Job Description Q47622 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:36:57 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 494 % Identity 19% Template c2d5wA_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: A: PDB Molecule:peptide abc transporter, peptide-binding protein; PDBTitle: the crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus2 thermophilus hb8 complexed with pentapeptide Resolution 1.30 Å

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50				.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.														.	.	90	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	R	D	S	G	F	V	Y	C	V	S	G	Q	V	N	T	F	N	P	S	.	.	.	K	A	S	S	G	L	I	V	D	T	L	A	A	Q	F	Y	D	R	L	L	D	V	D	P	Y	T	Y	R	L	M	P	E	L	A	E	S	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	V	L	D	N	G	A
Query Conservation																						.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.																										.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.
Template Sequence		P	Q	D	N	S	L	V	I	G	A	S	Q	E	P	R	V	L	A	G	D	F	L	R	V	I	S	N	Q	A	I	K	S	E	I	E	Q	Y	L	F	A	P	F	I	G	F	N	A	D	.	S	Q	N	F	P	V	L	A	T	E	V	P	T	L	E	N	G	R	L	R	V	T	D	I	G	G	G	K	K	R	L
Template Known Secondary structure					T							S				S	S		S	S		T	T		S	S	B																S					T	T	.	S					S	S	B	S	S				T	T	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50		.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	Y	R	F	H	L	R	R	D	V	P	F	Q	K	T	D	W	F	T	P	T	R	K	M	N	A	D	D	V	V	F	T	F	Q	R	I	F	D	R	N	N	P	W	H	N	V	N	G	S	N	F	P	Y	F	D	S	L	Q	F	A	D	N	V	K	S	V	R	K	L	D	N	H	T	V	E	F	R	L	A	Q
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	M	D	I	T	I	R	P	D	A	K	W	S	D	G	R	.	.	.	.	.	.	P	I	T	T	E	D	V	A	F	Y	F	E	V	G	K	A	K	G	M	P	V	L	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	F	W	E	R	V	N	V	R	I	K	D	A	R	N	F	T	L	I	F	E	P
Template Known Secondary structure							B		T	T		B		T	T	S		.	.	.	.	.	.	B															S	T	T				S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												S	S	S							S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.							.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.													.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	D	A	S	F	L	W	H	L	A	T	H	Y	A	S	V	M	S	A	E	Y	A	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	K	E	D	R	Q	E	Q	L	D	R	Q	P	V	G	T	G	P	Y	Q	L	S	E	Y	R	A
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.
Template Sequence		A	Y	Y	Y	D	T	Y	G	P	.	.	.	I	N	T	Y	A	P	K	H	I	M	G	P	E	W	E	R	V	K	A	A	A	R	G	L	D	P	D	K	D	A	E	K	L	N	E	L	Y	R	N	F	F	L	K	F	A	T	P	Q	A	L	N	R	G	A	M	V	Y	S	G	P	F	K	L	K	R	W	V	P
Template Known Secondary structure				T	T	T	T		S		.	.	.	B																					T	T			T	T	T	T														T	T	T	S						T	T						S	S								T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.
