Job Description Q47622 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:36:57 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 470 % Identity 19% Template c2o7jA_ PDB info PDB header:sugar binding protein Chain: A: PDB Molecule:oligopeptide abc transporter, periplasmic PDBTitle: the x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose2 binding protein bound with cellopentaose Resolution 1.50 Å

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.			.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.
Query SS confidence													.	.
Query Sequence		I	R	D	S	G	F	V	Y	C	V	S	.	.	G	Q	V	N	T	F	N	P	S	K	A	S	S	G	L	I	V	D	T	L	A	A	Q	F	Y	D	R	L	L	D	V	D	P	Y	T	Y	R	L	M	P	E	L	A	E	S	W	E	V	L	D	N	G	A	T	Y	R	F	H	L	R	R	D	V	P	F	Q	K
Query Conservation													.	.
Alig confidence													.	.																	.	.	.																																	.
Template Conservation																															.	.	.																																	.
Template Sequence		P	R	E	D	T	V	Y	I	G	G	A	L	W	G	P	A	T	T	W	N	L	Y	A	P	Q	S	T	W	G	.	.	.	T	D	Q	F	M	Y	L	P	A	F	Q	Y	D	L	G	R	D	A	W	I	P	V	I	A	E	R	Y	E	F	V	D	D	.	K	T	L	R	I	Y	I	R	P	E	A	R	W	S	D
Template Known Secondary structure			G	G	G						S	S			S					S		T	T	S	S	S			T	T	.	.	.					T	S			S					T	T	T	T					S	S									T	.	T								T	T		B		T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.																																	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.				.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.		.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.		.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.
Query SS confidence																																																																															.
Query Sequence		T	D	W	F	T	P	T	R	K	M	N	A	D	D	V	V	F	T	F	Q	R	I	F	D	R	N	N	P	W	H	N	V	N	G	S	N	F	P	Y	F	D	S	L	Q	F	A	D	N	V	K	S	V	R	K	L	D	N	H	T	V	E	F	R	L	A	Q	P	D	A	S	F	L	W	H	L	A	T	.	H	Y
Query Conservation																																																																															.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	V	.	.	.	.	.	.	P	I	T	A	D	D	F	V	Y	A	L	E	L	T	K	E	L	G	I	G	P	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	D	T	Y	I	E	Y	V	K	A	V	D	T	K	V	V	E	F	K	A	K	E	E	N	L	N	Y	F	Q	F	L	S	Y	S	L	G
Template Known Secondary structure		S		.	.	.	.	.	.	B																	T		S	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T													T	T								S	T	T												T
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		80	.							.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.													.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.					210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.					240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.																															.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.																															.	.	.	.
Query Sequence		A	S	V	M	S	A	E	Y	A	R	K	L	E	K	E	D	R	Q	E	Q	L	D	.	.	.	.	R	Q	P	V	G	T	G	P	Y	Q	L	S	E	Y	R	A	G	Q	F	I	R	L	Q	R	H	D	D	F	W	R	.	.	.	.	G	K	P	L	M	P	Q	V	V	V	D	L	G	S	G	G	T	G	R	L
Query Conservation																								.	.	.	.																															.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.																.															.	.	.	.
Template Conservation																																											.
Template Sequence		A	Q	P	M	P	K	H	V	Y	E	R	I	R	A	Q	M	N	I	K	D	W	I	N	D	K	P	E	E	Q	V	V	S	G	P	Y	K	L	Y	Y	Y	D	.	P	N	I	V	V	Y	Q	R	V	D	D	W	W	G	K	D	I	F	G	L	P	R	P	K	Y	L	A	H	V	I	Y	K	D	N	P	S	A	S
Template Known Secondary structure																	S		G	G	G						T	T	T				S	S	S								.	T	T								T	T		T	T								S		S								S	S
Template Predicted Secondary structure																																											.
Template SS confidence
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.		.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.							.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	K	L	L	T	G	E	C	D	V	L	A	W	P	A	A	S	Q	L	S	I	L	R	D	D	P	R	L	R	L	T	L	R	P	G	M	.	.	.	.	.	.	N	V	A	Y	L	A	F	N	T	A	K	P	P	L	N	N	P	A	V	R	H	A	L	A	L	A	I	N	N	Q	R	L	M	Q	S	I	Y	Y
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	A	F	E	R	G	D	I	D	W	N	G	L	F	I	P	S	V	W	E	L	W	E	K	K	G	L	P	V	G	T	W	Y	K	K	E	P	Y	F	I	P	D	G	V	G	F	V	Y	V	N	N	T	K	P	G	L	S	D	P	A	V	R	K	A	I	A	Y	A	I	P	Y	N	E	M	L	K	K	A	Y	F
Template Known Secondary structure						T	T			S							T	T	T	T					T	S			S				S		S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T	S											S									T	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.															.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.											.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	T	A	E	T	A	A	S	I	L	P	R	A	S	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Y	D	N	E	A	K	I	T	E	Y	N	P	A	K	S	R	E	Q	L	K	S	L	G	L	E	N	L	T	L	K	L	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	T	R	S	Q	A	W
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	Y	G	S	Q	A	H	P	S	M	V	I	D	L	F	E	P	Y	K	Q	Y	I	D	Y	E	L	A	K	K	T	F	G	T	E	D	G	R	I	P	F	D	L	D	M	A	N	K	I	L	D	E	A	G	Y	K	K	G	P	D	G	V	R	V	G	P	D	G	T	K	L	G	P	Y	T	I	S	V	P	Y	G
Template Known Secondary structure		T	S	S		B			T	T				T	T	S	G	G	G	G	G	G	S											S	S	S																	T	T					T	T	S					T	T	S		B			S							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.		.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.							.	.	.	460	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.																					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.																					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	P	S	P	L	K	T	A	E	L	I	Q	A	D	M	A	Q	V	G	V	K	V	V	I	V	P	V	E	G	R	F	Q	E	A	R	L	M	D	M	S	H	D	L	T	L	S	G	.	W	A	T	D	S	N	D	P	D	S	F	F	R	P	L	L	S	C	A	A	.	.	.	.	.	.	I	H	S	Q	T	N
Query Conservation																																																	.																					.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																	.																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	T	D	W	M	M	M	C	E	M	I	A	K	N	L	R	S	I	G	I	D	V	K	T	E	F	P	D	F	S	V	W	A	D	R	M	T	K	G	T	F	D	L	I	I	S	W	S	V	G	P	S	F	D	H	P	F	N	I	Y	R	F	V	L	D	K	R	L	S	K	P	V	G	E	V	T	W	A	G	D
Template Known Secondary structure																			T	T																				T			S											T	T	T	T										G	G	G				T	T	S			S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.		.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.
Query SS confidence																																																									.
Query Sequence		L	A	H	W	C	D	P	K	F	D	S	V	L	R	K	A	L	S	S	Q	Q	L	A	A	R	I	E	A	Y	D	E	A	Q	S	I	L	A	Q	E	L	P	I	L	P	L	A	S	S	L	R	L	Q	A	Y	R	.	Y	D	I	K	G	L
Query Conservation																																																									.
Alig confidence																																																									.
Template Conservation
Template Sequence		W	E	R	Y	D	N	D	E	V	V	E	L	L	D	K	A	V	S	T	L	D	P	E	V	R	K	Q	A	Y	F	R	I	Q	Q	I	I	Y	R	D	M	P	S	I	P	A	F	Y	T	A	H	W	Y	E	Y	S	T	K	Y	W	I	N	W
Template Known Secondary structure		T	T															T	S	S																							S															S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.