Job Description Q47622 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:36:57 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 486 % Identity 20% Template d1vr5a1 SCOP info Periplasmic binding protein-like II Periplasmic binding protein-like II Phosphate binding protein-like Resolution 1.73

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		31	.	.	.	.	.	.	.			.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.
Query SS confidence										.	.
Query Sequence		I	R	D	S	G	F	V	Y	.	.	C	V	S	G	Q	V	N	T	F	N	P	S	K	A	S	S	G	L	I	V	D	T	L	A	A	Q	F	Y	D	R	L	L	D	V	D	P	Y	T	Y	R	L	M	P	E	L	A	E	S	W	E	V	L	D	N	G	A	T	Y	R	F	H	L	R	R	D	V	P	F	Q	K
Query Conservation										.	.
Alig confidence										.	.																					.	.																																		.
Template Conservation																																.	.																																		.
Template Sequence		E	R	N	K	T	L	Y	W	G	G	A	L	W	S	P	P	S	N	W	N	P	F	T	P	W	N	A	V	A	G	.	.	T	I	G	L	V	Y	E	P	L	F	L	Y	D	P	L	N	D	K	F	E	P	W	L	A	E	K	G	E	W	V	S	N	N	.	E	Y	V	L	T	L	R	K	G	L	R	W	Q	D
Template Known Secondary structure			G	G	G						S	S			S							T	T		T	T	T	S		T	T	.	.	T	B	T	T	T	B			S					T	T	T	T					S	S									T	T	.								S	S		B		T	T
Template Predicted Secondary structure																																.	.																																		.
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.			.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.		.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	D	W	F	T	P	T	R	K	M	N	A	D	D	V	V	F	T	F	Q	R	I	F	D	R	N	N	P	W	H	N	V	N	G	S	N	F	P	Y	F	D	S	L	Q	F	A	D	N	V	K	S	V	R	K	L	D	N	H	T	V	E	F	R	L	A	Q	P	D	A	S	F	L	W	H	L	A	T	H	Y	A
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Sequence		G	V	.	.	.	.	.	.	P	L	T	A	D	D	V	V	F	T	F	E	I	A	K	K	Y	T	G	I	S	Y	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	W	N	W	L	G	R	I	E	R	V	D	E	R	T	L	K	F	V	F	S	D	P	R	Y	Q	E	W	K	Q	X	L	I	.	N	T
Template Known Secondary structure		S		.	.	.	.	.	.	B																	T	T	S	T	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	T									T	T							S	S												.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template SS confidence
		100	.							.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.													.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.		.	160
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.						.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.
Query Sequence		S	V	M	S	A	E	Y	A	R	K	L	E	K	E	D	R	Q	E	Q	L	D	R	Q	P	V	G	T	G	P	Y	Q	L	S	E	Y	R	A	G	Q	F	I	R	L	Q	R	H	D	D	F	W	R	G	K	.	.	.	.	.	P	L	M	P	Q	V	V	V	D	L	G	S	G	G	T	G	R	L	S	K	L	L
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.															.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.
Template Sequence		P	I	V	P	K	H	I	W	E	N	K	T	E	E	E	V	L	Q	A	A	N	E	N	P	V	G	S	G	P	Y	Y	V	E	S	W	A	D	D	.	R	C	V	F	K	K	N	G	N	W	W	G	I	R	E	L	G	Y	D	P	K	P	E	R	I	V	E	L	R	V	L	S	N	N	V	A	V	G	X	L	X
Template Known Secondary structure										T	T												S	S				S	S	S								T	T	.								T	T														S								S
Template Predicted Secondary structure																																								.
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.		.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.					.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.
Query Sequence		T	G	E	C	D	V	L	A	W	P	A	A	S	Q	L	S	I	L	R	D	D	P	R	L	R	L	T	L	R	P	G	M	.	.	.	.	N	V	A	Y	L	A	F	N	T	A	K	P	P	L	N	N	P	A	V	R	H	A	L	A	L	A	I	N	N	Q	R	L	M	Q	S	I	Y	Y	G	T	A	E	T	A
Query Conservation																																		.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	E	L	D	W	S	N	F	F	L	P	G	V	P	V	L	K	K	A	Y	G	I	V	T	W	Y	E	N	A	P	Y	X	L	P	A	N	T	A	G	I	Y	I	N	V	N	K	Y	P	L	S	I	P	E	F	R	R	A	X	A	Y	A	I	N	P	E	K	I	V	T	R	A	Y	E	N	X	V	T	A	A
Template Known Secondary structure			T	S						S			T	T								T			B		S	S	S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T																					T	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.								.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.											.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	I	L	P	R	A	S	W	A	Y	D	N	E	A	K	.	.	.	.	.	.	.	I	T	E	Y	N	P	A	K	S	R	E	Q	L	K	S	L	G	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	T	L	K	L	W	V	P	T	R	S	Q	A	W	N	P	S	P	L	K	T	A	E	L	I	Q	A
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	P	A	G	I	L	P	L	P	G	Y	X	K	Y	Y	P	K	E	V	V	D	K	Y	G	F	K	Y	D	P	E	X	A	K	K	I	L	D	E	L	G	F	K	D	V	N	K	D	G	F	R	E	D	P	N	G	K	P	F	K	L	T	I	E	C	P	Y	G	W	T	D	W	X	V	S	I	Q	S	I	A	E
Template Known Secondary structure			T	T				S	S					T	T													S												T	T		B			S	S	S	S	S		B		T	T	S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.		.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.					.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.																	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.																	.	.	.	.
Query Sequence		D	M	A	Q	V	G	V	K	V	V	I	V	P	V	E	G	R	F	Q	E	A	R	L	M	D	M	S	H	D	L	T	L	S	G	W	A	T	D	S	.	N	D	P	D	S	F	F	R	P	L	L	S	C	A	A	I	.	.	.	.	H	S	Q	T	N	L	A	H	W	C	D	P	K	F	D	S	V	L	R	K
Query Conservation																																									.																	.	.	.	.
Alig confidence																																									.																	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	V	K	V	G	I	N	V	E	P	K	Y	P	D	Y	S	K	Y	A	D	D	L	Y	G	G	K	F	D	L	I	L	N	N	F	T	T	G	V	S	A	T	I	W	S	Y	F	N	G	V	F	Y	P	D	A	V	E	S	E	Y	S	Y	S	G	N	F	G	K	Y	A	N	P	E	V	E	T	L	L	D	E
Template Known Secondary structure					T	T	T																				T			S						S	S		B			S												G	G	G	G	T	S	S	S		S	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.			.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.					.	.
Query SS confidence																																													.					.	.
Query Sequence		A	L	S	S	Q	Q	L	A	A	R	I	E	A	Y	D	E	A	Q	S	I	L	A	Q	E	L	P	I	L	P	L	A	S	S	L	R	L	Q	A	Y	R	Y	D	I	.	K	G	L	V	.	.	L	S	P	F	G	N	A	S	F	A	G	V	Y	R	E
Query Conservation																																													.					.	.
Alig confidence																																													.					.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	N	R	S	N	D	D	A	K	I	K	E	V	V	A	K	L	S	E	I	L	L	K	D	L	P	F	I	P	L	W	Y	N	G	A	W	F	Q	A	S	E	A	V	W	T	N	W	P	T	E	K	N	P	Y	A	V	P	I	G	W	N	G	W	W	Q
Template Known Secondary structure				T																							S																S	S						B	T	T	B		S	S					S	T	T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.