Template SS confidence
		144	.	.	.	.	.	150	.	.				.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.						.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.							.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	Q	F	I	R	L	Q	R	H	D	D	F	W	.	.	.	.	.	R	G	K	P	L	M	P	Q	V	V	V	D	L	G	S	G	G	T	G	R	L	S	K	L	L	T	G	E	C	D	V	L	A	W	P	A	A	S	Q	L	.	.	.	.	.	.	S	I	L	R	D	D	P	R	L	R	L	T	L	R	P	G
Query Conservation															.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	N	S	I	E	M	E	R	N	P	N	F	P	I	K	P	E	G	G	E	S	K	Y	V	Q	K	V	V	Y	R	F	I	Q	N	T	N	S	L	L	V	A	V	I	G	G	S	I	D	A	T	S	S	V	S	L	T	F	D	Q	G	R	S	P	Q	L	V	R	R	A	P	G	R	F	D	I	W	F	V	P	G
Template Known Secondary structure		T	T								T	T						T	T		G	G	G	S		S								S	S											T			S				S	S	S							T						T	T		T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.								.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	N	V	A	Y	L	A	F	N	T	A	K	P	P	.	.	.	.	.	.	.	L	N	N	P	A	V	R	H	A	L	A	L	A	I	N	N	Q	R	L	M	Q	S	I	Y	Y	G	T	A	E	T	A	A	S	I	L	P	R	A	S	W	A	Y	D	N	E	A	K	I	T	E	Y	N	P	A	K	S	R	E	Q
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	I	W	E	H	I	D	I	N	K	F	E	N	C	Q	V	V	K	D	L	G	L	N	D	K	R	T	R	Q	A	I	L	H	A	L	N	R	E	G	L	V	K	A	F	F	D	G	L	Q	P	V	A	H	T	W	I	A	P	V	N	P	L	F	N	P	N	V	K	K	Y	E	F	D	L	K	K	A	E	A	L
Template Known Secondary structure													T	T	S							T	T	T	S										T	S											T	T	S	S		B		S	S	S	S		T	T	S	T	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
		368	.	370	.	.	.	.													.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.							.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	K	S	L	G	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	T	L	K	L	W	V	P	T	R	S	Q	A	W	N	P	S	P	L	K	T	A	E	L	I	Q	A	D	M	A	Q	V	G	V	K	V	V	I	V	P	V	E	G	R	F	Q	E	A	R	L	.	.	.	.	.	.	M	D	M	S
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	A	E	M	G	W	R	K	G	P	D	G	I	L	Q	R	T	V	N	G	R	T	V	R	F	E	I	E	Y	V	T	T	A	G	N	V	V	R	E	R	T	Q	Q	F	F	A	E	D	L	K	K	I	G	I	A	V	K	I	N	N	A	P	S	A	V	V	F	A	D	E	F	I	Q	R	A	S	E	C	K	W
Template Known Secondary structure					T	T					T	T	S							T	T												B	T	T																		T	T								B						T	B					T		G	G	G	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.		.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.									.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
Predicted Secondary structure														.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	D	L	T	L	S	G	W	A	T	D	S	.	N	D	P	D	S	F	F	R	P	L	L	S	C	A	A	I	H	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	T	N	L	A	H	W	C	D	P	K	F	D	S	V	L	R	K	A	L	S	S	Q	Q	L	A	A	R	I	E	A	Y	D	E	A	Q	S	I	L	A	Q
Query Conservation														.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	G	M	F	E	F	A	W	V	S	N	L	Q	E	D	G	S	L	F	Q	Y	K	N	L	N	T	G	A	I	M	V	P	T	K	E	N	N	Y	Q	G	Q	N	I	G	G	W	R	N	D	E	F	D	R	L	T	S	Q	A	V	L	E	F	D	P	E	R	R	K	Q	L	F	W	R	A	Q	E	I	W	A	E
Template Known Secondary structure			S										S					G	G	G		S	B		T	T	T			B		S		S	G	G	G	T	T		S	S		T	T															T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530							.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	L	P	I	L	P	L	A	S	S	L	R	L	Q	A	Y	R	Y	D	I	K	G	L	V	L	S	P	F	G	N	.	.	.	.	.	.	A	S	F	A	G	V	Y	R	E	K	Q	D	E	V	K	K
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	P	A	L	P	L	Y	F	R	A	N	P	Y	V	V	R	K	G	L	V	N	Y	V	A	S	A	Y	S	G	G	Y	G	Y	P	G	W	N	A	W	E	I	G	W	E	S	R	G	A	V	K	K
Template Known Secondary structure				S															T	T			S					S	S	T	T	T	T	T		S		T	T	G	G	G				G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		541	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.