Job Description P0AEJ0 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:23:27 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 389 % Identity 12% Template d1pv7a_ SCOP info MFS general substrate transporter MFS general substrate transporter LacY-like proton/sugar symporter Resolution 3.60

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		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.
Query SS confidence																										.
Query Sequence		T	I	A	L	S	L	A	T	F	M	Q	V	L	D	S	T	I	A	N	V	A	I	P	T	.	I	A	G	N	L	G	S	S	L	S	Q	G	T	W	V	I	T	S	F	G	V	A	N	A	I	S	I	P	L	T	G	W	L	A	K	R	V	G	E	V	K	L	F	L	W	S	T	I	A	F	A	I	A	S	W
Query Conservation																										.
Alig confidence																										.
Template Conservation
Template Sequence		F	W	M	F	G	L	F	F	F	F	Y	F	F	I	M	G	A	Y	F	P	F	F	P	I	W	L	H	D	I	N	H	I	S	K	S	D	T	G	I	I	F	A	A	I	S	L	F	S	L	L	F	Q	P	L	F	G	L	L	S	D	K	L	G	L	R	K	Y	L	L	W	I	I	T	G	M	L	V	M	F	A
Template Known Secondary structure																																																				T												T	T		T												T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.							.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	C	G	V	S	S	S	L	N	M	L	I	F	F	R	V	I	Q	G	I	V	A	G	P	L	I	P	L	S	Q	S	L	L	L	N	N	Y	P	P	.	.	.	.	.	.	A	K	R	S	I	A	L	A	L	W	S	M	T	V	I	V	A	P	I	C	G	P	I	L	G	G	Y	I	S	D	N	Y	H	W	G
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	F	F	I	F	I	F	G	P	L	L	Q	Y	N	I	L	V	G	S	I	V	G	G	I	Y	L	G	F	C	F	N	A	G	A	P	A	V	E	A	F	I	E	K	V	S	R	R	S	N	F	E	F	G	R	A	R	M	F	G	C	V	G	W	A	L	G	A	S	I	V	G	I	M	F	T	I	N	N	Q	F
Template Known Secondary structure							T							T	T								T	T	T	T	G	G	G	G	G	T	T																	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	I	F	F	I	N	V	P	I	G	V	A	V	V	L	M	T	L	Q	T	L	R	G	R	E	T	R	T	E	R	R	R	I	D	A	V	G	L	A	L	L	V	I	G	I	G	S	L	Q	I	M	L	D	R	G	K	E	L	D	W	F	S	S	Q	E	I	I	I	L	T	V	V	A	V	V	A	I	C	F	L
Query Conservation
Alig confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	F	W	L	G	S	G	C	A	L	I	L	A	V	L	L	F	F	A	K	T	D	A	P	S	S	A	T	V	A	N	A	V	G	A	N	H	S	A	F	S	L	K	L	A	L	E	L	F	R	Q	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																			S	S				S		S	S	S		S	S					S														T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	V	W	E	L	T	D	D	N	P	I	V	D	L	S	L	F	K	S	R	N	F	T	I	G	C	L	C	I	S	L	A	Y	M	L	Y	F	G	A	I	V	L	L	P	Q	L	L	Q	E	V	Y	G	Y	T	A	T	W	A	G	L	A	S	A	P	V	G	I	I	P	V	I	L	S	P	I	I	G	R	F	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	W	F	L	S	L	Y	V	I	G	V	S	C	T	Y	D	V	F	D	Q	Q	F	A	N	F	F	T	S	F	F	A	T	G	E	Q	G	T	R	V	F	G	Y	V	T	T	M	G	E	L	L	N	A	S	I	M	F	F	A	P	L	I	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												T	T	S	S	S																									T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.		.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.
Query SS confidence																																																																											.
Query Sequence		H	K	L	D	M	R	R	L	V	T	F	S	F	I	M	Y	A	V	C	F	Y	W	R	A	Y	T	F	E	P	G	M	D	F	G	A	S	A	W	P	Q	F	I	Q	G	F	A	V	A	C	F	F	M	P	L	T	T	I	T	L	S	G	L	P	P	E	R	L	A	A	A	S	S	L	.	S	N	F	T	R	T
Query Conservation																																																																											.
Alig confidence																														.	.	.	.																																										.
Template Conservation																														.	.	.	.
Template Sequence		N	R	I	G	G	K	N	A	L	L	L	A	G	T	I	M	S	V	R	I	I	G	S	S	F	A	T	S	.	.	.	.	A	L	E	V	V	I	L	K	T	L	H	M	F	E	V	P	F	L	L	V	G	C	F	K	Y	I	T	S	Q	F	E	V	R	F	S	A	T	I	Y	L	V	C	F	C	F	F	K	Q
Template Known Secondary structure																										T				.	.	.	.																														S		G	G	G										T	T	T
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.					.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	G	S	I	G	T	S	I	T	T	T	M	W	T	N	R	E	S	M	H	H	A	Q	L	T	E	S	V	N	P	F	N	P	N	A	Q	A	M	Y	S	Q	L	E	G	L	G	M	T	Q	Q	Q	A	S	G	W	I	A	Q	Q	I	T	N	Q	G	L	I	I	S	A	N	E	I	F	W	M	S	A	G	I
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	M	I	F	M	S	V	L	A	G	N	M	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	G	F	Q	G	A	Y	L	V	L	G	L	V
Template Known Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	L	V	L	L	G	L	V	W	F	A	K	P	P	F	G	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	L	G	F	T	L	I	S	V	F	T	L	S	G	P	G	P
Template Known Secondary structure													S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.