	N	L	S	D	S	L	H	A	L	K	G	M	V	F	E	Q	Q	R	L	S	F	D	E	L	L	S	V	L	K	A
Query Conservation																																											.
Alig confidence																																											.
Template Conservation
Template Sequence		N	N	I	Q	M	D	I	W	R	K	Y	N	M	P	A	V	N	S	L	L	K	P	D	C	F	K	K	G	K	H	I	G	T	M	G	A	R	Y	N	S	C	I	N	F	E	S	C	G	T	I	T	F	V	N	S	L	S	S	I	K	K	N	V	F	D	D	S	K	F	T	I	E	E	M	T	D	A	M	L	N
Template Known Secondary structure													S			S						S	T	T					T			G	G	G	T		S	S			T	T																						T	T	T	S			S											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.
		559	560																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	P	E	G	E	K	V	R	A	R	L	I	N	R	F	E	K	Y	G	N	D	I	D	E	V	D	N	I	S	A	E	L	L	R	H	Y	C	K	E	V	E	K	Y	Q	N	P	R	G	G	Y	F	T	P	G	S
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.											.
Template Conservation																												.	.											.
Template Sequence		N	F	G	F	K	T	A	Y	E	T	E	V	F	S	P	D	F	R	E	S	T	D	K	S	T	K	.	.	Y	E	K	I	F	A	A	C	V	N	.	A	P	K	Y	G	N	A	D	K	Y	A	D	E	I	F	K	A	Y	H	Y	Y	I	Y	D	M	T	H	K	F	R	S	Y	Y	G	K	P	L	Y	L	C	Q
Template Known Secondary structure		G	G	G	B										S	T	T				B		T	T				.	.											.	S			T	T	S																					T	T		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																												.	.											.
Template SS confidence
		673	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.			.	700	.	.	.	.	.	.	.	.		.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		617	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	T	V	S	A	H	V	P	L	G	S	V	V	G	A	T	P	D	G	R	F	A	G	E	Q	L	A	D	G	G	L	S	P	M	L	G	Q	D	A	Q	G	P	T	A	V	L	K	S	V	S	K	L	D	N	T	L	L	S	N	G	T	L	L	N	V	K	F	T	P	A	T	L	E	G	E	A	G	L	R	K
Query Conservation
Alig confidence																																																														.
Template Conservation																																																														.
Template Sequence		I	S	V	S	T	H	G	P	Q	G	F	V	T	L	A	T	A	D	G	R	L	A	G	T	T	Y	S	D	G	S	V	S	A	A	A	G	T	D	K	N	G	I	Y	A	I	F	E	S	A	T	V	Y	D	H	S	M	H	Q	N	A	.	Q	M	N	L	K	L	H	P	T	A	V	K	G	I	N	G	T	R	K
Template Known Secondary structure				T	T	T								S				T	T	S			T	T					S	T	T	T	S			T	T				S										T	S	S		G	G	G	S	S			.								G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																														.
Template SS confidence
		750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.		810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.
		697	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	D	F	L	R	A	F	T	Q	L	K	L	Q	H	I	Q	F	N	V	V	N	A	D	T	L	R	E	A	Q	Q	R	P	Q	D	Y	A	G	L	V	V	R	V	A	G	Y	S	A	F	F	V	E	L	S	K	E	I	Q	D	D	I	I	R	R	T	A	H	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	L	D	L	V	R	A	Y	M	R	K	G	G	F	H	V	Q	F	N	V	V	D	S	K	T	L	R	D	A	Q	L	T	P	E	K	Y	R	E	L	M	V	R	V	A	G	F	T	Q	Y	W	C	E	I	G	K	P	I	Q	D	E	V	I	Y	R	T	E	Y	D
Template Known Secondary structure													T									S												G	G	G		T	T						S	S					G	G	G	S											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		829	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.